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nomenclature genotype, et taille des allèles



  1. #1
    fantomex

    Lightbulb nomenclature genotype, et taille des allèles


    ------

    Bonjour,

    je me retrouve confronté à un petit problème de lecture de données :

    je dois analyser un eu de donnée se présentant sous la forme d'un tableau, avec pour titre de colones :
    Site, Année, Inidividus, sexe, et locus A, locus B, locus, C ...

    Ma question concerne les données que j'ai dans les colonnes "locus" :
    en effet, je me retrouve avec des allèles codés a 3 chiffres

    1) (ex : 100110 pour le locus A), donc, si j'ai bien compris, cela signifie que mon individu possède, au locus A, l'allèle 100 sur un chromosome, et l'allèle 110 sur l'autre chromosome?

    2) parfois, j'ai 000174, qu'est ce que les "000" signifie? qu'il n'y a pas dd'allèle ? ou bien qu'il n'a pas été possible d'identifier l'allèle?

    3) je pensais enlever tout les individus qui possèdent un "000" pour mon analyse, est ce le bon choix?

    4)d'ailleur, une derniere question, est ce que, en ayant que ces données, je peut avoir la taille des allèles??? (est ce que, par exemple, un allèle "178" sera plus grand que l'allèle "119" par exemple? (ou bien s'agit-il uniquement de leur "nom de code"?)

    5) car je dois utiliser un modele de regression linéaire sur ces données, mais je ne vois pas trop quelle question me poser, quelle problématique dois-je aborder avec ces données

    -----

  2. #2
    fantomex

    Re : nomenclature genotype, et taille des allèles

    Bonjour, j'ai un petit problème,
    je dois me baser sur le modele lineaire suivant :
    fi ~ poly(AllelSize, 2) +Site + Année + Sexe + Site:Year + poly(AllelSize, 2): Sex +Site:Sex +Year:Sex + Site:Year:Sex+ Constant.

    avec "fi being the heterozygote deficit for allele i at locus IR27",
    seulement, je ne comprend pas ce qu'est ce "fi", ni comment le calculer pour le faire apparaitre dans mon tableau de données!
    (le tableau de presente sous la forme :
    Individu Site Sexe Année IR27
    nom du site M 1994 119119
    ...
    ...




    Moi j'ai calculé un Fis, mais je me suis vite rendu compte, que le Fis va me mesurer un deficit en heterzygote pour l'ensemble des individus d'une sous-pop (c'est à dire un "site" dans mon cas).

    pouvez vous m'aider????

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