Bonjour,
Je voudrais savoir si étant donné une protéine dont on connait la topologie, on pouvait trouver toutes les protéines qui peuvent interagir agir avec ?
Si oui, existe-t-il une base de données qui permette d'effectuer cette recherche ?
Cordialement,
AlbClus.
Dans certains cas oui, à partir du moment où le domaine d'interaction correspond à une structure primaire définie.
Il existe de nombreuses bases de données, dont le NCBI qui contiennent les séquences de milliards de gènes.
Si tu connais la topologie générale des protéines auxquelles ta protéine se fixe, tu peux en retirer la séquence primaire générale, conservée qui défini ce domaine. Il suffit de voir quels sont les séquences conservées, les séquences consensus qu'on retrouve dans plusieurs cas. Une fois cette séquence identifiée tu pourras effectuer un BLAST (une recherche dans les bases de données de ta séquence), tous les gènes contenant cette séquence t'apparaitrons. Ils auront donc une chance de s'associer à ta protéine. (ça peut ne pas être le cas, l'analyse informatique est une étude préalable)
En fait AlbClus, il n´y a pas de méthode rapide est éfficace pour pour trouver TOUTES les protéines qui peuvent interagir. Et on est encore loin d´une base de donnée / site web, donnant comme ca toutes les protéines interagissant ^^.
Comme dit Aqualung, il existe différentes méthodes par screening de base de données, mais cela représente un travail assez conséquant, sans compté le fait que tu dois absolument vérifier in vitro que ta prédiction est bonne.
Si tu veux plus d´info, tu peux consulter cette revue http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18839074
Un titre explicite est exigé sur le forum lors de l'ouverture d'une discussion.
Merci de t'y tenir la prochaine fois.
Titre modifié.
LXR pour la modération
Merci pour vos réponses et veuillez m'excuser pour le titre de la discussion.
En effet, en relisant mon post, je me rend compte que j'ai un peu surestimé la bioinformatique aujourd'hui.
Donc si je comprends bien BLAST est pour l'instant la meilleur solution. Il y a-t-il un matrice de substitution plus efficace dans ce cas ? PAMX me semble bien mais je me demande s'il faut des séquences très proches plutôt qu'éloignées.
Qu'en pensez-vous ?
