Affinité protéine

[invite8f729e24]

Bonjour,

Je me demandais ce que représentait exactement la notion d'affinité.
Quels sont les phénomènes impliqués ? Par exemple, lorsqu'on parle de l'augmentation d'affinité d'une enzyme pour son substrat.

Merci de vos réponses !
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[invite75e918c6]

Pour les enzymes, il y a plusieurs facteurs qui réagit sur l'affinité du substrat (bien sur, je reste sur les enzymes de type mickaelienne, pas les allostérique).

Tu as le pH, la température, la force ionique et la concentration de substrat (pas sur pour le dernier mais je sais qu'il y a un 4e facteur).
Les intéraction enzyme-substrat sont des intéractions faibles (je ne parle pas d'inhibiteur) et donc on définit

vi = (Vmax(S))/(Km + (S))

où Km est l'inverse de l'affinité de l'enzyme pour le substrat et cela dépend bien sur des conditions que j'ai énoncé au début de mon paragraphe


Bon, la notion d'affinité, il n'y a pas d'ambiguité possible, c'est l'attraction possible entre 2 éléments qui vont se rapprochés en fonction de leur charge (à l'inverse de la répulsion) et ça, ça met en jeu des intéractions faibles (ionique, hydrogène, Vander Walls, hydrophobe etc...)

[Jean-Luc P]

C'est encore plus simple qu'avec les enzymes : la constante d'affinité c'est l'inverse de la constante de dissociation du complexe protéine-ligand.

Et dans le cas de l'enzyme K_M est une valeur approximative de la constante de dissociation KK_d.

[invite8f729e24]

Du coup, si je comprends bien :
- les interactions protéiques correspondent à des phénomènes électriques,
- l'affinité représente la force de cette interaction,
- et une plus grande affinité correspond par exemple à un changement de conformation d'une des molécules induisant alors de nouvelles interactions faibles
??

[A voir en vidéo sur Futura]

[Jean-Luc P]

Non ce n'est pas électrique, juste chimique (interactions faibles, complémentarité stérique) !

L'affinité correspond bien à la force des interactions, du moins à la rétention du ligand par la protéine.

Au fait jeviens de voir qu'il y a un K de trop à la fin de ma précédente réponse (je laisse énormément de coquilles, désolé).

Effectivement l'ajustement induit est un mécanisme permettant d'augmenter l'affinité.