Quel Logiciel l'alignment Mutiple des séquences ?

[invitef816fdcb]

Bonjour,


Juste une petite question sur les logiciels d'alignement multiples des séquense. Je dois faire des alignements mais, je ne sais pas quel logiciel qui donne le meilleur résultat?!. Qu'est ce que vous pouvez me conseiller ?
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[Yoyo]

Bonsoir,

clustalw est frequemment utilisé pour les alignements multiples. Ensuite les resultats changent enormement en fonction des parametres et les valeurs de pénalités que tu rentres.
La premiere chose a faire est d'utiliser les parametre standard, ensuite si ca ne marche pas mieux vaut prendre contact avec des bio-informaticiens qui seront les mieux a meme de t'expliquer (ou de faire pour toi) une recherche en modifiant les parametres. tu peux evidemment t'amuser a modifier les parametres toi meme, mais si tu ne sais pas comment ca marche, tu ne comprendras pas les resultats

Yoyo

[invite94612525]

J'aime bien multalign qui donne des couleurs differentes selon le degres de similarite entre deux residues:
http://prodes.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html
il faut inserer les sequences en fomat FASTA, par ex:
>sequence1
TRYPQRAAAA.....
>sequence2
TRYPQRLLAA.....
>sequence3
TRYPQRALAA.....

Noun

[invite0aa1883c]

A l'oeil, manuellement, avec un éditeur type Bioedit ou MUST. Mais celà demande une certaines habitudes...

En tout cas il faut toujours inspecter manuellement un alignement automatique. ClustalW est par exemple très mauvais pour résoudre les séquences avec beaucoup d'insertions/délétions et il faut souvent reprendre l'alignement manuellement.

A+
John

[A voir en vidéo sur Futura]