Identification d'organismes par biais d'usage du code

[invitef5962f47]

Bonsoir,

Alors en ce moment j'étudie un transposon humain et je voudrais savoir si il existe un programme qui permettrait de comparer son %GC ainsi que son biais d'usage du code avec une base de données recensant les différents organismes. L'idée serait donc de pouvoir retrouver l'organisme qui possédait (ou possède encore) le transposon en question.
Juste pour préciser, je compte utiliser la séquence ancestrale qui a été reconstruite et je n'ai pas trouver mon bonheur sur GeneDesign, Codon Usage Database, ...

Sinon je voulais aussi savoir si il y avait une différence notable dans le biais d'usage du code entre la souris et l'humain ? Je compte utiliser une séquence optimisée pour la souris et j'aimerai bien éviter de devoir faire synthétiser une autre séquence quand je devrais utiliser des cellules humaines.

Merci d'avance et désolé pour les possibles absences d'accents vu que j'utilise un clavier QWERTY.
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[MaliciaR]

Bonsoir,

Alors en ce moment j'étudie un transposon humain et je voudrais savoir si il existe un programme qui permettrait de comparer son %GC ainsi que son biais d'usage du code avec une base de données recensant les différents organismes. L'idée serait donc de pouvoir retrouver l'organisme qui possédait (ou possède encore) le transposon en question.

Salut,

J'ai un peu de mal à comprendre pourquoi chercher une base de %GC et biais d'usage de codons. As-tu fait un BLAST ? Enfin, as-tu comparé le %GC et biais de codons de ton transposon à ceux de son hôte (l'humain, en l'occurrence) ? Si oui, quel est le résultat ? Si non, pourquoi ?

[invitef5962f47]

J'ai un peu de mal à comprendre pourquoi chercher une base de %GC et biais d'usage de codons.

En fait l'idée était de trouver une base de donnée recensant le %GC et le biais d'usage de codons de nombreux organismes. Je voulais juste comparer les résultats de ces deux caractéristiques obtenus pour ma sequence avec ceux de la base de donnée pour essayer d'avoir une idée de l'organisme original (car on sait que ce transposon est apparu avant qu'il envahisse le génome des primates). Mais en fait j'ai juste d'un coté la base de donnée et de l'autre les résultats de ma séquence et il semblerait qu'il n'y est pas de programme permettant la comparaison de résultats avec ceux de la base de donnée.

As-tu fait un BLAST ? Enfin, as-tu comparé le %GC et biais de codons de ton transposon à ceux de son hôte (l'humain, en l'occurrence) ? Si oui, quel est le résultat ? Si non, pourquoi ?

Sinon oui j'ai fait un BLAST mais je n'obtiens que les séquences présentes chez les primates.
Sinon ma sequence a un %GC de 41.57 pour un %GC de 52.27 pour l'être humain (d'apres la Codon Usage Database). J'ai aussi comparé l'usage de codons de l'être humain avec celui de ma séquence originale et ils diffèrent pour tous les codons avec de grandes différences pour certains d'entre eux (de 20 a 30 pour 1000)
Par contre ma séquence ne fait que 1,2 kb environ donc je ne sais pas si au final cela est représentatif pour ce genre de données.

Sinon j'ai trouve la réponse a ma deuxième question, il n'y a pas de grandes différences dans l'usage de codons entre l'être humain et la souris (Mus musculus).

[gorben]

Salut,

Sinon oui j'ai fait un BLAST mais je n'obtiens que les séquences présentes chez les primates.

As tu essaye de faire un blast sur tout sauf les primates? Je pense notamment aux procaryotes/Archees. Le GC% en est proche en tout cas.

A+

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitef5962f47]

As tu essaye de faire un blast sur tout sauf les primates? Je pense notamment aux procaryotes/Archees. Le GC% en est proche en tout cas.

Oui et la séquence n'est retrouvée que chez quelques autres mammifères (souris, bovins, ovins...). J'aurais peut être ma réponse quand plus de génomes auront été séquencés.

[kamor]

Si tu prends une petite portion d'un génôme, le %GC peut être différent de celui du génôme. Donc ça resterait quand même assez aléatoire comme recherche.

[invitef5962f47]

Si tu prends une petite portion d'un génôme, le %GC peut être différent de celui du génôme. Donc ça resterait quand même assez aléatoire comme recherche.

Pas vraiment vu que la détection des transferts horizontaux de gènes se fait de cette manière et que cela fonctionne plutôt bien. Par contre, je me demande si le biais d'usage de codons est réellement représentatif sur une séquence de 1,2 kb (sachant que ce biais est calculé sur 1000 codons et que ma séquence ne possède que 400 codons environ)

[gorben]

Par contre, je me demande si le biais d'usage de codons est réellement représentatif sur une séquence de 1,2 kb (sachant que ce biais est calculé sur 1000 codons et que ma séquence ne possède que 400 codons environ)

Ce n'est certainement pas precis mais ca doit deja donner une idee.
Par contre, il me semblait que le biais d'usage de codon etait relie au %GC de l'organisme. Est il possible d'avoir un organisme avec le meme %GC et un usage de codon different? Si non, finalement ta recherche revient a comparer les %GC et je pense que tu risques de trouver pas mal de chose avec un %GC similaire.
A premiere vue je dirais qu'avec un %GC de 40 tu dois pouvoir eliminer la majorite des eucaryotes. Il te reste les virus et les procaryotes/archee (perso je penche plus pour les virus mais c'est du feeling ).
A+

[invitef5962f47]

Par contre, il me semblait que le biais d'usage de codon etait relie au %GC de l'organisme. Est il possible d'avoir un organisme avec le meme %GC et un usage de codon different? Si non, finalement ta recherche revient a comparer les %GC et je pense que tu risques de trouver pas mal de chose avec un %GC similaire.

Je viens de regarder assez rapidement et il semblerait qu'il n'y est aucun lien entre le %GC et l'usage de codons (pour une vingtaine d'organismes qui possèdent un % de GC compris entre 48 et 52%, j'ai compare entre eux ceux a 48%, ceux a 50%, ..., puis les différents % entre eux et il en ressort que les usages de codons s'avèrent être très différents parmi les différents organismes).

A premiere vue je dirais qu'avec un %GC de 40 tu dois pouvoir eliminer la majorite des eucaryotes. Il te reste les virus et les procaryotes/archee (perso je penche plus pour les virus mais c'est du feeling ).

Personnellement je soupçonne aussi un virus puisqu'un transposon pour se propager verticalement doit a un moment ou un autre être présent dans la lignée germinale et je ne connais pas de bactéries qui sont en mesure d'accomplir ce genre de chose.

[MaliciaR]

Personnellement je soupçonne aussi un virus puisqu'un transposon pour se propager verticalement doit a un moment ou un autre être présent dans la lignée germinale et je ne connais pas de bactéries qui sont en mesure d'accomplir ce genre de chose.

Pour les humains, je ne sais pas, mais chez les insectes, si. Tout ce qui est Wolbachia par exemple.

Sinon, pour reprendre ce que disait Gorben :

Par contre, il me semblait que le biais d'usage de codon etait relie au %GC de l'organisme.

Oui, mais je crois que c'est bien visible pour les cas un peu extrêmes. Entre 40 et 50%, ça doit être plutôt négligeable. En revanche, ce n'est plus pareil entre 40 et 70%, ou même entre 50 et 70%. Quand le %GC est très élevé, ça charcle sévère (cf. le degré de pseudogénisation chez M. tuberculosis, par exemple).

Est il possible d'avoir un organisme avec le meme %GC et un usage de codon different?

Je présume que ça ne doit pas être radical. Dans le sens où certains codons peuvent différer, mais ça ne devrait pas être énorme.