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taille moyenne fragments de restriction



  1. #1
    erkki

    taille moyenne fragments de restriction

    Bonjour,
    Je bloque sur une question où l'on me demande de calculer la taille moyenne des fragments de restriction après digestion par ecoR1 (site reconnaissance: GAATTC) de l'adn humain


    Sachant que la fréquence des bases adénine= 0.3
    fréquence des bases cytosine=0.2

    Si vous avez une idée sur la chose je suis tout ouïe
    Merci d'avance

    -----


  2. #2
    U.N.Owen

    Re : taille moyenne fragments de restriction

    Tu sais que les bases A et T sont complémentaires (pareil pour G et C) et qu'il y a environ 3x10^9 paires de bases dans le génome humain.

    Apres ça il ne te restes plus qu'a calculer la fréquence d'apparition de ton site EcoRI et de multiplier par la taille du génome.

  3. #3
    erkki

    Re : taille moyenne fragments de restriction

    Salut,
    merci pour ta réponse owen!
    Justement en calculant la fréquence d'apparition, j'avais trouve 1 pour 4096 (4^6), donc j'en avais déduit que la taille moyenne était de 4096 pB.
    Le nombre de fragments étant ensuite obtenu par simple division avec les nombre de pB du génome humain.

    Seulement je ne vois pas l’utilité des fréquences des bases.. Elles ne servent qu'à avoir la proportion de ces bases dans chacun des fragments? donc 0.3*4096 pour A et T et 0.2*4096 pour C et G ?

    cdt

  4. #4
    U.N.Owen

    Re : taille moyenne fragments de restriction

    Seulement je ne vois pas l’utilité des fréquences des bases.. Elles ne servent qu'à avoir la proportion de ces bases dans chacun des fragments? donc 0.3*4096 pour A et T et 0.2*4096 pour C et G ?
    La fréquence d'apparition de la sequence GAATTC dans le génome humain est égal au produit de la fréquence d'apparition de chacune de ces bases, soit 0.2*0.3*0.3*0.3*0.3*0.2 = 324x10-4 qui est aussi égal a 324 séquences GAATTC dans 1'000'000 bp.

    Après ça il ne te reste plus qu'a multiplier la fréquence d'apparition de GAATTC par le nombre de paire de bases dans le génome humain pour avoir le nombre de sites théoriques EcoRI dans notre génome. Et vu que tu désires avoir la taille moyenne des fragments, tu n'as plus qu'a diviser la taille du génome par le nombre de séquences EcoRI.

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