La consanguinité un faux problème ... !

[invite986312212]

Et pourtant, leur "fitness" se défend bien...

bah, la santé publique au Pakistan n'est pas particulièrement florissante, donc en fait on n'en sait rien de leur fitness.
-----

[Alhec]

En tout cas ce n'est pas une nation menacée de disparaître (point de vue démographique) et que je sache, ils ne souffrent pas de maladies particulières, qui pourraient être imputables à la consanguinité. En fait en y réfléchissant bien, c'est en Europe qu'on a une mauvaise fitness, vu qu'un n'a plus assez d'enfants pour renouveler la population

[piwi]

A Amanuensis; à moins que quelque chose se soit passé en dehors du champ de cette discussion, je ne vois pas pourquoi tu t'emportes et fais cette sortie. Ne sommes nous pas en train de discuter justement?

Maintenant, pour répondre au message

La spéciation demande une prédominance de la reproduction consanguine entre les fondateurs de chaque future espèce ...

J'y avais réfléchis moi même dans mon coin. Il est évident que toute spéciation nécessite une reproduction inbreed. C'est incontournable. C'est partant de cette réflexion personnelle que j'avais amené sur le tapis le questionnement sur ce que l'on met sous le terme consanguinité. Je me suis d'ailleurs aussi demandé si je ne pouvais pas modéliser cela pour essayer de trouver un optimum. En gros, je mets n individus dont m portent un allèle marqué (pour ne pas parler de mutation). Pour m<n/2. Je pense qu'il doit y avoir une phase de dilution de l'allèle marqué où il se répand dans la population sous la forme hétérozygote puis doivent apparaitre des de plus en plus d'homozygotes. Il est intéressant de prendre en compte le nombre de petits par portée et le temps de génération. Bon c'est relativement grossier mais cela pourrait être informatif. Enfin, un dernier paramètre pourrait être de permettre, ou non, à des générations d'une même famille de se reproduire entre eux. Quelles différence entre les deux modèles? Je comprends que tu t'es déjà amusé sur ces questions. Quelles étaient les conclusions exactement?
Pour notre élevage de souris, il est frappant de constater qu'en croisant inbreed pendant un temps court (quelques générations, négligeables aux yeux de l'évolution) on voit apparaitre de nouveaux phénotypes. C'est très net au niveau du pelage. Vous croisez des souris noires entre elles, pendant un certain nombre de générations, elles sont toutes noires (c'est ce que vous attendiez), et puis on commence à avoir des blanches, des brunes, des grises... On ne parle que du pelage, les apparitions de phénotypes sont évidemment plus profondes. C'est pour cela que l'on construit le moins possible une lignée à partir d'un unique fondateur pour éviter ce que l'on appelle justement "l'effet fondateur" (je ne sais pas si les généticiens des populations utilisent ce terme).

Cordialement,
piwi

[Cendres]

C'est pour cela que l'on construit le moins possible une lignée à partir d'un unique fondateur pour éviter ce que l'on appelle justement "l'effet fondateur" (je ne sais pas si les généticiens des populations utilisent ce terme).

Cordialement,
piwi

L'expression "effet fondateur" s'utilise en génétique des populations, en effet.

[piwi]

En réfléchissant encore à la question, il me semble avoir compris ce qui m'avait peut être échappé dans la question princeps d'octanitrocubane. Je vais tenter de reformuler ce que je perçois; si il suit encore ce fil, il me corrigera si je me trompe. En fait, nous mettons toujours l'accent sur le fait que la consanguinité augmente la probabilité de survenue d'une anomalie congénitale. C'est l'exemple que j'ai pris pour illustrer mon propos en début de discussion. Mais au final, la consanguinité ne fait qu'accélérer l'apparition d'un caractère dépendant d'un allèle "caché" en évitant qu'il ne dilue dans la population. Ce caractère peut être pathologique, mais il peut tout aussi bien être avantageux, pourquoi pas? Dans cette configuration, la consanguinité avantage considérablement ceux qui la pratiquent. Ce qui serait intéressant de savoir c'est qu'elle est la proportion de mutations cachées avantageuses par rapport à celles désavantageuses. Je ne pense pas que ce ratio soit accessible, ni même approchable. Là clé de la réponse est pourtant là.

Cordialement,
piwi

[Cendres]

Mais au final, la consanguinité ne fait qu'accélérer l'apparition d'un caractère dépendant d'un allèle "caché" en évitant qu'il ne dilue dans la population. Ce caractère peut être pathologique, mais il peut tout aussi bien être avantageux, pourquoi pas? Dans cette configuration, la consanguinité avantage considérablement ceux qui la pratiquent.piwi

C'est assez proche de ce dont je parlais avec l'effet de purge, il me semble, pour les mutations très défavorables voire létales: élimination rapide de ceux-ci.

A rajouter au chapitre des bénéfices éventuels, l'effet hétérosis pour des sous-populations consanguines.

[invite7863222222222]

Pour les mutations défavorables et favorables, avec les probabilité, on comprend bien je pense. Mais si on écarte cela, peut-on corréler un effet lié à une notion biologique néfaste à la reproduction entre individu à la cosanguinité proche.

Finalement, c'est ca la question, non ?

[zepliner]

On entendait souvent à une époque la réflexion suivante "2 singes d'un même groupe local présentent plus de différences génétiques que 2 humains vivant chacun à l'autre de bout de la planète (hors cause de mondialisation....)"

N'est ce pas justement parce que la population humaine à été très faible à une période de sa pré-histoire qu'il y a relativement peu de variabilité génétique par rapport à d'autres espèces, et donc une plus grande sensibilité à des problèmes de consanguinité ?

[invite986312212]

attention, il ne faut pas confondre diversité génétique et différentiation génétique. Le premier terme concerne une population, le second un ensemble de populations.

on m'avait donné l'exemple suivant que je trouve assez parlant: tu considères 2 villages de l'arrière-pays catalan, et les villes de Barcelone et Londres.
La diversité génétique dans les deux métropoles est beaucoup plus grande que celle des villages, mais la différentiation entre ces deux villes est faible : les deux contiennent des individus venant du monde entier, alors que la différentiation entre les deux villages peut être élevée, s'ils n'ont pas échangé de migrants depuis longtemps.

il se passe la même chose à l'échelle mondiale dans les populations humaines : les populations africaines sont beaucoup plus diverses que les autres mais la différentiation est faible en Afrique, comparée aux autres continents.

[Alhec]

Effectivement, si Piwi a vu juste, alors oui la consanguinité peut être favorable, il suffit que la sélection naturelle agisse en faveur des homozygotes, ce qui est tout à fait possible. Mais il me semble dans ce cas que le terme "consanguinité" n'est pas utilisé.

[Alhec]

On entendait souvent à une époque la réflexion suivante "2 singes d'un même groupe local présentent plus de différences génétiques que 2 humains vivant chacun à l'autre de bout de la planète (hors cause de mondialisation....)"

N'est ce pas justement parce que la population humaine à été très faible à une période de sa pré-histoire qu'il y a relativement peu de variabilité génétique par rapport à d'autres espèces, et donc une plus grande sensibilité à des problèmes de consanguinité ?

En fait, je pense que cela signifie que les populations humaines ne sont pas isolées les unes des autres depuis très longtemps. Il n'est pas exclu que cela soit dû à un évènement de chute démographique brutales suivi d'une rapide expansion il me semble. Mais je ne connais pas l'histoire humaine.

[invitebd2b1648]

En réfléchissant encore à la question, il me semble avoir compris ce qui m'avait peut être échappé dans la question princeps d'octanitrocubane. Je vais tenter de reformuler ce que je perçois; si il suit encore ce fil, il me corrigera si je me trompe. En fait, nous mettons toujours l'accent sur le fait que la consanguinité augmente la probabilité de survenue d'une anomalie congénitale. C'est l'exemple que j'ai pris pour illustrer mon propos en début de discussion. Mais au final, la consanguinité ne fait qu'accélérer l'apparition d'un caractère dépendant d'un allèle "caché" en évitant qu'il ne dilue dans la population. Ce caractère peut être pathologique, mais il peut tout aussi bien être avantageux, pourquoi pas? Dans cette configuration, la consanguinité avantage considérablement ceux qui la pratiquent. Ce qui serait intéressant de savoir c'est qu'elle est la proportion de mutations cachées avantageuses par rapport à celles désavantageuses. Je ne pense pas que ce ratio soit accessible, ni même approchable. Là clé de la réponse est pourtant là.

Cordialement,
piwi

Oui, c'est ce que je voulais dire mais je tiens à préciser :
Lorsqu'un allèle portant une mutation avantageuse est créé, cela ne touche au départ qu'un seul individu (je vois mal une même mutation avantageuse apparaître chez plusieurs individus en même temps ... ) et s'il ne lui arrive rien de catastrophique avant la/les reproductions alors cette mutation sera disséminée ... mais pour avoir pleinement le potentiel de la mutation avantageuse, il faut des homozygotes !!!

Donc, il ne s'agit pas de rester dans la consanguinité, mais ce serait transitoire ... !

Cordialement,

[Alhec]

Non il ne faut pas nécessairement des homozygotes. Il existe un phénomène, appelé "balancing selection", dans lequel ce sont les hétérozygotes qui sont avantagés face aux homozygotes. Evidemment, il est impossible d'avoir une population constituée exclusivement d'hétérozygotes (sauf si l'homozygotie est létal), d'où l'effet de "balance"

[kamor]

Oui, c'est ce que je voulais dire mais je tiens à préciser :
Lorsqu'un allèle portant une mutation avantageuse est créé, cela ne touche au départ qu'un seul individu (je vois mal une même mutation avantageuse apparaître chez plusieurs individus en même temps ... ) et s'il ne lui arrive rien de catastrophique avant la/les reproductions alors cette mutation sera disséminée ... mais pour avoir pleinement le potentiel de la mutation avantageuse, il faut des homozygotes !!!

Donc, il ne s'agit pas de rester dans la consanguinité, mais ce serait transitoire ... !

Cordialement,

Encore une fois, cette mutation sera transmise si elle touche aussi les gamètes, sinon la mutation ne concernera que l'individu muté.

[invitebd2b1648]

Non il ne faut pas nécessairement des homozygotes. Il existe un phénomène, appelé "balancing selection", dans lequel ce sont les hétérozygotes qui sont avantagés face aux homozygotes. Evidemment, il est impossible d'avoir une population constituée exclusivement d'hétérozygotes (sauf si l'homozygotie est létal), d'où l'effet de "balance"

Petite question naïve : est-ce que cela a à voir avec les gènes dominants et récessifs ???

Encore une fois, cette mutation sera transmise si elle touche aussi les gamètes, sinon la mutation ne concernera que l'individu muté.

Oui, mais la méiose se fait bien à partir du génome de l'individu muté avantageusement ... non ???

Cordialement,

[Amanuensis]

Oui, mais la méiose se fait bien à partir du génome de l'individu muté avantageusement ... non ???

Oui et non. La lignée germinale est séparée des autres.

Faut penser d'un côté la lignée germinale, qui part de l'oeuf et aboutit après quelques dizaines de divisions à des cellules qui vont subir une méiose, et de l'autre côté les lignées somatiques.

Si une mutation se produit dans une lignée somatique, cela peut modifier le phénotype de l'individu (et "l'avantager", quoi que cela veuille dire), mais cela ne sera pas transmis à ces descendants.

Si une mutation se produit dans la lignée germinale, cela ne modifiera pas l'individu porteur, mais sera éventuellement transmis à une partie de ses descendants.

Si on parle de l'apparition d'une mutation chez un organisme multi-cellulaire, l'individu dans lequel elle se produit et les individus dans lesquels elle se manifeste peuvent être distincts.

Reprenons ton texte :

Lorsqu'un allèle portant une mutation avantageuse est créé, cela ne touche au départ qu'un seul individu (je vois mal une même mutation avantageuse apparaître chez plusieurs individus en même temps ... ) et s'il ne lui arrive rien de catastrophique avant la/les reproductions alors cette mutation sera disséminée ...

il n'est pas très satisfaisant si on prend en compte ce qui expliqué plus haut... Par exemple, la même mutation peut "apparaître" (se manifester phénotypiquement) chez plusieurs individus (des frères et sœurs !), et ce sont eux qui vont éventuellement disséminée la mutation. On pourrait réécrire :

"Lorsqu'un allèle portant une mutation transmissible est créée, cela ne touche au départ que la lignée germinale d'un seul individu. Il la transmettra éventuellement à un ou plusieurs de ses descendants. S'il ne leur arrive rien de catastrophique avant la/les reproductions alors cette mutation sera disséminée ..."

Note : on peut aussi imaginer le cas d'une mutation se produisant pendant la méiose même, par exemple lors du cross-over (un processus créateur peut-être de mutations mais certainement de nouveauté), auquel cas cela concernera qu'un individu, et à la fois ses lignées germinales et ses lignées somatiques. C'est le cas "limite", à la limite entre le parent et le descendant.

[invite9fdbe39f]

Je vais essayer de contribuer, avec mes maigres connaissances (en génétique végétale en fait) au risque de revenir en arrière dans le débat. Cette discussion est intéressante, elle est une question centrale en génétique je trouve, pas vraiment résolue.

La consanguinité est un faux problème.

Chez les végétaux la consanguinité n'est un problème que chez une partie des végétaux. Chez certaines espèces les individus tolèrent mieux la reproduction avec des apparentés qu'avec d'autres individus (les espèces autogames souvent). D'autres au contraire ont une tolérance à la consanguinité quasi nulle (les allogames); chez ces espèces, la dépression de consanguinité est très forte.

L'intensité de la dépression de consanguinité varie selon l'espèce donc; peut-être même selon les populations (ex. les pakistanais!). Peut-être que c'est dû à une contre sélection précoce (dans cette population pakistanaise) de ces allèles délétères à l'état homozygote (= purge?) ? via une pression culturelle, ou géographique ou je sais pas quoi, qui a maintenu ce genre de reproduction sur plusieurs générations...

A contrario, chez certaines espèces végétales (allogames), ce phénomène conduit à une supériorité de l'hétérozygote par rapport à l'homozygote (pas à un locus, mais en général). Ce phénomène est d'ailleurs exploité de manière récurrente en amélioration des variétés végétales : chez de nombreuses espèces, les variétés commercialisées sont des hybrides F1, parce que cette hétérozygotie maximale semble leur conférer une plus grande vigueur, une plus grande productivité. On appelle cela l'heterosis (l'opposé de l'effet d'inbreeding).

L'heterosis est mal expliqué, alors qu'il est central (mis en évidence par Darwin d'abord, Shull 50 ans plus tard), et étudié depuis. L'hypothèse la plus répandue pour l'expliquer est celle que vous avez plus ou moins évoqué; c'est l'hypothèse dite de dominance, selon laquelle l'hétérosis résulte de l'accumulation d'allèles dominants à de multiples loci (ou la mise sous silence des récessifs délétères). Une autre hypothèse, peu soutenue, est celle dite de superdominance : la supériorité de l'état hétérozygote par rapport à l'état homozygote (c'est à dire à un seul locus, et cumulé sur l'ensemble du génome).

Qu'est ce qui peut faire (l'avantage) qu'une espèce (ou une pop) tolère la consangunité ? une explication, c'est que cette population possède des allèles supérieurs (mais récessifs?) de tolérance à un milieu perturbé (toxique par exemple). Cet avantage lui confère la colonisation exclusive de ce milieu; mais cet avantage est mis en péril si elle se reproduit avec d'autres populations qui ne possèdent pas cette tolérance/cet avantage.

Donc, dans l'absolu, la consanguinité ne semble pas être un problème. Dans certains milieux, elle est favorable.

Je sais pas si ça contribue vraiment, je donne des exemples que tout cela m'inspire; je vous encourage à réagir.

[Amanuensis]

Bonjour,

Je constate que personne n'a réagi au message de Haldane.

Alors, ce message est juste pour dire que je trouve son analyse très intéressante, exposant des idées qui, pour moi, "sonnent bien", mieux que ce qu'on voit souvent sur le sujet.

Merci pour cette intervention.

[invitebd2b1648]

Bin oui Amanuensis j'ai trouvé le message de Haldane très pertinent !

Mais n'ayant pas suffisamment de connaissances, j'aurais aimé une critique de la part de Piwi par exemple, un spécialiste quoi !

@ +

[piwi]

Bonsoir,

Je ne suis absolument pas spécialiste, ni de la biologie des populations (qui étudie ces questions de répartitions des allèles, pour l'homme), ni de le biologie végétale. C'est pourquoi, dans cette discussion, je n'ai donné qu'une opinion qui ne repose que sur ma réflexion personnelle et qui n'est pas étayée par une bibliographie (que je ne maitrise pas) et que je n'ai pas commenté la précédente intervention, que j'ai lu.

Je suis flatté que l'on donne du poids à mes interventions, mais l'honnêteté me pousse à devoir rappeler que je ne suis pas omniscient en biologie.

Cordialement,
piwi

[kamor]

Mais.... si mes maigres connaissances en biologie végétale sont à jour, un individu ne peut s'autoféconder, ce qui pourrait correspondre à une consanguinité.

[Cendres]

Mais.... si mes maigres connaissances en biologie végétale sont à jour, un individu ne peut s'autoféconder, ce qui pourrait correspondre à une consanguinité.

"ne peut s'autoféconder", ou "peut s'autoféconder"? Il existe des espèces, chez les orchidées par exemple, essentiellement autogames.

[invite9fdbe39f]

"ne peut s'autoféconder", ou "peut s'autoféconder"? Il existe des espèces, chez les orchidées par exemple, essentiellement autogames.

Oui; ou encore le blé, la laitue, ou le modèle A. thaliana.
Les variétés de blé vendues ne sont par conséquent pas des "hybrides", hétérozygotes, mais des lignées, homozygotes.

Je crois que ça n'existe pas dans le règne animal ? même si on trouve des insectes qui peuvent se reproduire par parthénocarpie (comme le puceron il me semble) - à priori leurs descendants seraient homozygotes aussi, ce qui suggère une purge des allèles récessifs délétères (ceux qui sont létaux au moins) aussi ?

De rien pour l'intervention, le sujet dans son ensemble est intéressant, j'espère que d'autres contribueront!

[Edelweiss68]

Je crois que ça n'existe pas dans le règne animal ?

Les taenia peuvent s'autoféconder notamment Taenia solium.

[Cendres]

Je crois que ça n'existe pas dans le règne animal ? même si on trouve des insectes qui peuvent se reproduire par parthénocarpie ?

En ce qui concerne la parthénogenèse, on la rencontre en effet chez les insectes, mais aussi les reptiles, certains crustacés et mollusques, apparemment aussi chez les requins.

[Amanuensis]

Je crois que ça n'existe pas dans le règne animal ? même si on trouve des insectes qui peuvent se reproduire par parthénocarpie (comme le puceron il me semble) - à priori leurs descendants seraient homozygotes aussi, ce qui suggère une purge des allèles récessifs délétères (ceux qui sont létaux au moins) aussi ?

Je ne comprends pas. La parthénogénèse (= parthénocarpie) ne donne pas des descendants homozygotes, elle donne des descendants génétiquement identique à la mère.

La parthénogénèse n'impacte (peut-être) qu'indirectement le taux d'homozygotie dans une population, en augmentant la probabilité de procréation sexuée (quand il y en a) entre apparentés.

C'est différent de l'auto-fécondation, qui est le cas extrême de la procréation consanguine. Néanmoins celle-ci n'amène pas 100% d'homozygotie, mais seulement 50% d'homozygotie traçable aux parents (et répartie de manière très diverse s'il y a cross-over). (Evidemment, si elle se répète, le taux augmente à chaque génération.)

Pour moi la parthénocarpie/parthénogénèse est un sujet très différent de la consanguinité : je ne vois pas la pertinence de la mentionner dans ce fil, si ce n'est pour dire que cela n'a pas de relation directe avec la consanguinité.

---

Quand à l'auto-fécondation chez les animaux, faudrait rechercher dans les espèces hermaphrodites. Il y en a bien moins que chez les phanérogames par exemple, où les espèces dioïques sont des exceptions.

Le wiki francophone dit :

[L'hermaphrodisme] existe à l'état naturel chez certains animaux comme certaines cochenilles, certaines coquilles Saint-Jacques, l'escargot et le lombric. On peut assister alors à une autofécondation : la fécondation des œufs se fait par les spermatozoïdes du même organisme. Mais ce phénomène reste plutôt rare

[invite986312212]

Je ne comprends pas. La parthénogénèse (= parthénocarpie) ne donne pas des descendants homozygotes, elle donne des descendants génétiquement identique à la mère.

ce n'est pas ce que j'avais compris. Il me semble que les mâles des abeilles sont parthénogénétiques et évidemment différents de leur mère.

[Amanuensis]

ce n'est pas ce que j'avais compris. Il me semble que les mâles des abeilles sont parthénogénétiques et évidemment différents de leur mère.

C'est un cas exceptionnel : les mâles sont haploïdes, les femelles diploïdes. La parthénogenèse usuelles est de femelle à femelle.

Je précise donc : quand la procréation parthénogénétique d'une femelle diploïde donne une femelle diploïde, cette dernière est génétiquement identique à la mère.

PS : Je ne vois pas l'intérêt de contredire quelque chose s'appliquant en général par une exception bien choisie.

PPS : Cela reste hors sujet pour la consanguinité.

[invite986312212]

PS : Je ne vois pas l'intérêt de contredire quelque chose s'appliquant en général par une exception bien choisie.

c'est parce que tu ne vois pas l'intérêt de t'exprimer avec précision.

d'ailleurs ce n'est pas vrai que la parthénogénèse donne des être identiques: dans certains cas elle résulte de la fusion de deux gamètes femelles. Dans d'autres cas elle résulte du développement d'un gamète anormal resté diploïde et là effectivement c'est un clone.

[Cendres]

c'est parce que tu ne vois pas l'intérêt de t'exprimer avec précision.

Les messages d'Amanuensis dans d'autres domaines témoignent pourtant du contraire.

Il parle là d'ailleurs d'un cas particulier de parthénogenèse, et non de l'ensemble des possibilités.

Pour en finir avec ce HS par rapport à la consanguinité, on peut lire:


http://en.wikipedia.org/wiki/Parthenogenesis

http://biodeug.com/new/index.php?opt...d=25&Itemid=67