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Voir la structure (exons/intron) d'un gene sur la séquence



  1. #1
    Goullech

    Voir la structure (exons/intron) d'un gene sur la séquence


    ------

    Bonjour, je cherche un moyen de connaitre le début et la fin des exons d'un gene sur une séquence d'adn. Je sais aller chercher la séquence du gene sur NCBI mais j'arrive pas a voir le début et la fin de chaque exon, la structure du gene en gros.
    Quelqu'un peut m'aider?

    -----

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  3. #2
    piwi

    Re : Voir la structure (exons/intron) d'un gene sur la séquence

    L'annotation de génome n'est pas évidente. Si votre gène appartient à un génome séquencé vous pourrez utiliser ensembl. Sinon, je ne sais pas trop. D'autant moins si votre gène code pour un bidule exotique peu étudié.

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  4. #3
    Goullech

    Re : Voir la structure (exons/intron) d'un gene sur la séquence

    Ok, je vais essayer "ensembl". Il s'agit de p53, dc c'est séquencé et ça n'est pas particulièrement exotique^^!
    Merci.

  5. #4
    piwi

    Re : Voir la structure (exons/intron) d'un gene sur la séquence

    P53? Aucun problème, vous allez trouver vos informations sur e! sans aucune difficulté. N'hésitez pas à repasser si vous n'arriver pas à naviguer sur le site, il ne se laisse pas dompter facilement.

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    DaM_s

    Re : Voir la structure (exons/intron) d'un gene sur la séquence

    bonjour,
    Sinon tu peux rentrer rentrer ta séquence sur genescan :
    http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
    Ce logiciel permet de déterminer les exons et les introns ainsi que la queue poly A et les 5' et 3'-UTR.

  8. #6
    Guillaume69

    Re : Voir la structure (exons/intron) d'un gene sur la séquence

    Sinon sur NCBI, dans la fenêtre "gene" de ta protéine, tu peux chercher CCDS = le meilleur consensus pour ta protéine.

    Et là tu vois directement le nombre d'intron/exon.

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  10. #7
    Goullech

    Re : Voir la structure (exons/intron) d'un gene sur la séquence

    Merci les gens!
    @piwi: j'ai testé ensembl (j'ai réalisé qu'il y a le lien sur la fiche ncbi gene) et j'ai trouvé les exons et introns. J'ai pas tout saisi de ce site mais j'apprendrai à l'usage j'imagine. C'est encore un peu compliqué pr moi tt ça.
    @DaM_s: Merci genscan c'est nickel!
    @Guillaume69: Désolé mais je vois pas de quelle fenetre "gene" tu veux parler dans ncbi... si t'a le temps d'expliquer où c'est ben c'est cool. Un imprime écran ce serait mm parfait.

    Très cordialement!

  11. #8
    Flyingbike
    Modérateur

    Re : Voir la structure (exons/intron) d'un gene sur la séquence

    Attentiion de bien discerner les données théoriques obtenues in silico par analyse de séquence et de sites consensus etc. avec les données réelles issues de l'étude de l'épissage des pré messagers

  12. #9
    LXR

    Re : Voir la structure (exons/intron) d'un gene sur la séquence

    Sur le NCBI avec Entrez Gene, on accède à la fiche Genbank du gène. Il suffit de faire un clic droit sur la représentation du gène, au-dessus des représentations des ARNm : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157. Une fois sur la fiche Genbank, il faut faire un peu défiler la page pour tomber sur le paragraphe "mRNA", où sont détaillées toutes les positions des jonctions exons-exons (on peut donc déduire la position des exons et des introns sur le gène) :

    Citation Envoyé par Genbank
    complement(join(1..1289,2208.. 2314,5134..5207,5300..5436,
    5780..5889,6458..6570,6652..68 35,7593..7871,7981..8002,
    8120..8218,18976..19144))
    Les différents mRNA codés par le gène sont alignés les uns à la suite des autres, d'un seul coup d'oeil on a ainsi accès à la position des exons/introns de tous les variants du gène générés par épissage alternatif.

  13. #10
    Goullech

    Re : Voir la structure (exons/intron) d'un gene sur la séquence

    Ok en fait j'ai un problème avec ensembl : par rapport à genscan il a l'avantage de me permettre de copier coller les exons. Seulement les exons donnés par ensembl, surlignés en rouge ici : http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/...565257-7590856

    Ben ils correspondent pas du tout avec les infos que j'ai moi! D'ailleurs, ça correspond pas à ce que me donne genescan (qui donne les 11exon corrects mais pas les séquences)
    ici :
    http://genes.mit.edu/cgi-bin/genscanw_py.cgi

    Piwi tu as l'air de connaitre ensembl si tu peux m'éclairer dans mon ignorance en bioinformatique!

    PS : à quoi correspondent les nucléotides en gras sur ensembl???

  14. #11
    Goullech

    Re : Voir la structure (exons/intron) d'un gene sur la séquence

    @LXR: Je vois l'idée, mais comment savoir le quels des variants messagers est celui qui m'interesse?Puis on a pas accés à la séquence des exons/introns.

    @Flyingbike: Tu as raison c'est super important et je ne sais pas du tt différencier l' in silico de ce qui vient de l'experience. Tu as des tuyaux pr m'aider peut etre?

    Merci vous répondez vite et pertinament, j'ai l'impression d’être un ignorant^^.

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