Trouver la fonction d'une protéine avec sa structure primaire

[invite839444b8]

Bonjour à tous ceux qui me lisent, voilà je suis en deuxième année de biologie et à l'approche des examens je refait ceux de l'année précédente mais je bute sur un exercice de biochimie des protéines, voici l'intitulé :
- Vous disposez de la séquence de la séquence primaire d'une protéine dont le gène a été cloné chez Arabidopsis thaliana, mais vous ne connaissez pas sa fonction.
Comment procéderiez vous pour identifier la fonction de cette protéine?

Merci à ceux qui souhaiterons bien m'éclairer!
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[Flyingbike]

la fonction d'une protéine est liée a son organisation spatiale. Sa structure tridimentionnelle est en partie liée a la structure primaire. Tu dois pouvoir comprendre comment la structure primaire peut te donner des indices sur la structure. Il faut raisonner en domaines d'organisation particulière qui permettent une structure particulière, conférant une localisation ou une fonction particulière... Tu vois ou je veux en venir ?

[piwi]

Si on pouvait déterminer la fonction d'une protéine avec simplement une structure primaire....

Une option serait d'aller chercher sur des alignements de séquences connues si il y a une clusterisation de la protéine. On peut aussi chercher des homologies dans différentes espèces.
On peut interroger pfam pour voir si il y a des domaines caractéristiques.

Cordialement,
piwi

[invite839444b8]

En fait je pense qu'on demande surtout une réponse généraliste sur la façon de déterminer la fonction d'une protéine à partir de la structure primaire parce que la question est posée tel que je l'ai marqué acron ne connait pas la structure primaire on sait juste qu'on l'a et moi je bute sur ça, les étapes qu'il faut pour connaitre la fonction selon la structure primaire.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Edelweiss68]

Bonsoir,

Si tu as le gène, tu pourrais pas déjà regarder où la protéine s'exprime chez Arabidopsis thaliana afin d'avoir une idée de sa fonction?

[N1C0LAS]

Le plus intuitif pour connaitre la fonction d'une structure, c'est de retirer cette structure. Ici un knock out permettrait d'inhiber la fonction de ton gène dans une plante que tu pourrais comparer avec ta plante "normale" utilisée comme témoin. Toutes les différences observables constitueraient alors la fonction de ton gène. Après bon courage pour retracer les chaines de causalités entre le gène et tes observations.

La mention de la structure primaire dans l'énoncé est probablement en partie un piège. Rien ne te demande de déduire la fonction à partir de la structure primaire.