examen de biochimie JANVIER 2001

[invite5a332eab]

Bonjour,
J'ai passé énormément de tps sur l'exo et je bloque sur plusieurs questions... Donc, si c'est possible que vs m'aidiez, je vous remercierai pas assez!!!

Enoncé:
1/ aprés addition d'un agent réducteur, l'hydrolyse partielle d'un polypeptide P par la trypsine fournit entre autres molécules un oligopeptide A. L'hydrolyse acide de A et la séparation des AA conduit à des monoacides aminés: : 2VAL , 1 CYST, 1 GLUT, 1 LYS et 1 TYR.
a) quel est le role de l'agent réducteur?
détruire les ponts disulfures inter et intra chaines.
b)quelle est la formule à pH7 de l'AA qui etait en position C Tal ds le peptide A?
Ds la correction, il est marque que c'est la LYS. Mais rien ne précise ds l'énoncé que c'est cet AA qui est en C Tal....

c) Vers quel pôle migre cet AA ds une électrophorés à PH7?
Anode (pole négatif). car le ph est inf à son PKR (10.5), dc positif.

d) quel (s) autre(s) acide aminé(s) migrent ds le sens opposé?
en comparant le pH et PKR , l'AA qui migre vers le pole + est GLU.

e) quel(s) acide aminé(s) migrent peu et par conséquent mal séparés?
Val, car ne posséde ps de PKR dc charge nulle.
Cyst, car pas bcp d'écart entre le pH(7) et le PKR (6), dc la séparation se fait peu.
Et ds la correction ils ont précisé que la TYR faisaient parti des AA mal séparés. Je sais pas pk... pourtant le PH (7) a un écart de 3 unités avec le PKR(10) .....

2/ une électrophorés à pH10 des AA qui st mal séparés à pH7 permet de révéler 3 taches. Dessiner el schéma et justifier le déplacement électrophorétique.

Ds la correction, il y a à droite de la zone de dépôt: V, puis aprés la Val, on a la TYR, et aprés la TYR on a Cyst (qui est le plus proche du pole +) Et il est également précisé que la VAl (-), TYR(1.5-) pH=PK, CYST (2-) PHsupérieur au pH.

La valine n'a pas de PKR, donc chargé nulle, dc pas de migration normalement, or il y parait aprés la zone de dépôt , pk??
La tyrosine est chargé nulle à pH10, dc pas de migration, par conséquent doit être à la position de dépôt comme la V?
Or il est précisé qu'il doit y avoir 3 tâches, dc Y et V ne st pas au mm endroit... Alors pourquoi la Y est plus proche du pole + que V???
Pr la CYST, j'ai compris.

3/ Une hydrolyse par la chymotrypsine du peptide A donnne 2 tripeptides qui st tres facilement séparables par chromatographie sur plaque ascendante en milieu hydro-organique.
Lorsque le plus hrydrophobe est mis en solution , il absorbe dan sl'UV à 276 nm et n'a pas de proprité réductrice. Ce tri peptide traité au PITC, réactif d'EDMAN, libére un dérivé , le PTH-VAL, l'autre peptide donne dans les mm conditiions du PTH- GLU.

a) décrire les réactions qui permettrent la formation du PTH-AA.
cours.
b)déterminer la structure du peptide A.
ds le premier tripeptide, on a pas de C (car pas pvr réducteur), il absorbe à 276 nm, dc il y a soit tryptophane soit de la Tyrosine, or il y a eu hydrolyse, dc tryptophane détruit. dc ds ce tripeptide, on a la TYROSINE.
Ds la correction il est également précisé que la TYR est en Ctal, pourquoi ???
Et on sait également qu'en NTal, on Val.
Ds le 2e: on a GLU en NTAL. Et on sait que la lysine etait en Ctal dc, le seul AA qui reste est la CYST.


Merci beaucoup (d'avance.)
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[vpharmaco]

Bonjour,

1)b) si,si! c'est dans l'énoncé ! La trypsine coupe après les résidus basiques. Vu que tu disposes de la liste de AA après hydrolyse, le seul aa basique possible est la lysine qui est donc en position C-terminale du peptide.

1)e) pour qu'un acide aminé migre bcp en électrophorèse, il faut qu'il dispose d'une charge globale non-nulle. A pH=7, la tyrosine est sous forme (COO^-, NH₃⁺, PhOH). Elle ne va donc que peu migrer.

2) tu sembles oublier qu'un acide aminé c'est consituer d'une chaine latérale mais aussi d'une fonction acide et d'une fonction amine
A pH=10, on a
- la valine sous la forme (COO^-,NH₂) donc charge -1.
- la tyrosine avec pH=pKa_R ce qui veut dire qu'on a une quantité equivalent de forme (COO^-,NH₂, PhOH) et de (COO^-, NH₂, PhO^-) d'où la charge globale de -1,5.
- la cysteine est totalement deprotonée (COO^-, NH₂, S^-) d'où la charge -2

3) La chymotrypsine coupe au niveau de la liaison carboxylique des résidus tyrosine, du tryptophane, de la phénylalanine ou de la leucine. La tyrosine était donc en position C-terminale
Bonne révisions
Cordialement

[invite5a332eab]

Merci bcp!!!! ça m'a vraiment bcp aidé!!!

[invite5a332eab]

j'aurai une autre question concernant les AA.
On a un peptide C qui est constitué: A, D, 2C, 3E, L, K

On a obtenu le chromatographe du peptide C: on voit qu'à 3, 25 on a 2 pics, l'un petit (correspondant à un seul AA, du fait de sa hauteur), un 2e pic (correspondant plutot à un TROIS AA), donc celui ci correspond au E!
Puis à 4.25, on a Trois pic, le premier est de la mm hzuteur que le premier pic observe à pH 3,25, donc UN SEUL AA. Il est précisé que le 2e pic correspond à C, et le 3e à un pic de mm hauteur que le premier pic (dc UN SEUL AA). Et à pH 9, on a un seul pic (correpondant à un seul AA).

Pour savoir à quel AA correspond à quel pic, on compare le PH au pHi, car ici on a un peptide....
PH=3.25: PHi(D) = 3.0 et PHi(E) = 3.20.Et sachant que les différents AA se détachent de la résine d'autant meiux queleur charge est négative (= plus les AA st chargés négativement, plus ils se détachent...)
Dc à 3,25, on a : 3.25 sup. à 3.0 donc négatif, donc D se détache!
3.25 sup. à 3.20 donc négatif, se détache!

PH=4,25: PHi(C)= 5.0, PHi(A) =6.0 et PHi(L)= 6.0, PHi(K)= 9.8. Le PH est tjrs inf. à ces PHi, donc ce la veut dire qu'aucun AA est chargé négativement. Tous sont chargés positivement. Donc, tjrs fixé à la colonne. Alors pk On a 3PICS??
Mm question pour le dernier pic à 9.0.


Merci d'avance!!!

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite5a332eab]

pas d'idéee???

C'est pr un examen pr jeucdi prochain, pas cette semaine... Donc, voilà