Enzymes de restriction

[invite09c6c378]

Bonjour,
Question que je ne m'étais jamais posée:
Pourquoi les enzymes de restriction découpent-elles n'importe quel ADN, sauf celui de la bactérie dont elle provient... qui est "protégé"?
Merci
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[invite13d85322]

Cela n'est pas du à la présence de séquences régulatrices sur l'ADN des bactéries ?

Ca me dit quelque chose

[invite9664930a]

Parce que l'ADN de la bactérie est méthylée au niveau de certaines séquences bien spécifiques (plus particulièrement sur les adénines et les cytosines) , ce qui permet aux enzymes de restriction de reconnaître l'ADN bactérien et donc de ne pas le couper.

[invite09c6c378]

Parce que l'ADN de la bactérie est méthylée au niveau de certaines séquences bien spécifiques (plus particulièrement sur les adénines et les cytosines) , ce qui permet aux enzymes de restriction de reconnaître l'ADN bactérien et donc de ne pas le couper.

Donc les enzymes de restriction découpent tous les ADN, sauf, les ADN bactériens...???

[A voir en vidéo sur Futura]

[Yoyo]

Salut,

non les enzymes de restrictions coupent l'ADN bactérien, sauf celui de la bactérie qui synthetise naturellement l'enzyme. Cette bactérie peut etre protégée de la digestion soit par méthylation (mais ca ne permet pas de tout expliquer car bcp d'enzymes ne sont pas sensibles a la methylation), soit tout simplement parceque le site n'existe pas dans le génome

Ensuite, quand on exprime par génie génétique de nouvelles enzymes qui n'est pas sensible a la methylation (et il y en a pas mal) chez coli par expl il faut s'assurer que coli ne soit pas détruit!
La plusieurs possibilités : on s'arrange pour que l'enzyme soit excrétée, comme ca pas de contact avec l'ADN bactérien, soit on s'arrange pour qu'elle soit sous controle d'un promoteur inductible et on n'exprime l'enzyme qu'apres avoir fait pousser la bactérie.

YOyo

[invite38f0db9e]

Salut !!
Tout ce qui a été dit jusque maintenant est tout a fait juste. Je voulais juste rajouter un petit détail.
Il existe en fait 3 types d'enzyme de restriction.
Le type II ne possède que l'activité endonucléasique (donc une autre enzyme possède l'activité méthylase) alors que les types I et III possèdent à la fois l’activité endonucléase et méthylase, mais elles ne sont presque jamais utilisées en expérience.

[invite09c6c378]

Merci beaucoup pour ces réponses.

. Cette bactérie peut etre protégée de la digestion soit par méthylation (mais ca ne permet pas de tout expliquer car bcp d'enzymes ne sont pas sensibles a la methylation), soit tout simplement parceque le site n'existe pas dans le génome

L'absence de site de restriction est séduisante... sorte de sélection naturelle...
Par contre je ne comprends pas qu'elle soit protégée par méthylation... car toutes les bactéries sont ainsi non???

[invite38f0db9e]

Je ne suis pas sûr de saisir ta question

En fait, la méthylation de l'ADN lui permet de ne pas être la cible d'enzyme de restriction.

[Yoyo]

Merci beaucoup pour ces réponses.

L'absence de site de restriction est séduisante... sorte de sélection naturelle...
Par contre je ne comprends pas qu'elle soit protégée par méthylation... car toutes les bactéries sont ainsi non???

Il y a différent types de methylation, les dam methylases, les dcm, les cpg (eucaryote uniquement) ... donc tu peux methyler au choix différents bases.
SInon il ne faut pas oublier que le systeme restriction/modification est un systeme de defence contre l'ADN exogene et notamment celui des phages qui n'est pas méthylé.

Yoyo

[invite9664930a]

Merci beaucoup pour ces réponses.

L'absence de site de restriction est séduisante... sorte de sélection naturelle...
Par contre je ne comprends pas qu'elle soit protégée par méthylation... car toutes les bactéries sont ainsi non???

Bon je crois comprendre ce que tu ne comprends pas, mais bon je ne suis pas sûre...
Vu que le génome bactérien est le même pour une espèce bactérienne, la méthylation va se faire sur certaines bases dont l'ordre est spécifique à cette espèce. Alors que pour d'autres espèces bactériennes la méthylation se fera dans un ordre différent. C'est l'emplacement de la méthylation qui change d'une espèce à l'autre et qui permet à l'enzyme de restriction de reconnaître l'ADN de la bactérie qui la (<-l'enzyme de restriction) synthétise.

[John78]

C'est l'emplacement de la méthylation qui change d'une espèce à l'autre et qui permet à l'enzyme de restriction de reconnaître l'ADN de la bactérie qui la (<-l'enzyme de restriction) synthétise.

Voilà c'est ça la bonne réponse. En fait les gènes codant pour une enzyme de restriction site-spécifique sont la plupart du temps placé a coté d'un gene codant pour une méthylase site-spécifique (le même). C'est un tandem en quelques sortes. Comme l'a dit Yoyo c'est un système de défense contre les phages et les éléments génétiques mobiles parasites exogènes. Toutefois, comme rien n'est simple dans la relation hote/parasiste, certains phages codent eux même pour des systèmes restrictions/modifications (RM) afin d'empecher toutes infections secondaires par d'autres phages quand ils ont primo-infecté une bactérie.... D'ailleurs de multiple système RM sont portés soit sur des plasmides, soit dans des transposons, soit dans prophages cryptiques. Comme si les bactéries avaient récupérés et utiliser pour leurs besoins ces systèmes en provenance des elements mobiles...

A+
John

[invite09c6c378]

Merci à tous,
Bon ça s'éclaircit... mais je ne suis pas au niveau pour la méthylation...
La méthylation de certaines bases, chez les bactéries, permet, si j'ai bien compris, d'éviter à l'ADN d'être découpé. Et donc pour éviter que son ADN soit découpé, la bactérie méthyle les bases qui correspondent à son (ses?) enzymes de restriction... C'est cela???

C'est la guerre génétique...

certains phages codent eux même pour des systèmes restrictions/modifications

C'est quoi alors ça???

[inviteb1db5ee8]

Ici on parle un peu du même système qu'avant, mais au niveau du phage. Lorqu'un phage infecte une bactérie, il "veut" éviter qu'un autre phage infecte cette meme bactérie (coinfection) pour cela il utilise le système de restriction/modification. Ainsi l'ADN du deuxième phage entré sera clivé s'il n'a pas les bonnes modifications.

[invite09c6c378]

Merci...
Quelqu'un connaît-il le nombre d'enzymes de restriction utilisées ?
Sont-elles répertoriées ?
Sont-elle chères ?
Sont-elles de plus en plus utilisées dans les labos ?
Tant de questions...

[invite191f8f85]

Salut coco,

le nombre d"enzymes (de type II) est assez impréssionnant : env 700 (source infobiogen :http://www.infobiogen.fr/services/an...arteres_in.pl).
Toutes les enzymes (de restriction ou autres) sont répertoriées.
Leur prix dépend de leur frequence d'utilisation, plus une enzyme est utilisé par les labo et moins elle coutera (ex : EcoRI pas chere...pour le budget d'un labo...pas pour ma bourse personnelle !).
De plus en plus...je dirais que non...mais très utilisé de façon générale !

A+

[invite191f8f85]

Rq generale !.....apelle au moderateur !

j'ai souvent lu dans les forums de futura : "hey, ton lien ne marche pas..il doit etre perimé !?"
Et je viens a l'instant de tester le lien que j'ai mis...et il ne marche pas ! Alors qu'il n'est pas du tout périmé !
Voila c'est tout.

[chrisgir]

c 'est juste qu'il y a une ) qui s'est glissé à la fin du lien

http://www.infobiogen.fr/services/an...carteres_in.pl

[invite0b3a86a5]

une petite question sur les enzymes de restriction : elles protègent les bactéries des phages donc elles coupent l'ADN simple et double brin mais sont elles capables de couper l'ARN??

[invite153e7487]

bonjour,

et les enzymes telles que DpnI qui coupent exclusivement l'ADN parental méthylé, elles viennent d'où ?

[Yoyo]

une petite question sur les enzymes de restriction : elles protègent les bactéries des phages donc elles coupent l'ADN simple et double brin mais sont elles capables de couper l'ARN??

Les enzymes de restriction n'ont aucune activité sur l'ARN (d'autant que celui-ci est simple brin). Maintenant il existe d'autre enzymes pouvant clouper l'ARN spécifiquement apres certains residus, ou spécifiquement quand l'ARN est sous forme double brin.

Yoyo

[invite73c2fc80]

bonjour. nous faisons un tpe et nous aurions besoin de savoir ou nous pourrions trouver des enzymes de restriction ? pas cher de préférence. site internet ou catalogue !
Merci d'avance.

[piwi]

Vous pouvez regarder dans les catalogues ou les sites internet d'invitrogen, fermentas, amersham, NEB (new england biotechnology). Autant vous le dire tout de suite ce n'est pas donné!

[omi]

ou se met le groupement methyle?
amicalement omi

[invite8df75f81]

ça grâce à l'activité des enzymes de modifications qui fait la méthylation au nivaux de ces sites de restriction c'est une mécanisme de protection contre l’autorestriction qu'il possèdent les microorganismes.

[invite8df75f81]

la méthylation se fait au nivaux de la cytosine ( sur le carbone en 5) ou l'adénine ( sur l'azote en 6)......

[Nafnouf3]

Salut tout le monde,

j'ai bien suivis votre discussion et comme vous avez l'air d'en savoir plus que moi est ce que quelqu'un pourrait m'expliquer quelle est la différence entre des enzymes de restriction sensible à la méthylation et les enzyme de restriction qui ne le sont pas? en d'autre termes pourquoi certaines enzymes ne sont pas sensibles à la méthylation ?

[tic-tic]

Salut,

Je n'ai pas la réponse mais j'ai fouillé un peu...rien trouvé! Mais après un petit ctrl+F [GGATCC] sur le génome de Bacillus amyloliquefaciens, chez qui on a trouvé l'enzyme de restriction Bamh1, laquelle est insensible à la méthylaton, on remarque que le site cible n'est présent que deux fois son génome... j'ai testé une vingtaine d'autres combinaisons pour une séquence de 6 nucléotides et je ne retombe jamais sur un score si faible...bon je sais pas si c'est très rigoureux mais je suis curieux d'en savoir un peu plus, en espérant qu'un spécialiste passe par ici...Après il y a aussi de la réparation, donc à partir du moment ou la séquence cible de l'enzyme est présente en peu d'exemplaires, il n'y a peut-être pas de grand danger pour la bactérie...faudrait voir ou se trouvent ces séquences exactement.

[Nafnouf3]

Salut! Merci pour ta réponse. J'avais cherché un peu sur le net également, mais pareil ce n'est pas très clair, cependant je trouve ton point très intéressant sa pourrait être une cause possible ou favorable en tout cas au fait que l'enzyme soit insensible à la methylation...