Site web interactif de modélisation des cinétiques enzymatiques et détermination des constantes

[Pfhoryan]

Bonjour,

Les cinétiques enzymatiques ne suivent pas toujours le modèle de Michaelis-Menten. Les modèles cinétiques sont parfois très complexes avec des interactions multiples entre enzymes, substrats, inhibiteurs, modulateurs, à tel point qu'il n'est pas toujours possible de trouver les solutions analytiques décrivant l'évolution des composants du système.
Dans ce cas, on peut recourir à une solution numérique du système d'équations différentielles décrivant le modèle cinétique. Mais comment estimer les valeurs des constantes cinétiques à partir de données expérimentales, comme la mesure de l'apparition d'un produit de réaction, via la solution numérique du système?

Un site web interactif qui vient juste de voir le jour le propose.
Il permet de construire le modèle cinétique, trouver le système d'équations différentielles qui décrit le modèle, et fitter (régression) des données expérimentales pour retrouver les paramètres du modèle (constantes cinétiques, concentrations des composants...)

C'est ici: http://enzo.cmm.ki.si/
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[piwi]

Ca a l'air sympa pour ceux qui en ont l'utilité. En avez vous l'utilité? L'avez vous testé en profondeur?

Cordialement,
piwi

[Pfhoryan]

Ca a l'air sympa pour ceux qui en ont l'utilité. En avez vous l'utilité? L'avez vous testé en profondeur?

Je ne l'ai pas encore testé mais j'ai utilisé la version standalone très frustre qui m'a rendu bien des services, notamment pour des inhibiteurs nM avec des constantes de dissociation très faibles. On peut directement calculer le kon et koff en se plaçant dans des conditions de second ordre (concentration en enzyme proche de celle en inhibiteur). On peut aussi titrer très précisément des enzymes du moment qu'on connait kcat.

[piwi]

Bonsoir,

Pourrez-vous faire un retour quand vous l'aurez bien testé? Si il vous satisfait toujours, je l'ajouterais aux outils référencés dans notre bibliothèque virtuelle.

Cordialement,
piwi

[A voir en vidéo sur Futura]

[Pfhoryan]

Pourrez-vous faire un retour quand vous l'aurez bien testé? Si il vous satisfait toujours, je l'ajouterais aux outils référencés dans notre bibliothèque virtuelle.
i

Pas de problème, je le ferai.