Retrouver la séquence ARNm d'une protéine

[inviteb4e69e1e]

Bonjour à tous,

J'ai aujourd'hui du chercher la séquence ARNm (épissée) d'une protéine. Après un peu de recherche, j'ai fini par trouvé, en passant par NCBI, puis en retrouvant la CCDS. Est-ce que quelqu'un aurait une autre technique, ou bien un outils plus performant/rapide?

Merci.

Astro
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[Yoyo]

Salut

C'etait dans quel cas? Si la sequence n'est pas trop grande, tu peux convertir les acides aminés en codon (dégénérés). Il restera certaines incertitudes, mais tu auras une sequence quasi parfaite.

YOyo

[inviteb4e69e1e]

C'était pour connaitre le pourcentage d'uracile dans mon ARNm, du coup, non, la dégénérescence, c'est pas génial.

Et en plus c'était une protéine de plus de 500 aa...

[invitea74316c7]

Tu peux aller sur ensembl.org et trouver ainsi la séquence des exons et introns mais ce n'est pas beaucoup plus rapide!

[A voir en vidéo sur Futura]

[Aqualung]

Le NCBI est un bon outil, pas forcément infaillible mais un des meilleurs. Si tu travailles sur Arabidopsis il y a TAIR mais il est très lent.

[inviteb4e69e1e]

Merci à tous pour vos réponses