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Comment trouver une séquence promotrice d'un gène



  1. #1
    Aqualung

    Comment trouver une séquence promotrice d'un gène

    Bonjour,

    dans le cadre d'une expérience j'aurais besoin de trouver la séquence promotrice d'un gène, seulement sur ncbi je ne trouve que les séquences du gène pas des régions régulatrices.

    Existe t'il un moyen direct de trouver ces séquences ou bien dois-je tatoner et chercher à l'aveugle dans les séquences situées avant mon gène?

    J'aurais voulu chercher la séquence promotrice du gène APETALA-1 chez Arabidopsis thaliana.

    Merci d'avance de votre réponse

    -----


  2. #2
    MaliciaR

    Re : Comment trouver une séquence promotrice d'un gène

    Salut,

    as-tu essayé sur TAIR ? C'est la DB spécialisée pour Arabidopsis. Peut-être que tu auras des infos là. Sinon, faudrait bourriner autrement Mais ne t'attends pas à des miracles, les promoteurs eucaryotes ne sont pas la chose la plus facile à gérer.
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  3. #3
    Aqualung

    Re : Comment trouver une séquence promotrice d'un gène

    Non j'ai laissé tombé TAIR depuis un moment tellement la base est lente, je réessayerai, merci pour l'idée.

    Ce qui est assez lourd avec ces séquence c'est qu'elles sont sensées se trouver de 0 à 2500 pb avant le début du gène. Seulement la technique que je vise se fait à l'aide de fragments de 200 pb maximum

    Enfin j'ai une autre piste par un article, merci beaucoup

  4. #4
    gorben

    Re : Comment trouver une séquence promotrice d'un gène

    Salut,

    Desole je ne vais pas repondre a ta question, mais si tu cherches le promoteur d'un seul gene, qui se situe entre 0 et 2500 bp du codon d'initiation, est ce que ca ne serait pas plus simple de faire une 5' RACE pour avoir une idee d'ou se trouve le +1? C'est pas tres dur a faire comme manip et au moins ca te donne un resultat clair direct

    A+

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