microorganismes et hydrocarbures

[invite9167dbb5]

Bonjour,

Je travaille actuellement sur un projet de bioremédiation des sols, principalement par compostage, pour mon stage de fin d'étude en Master "microbiologie et biotechnologies pour l'environnement".

Je souhaite faire l'inventaire des genres microbiens capables de dégrader les hydrocarbures linéaires saturés dans les sols. J'ai déjà trouvé dans la littérature les genres suivants:
*Pour les Bactéries Gram+: Arthrobacter, Corynebacterium, Mycobacterium, Micrococcus, Nocardia, Rhodococcus.
*Pour les bactéries Gram -: Pseudomonas, Alcaligenes, Xanthomonas, Acinetobacter, Flavobacterium, Agrobacterium, Enterobacter, Comamonas, Burkholderia.
*Pour les Champignons: Aspergillus, Penicillium, Fusarium, Trichoderma, Acremonium, Colletotrichum, Pestalotropsis, Alternaria, Ochroconis, Eleutherascus.
*Pour les levures: Candida, Pichia, Yarrowia, Torulopsis.

Je suppose que ma liste n'est pas exhaustive...
Connaissez vous d'autre genres microbiens correspondant?
Y en a-t-il dans cette liste qui ne vous paraissent pas correspondre?

Enfin ma plus grande interrogation est la suivant: Je travaille sur l'utilisation de coproduits que l'on adjoint au sol contaminé pour optimiser le milieu... Mais si je connais les facteurs nécessaires au développement bactérien, il me manque un élément de taille, des données chiffrées!!! Connaissez vos des ouvrages ou des articles qui indiquent des "seuils" pour l'azote, le carbone, le soufre, les oligoéléments, les macro-éléments... Ou avez-vous vous même des données à me communiquer...

Enfin je n'ai aucune idée des besoins des champignons et des levures, pouvez vous m'éclairer sur ce point, me donner des pistes?

Merci de votre temps et de votre attention et que vive le partage de la science!
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[ratafouin]

Je suis pas un spécialiste des bactéries mais pour les champignon et levure je peux peut être t'aider un peu.
Pour la culture de levure en laboratoire on se basse surtout sur des milieux justement à base d'extrait de levure. Ces extraits sont très complet on peut rajouter d'autres complément comme des peptones. Pour les sucres les levures mangent quasi tout les sucres(glucose, galactose, ethanol, lactate, glycérol, méthanol pour certaines...)

Pour les champignons c'est encore plus simple ça peut même pousser pour certaine souche juste sur de l'agar. J'ai même vu des aspergillus pousser dans des milieux contenant des solvants organiques capables de dissoudre du plastique... La plupart des champignons se développent dans la nature sur des matériaux en décomposition, donc ça pousse assé facilement sur quasiment n'importe quoi.

Après il ne faut pas oublier que dans les laboratoire on utilise qu'un infime partie des organismes vivant existant. Beaucoup ne sont pas "utile" pour la rechercher ou du moins ne font pas mieux que les copains. D'autres sont purement incultivable, beaucoup d'espèces ont été découvertes récemment par des études de séquençage de tous les ADN trouvés dans un échantillon de sol. On connaît ainsi beaucoup d'organisme qu'on ne sait pas cultiver. Et pour finir il y a beaucoup d'organisme qu'on ne connaît pas...

Ces deux dernières catégories d'organisme ne devrait pas être ignoré pour la biorémédiation des sols même si très compliqué de les utiliser

[invite9167dbb5]

Merci beaucoup ratafoin,

Je retiens donc pour simplifier que pour ce qui est des champignons, les capacités d'adaptation et de développement sont semblable à celles observées chez les bactéries... Et que comme pour les bactéries, il existe des souches non cultivables et qui ne peuvent donc être mise en évidence que par des techniques de biologie moléculaire...

Encore merci!

[ratafouin]

Juste à noter que les bactéries poussent beaucoup plus vite que des champignons filamenteux type moisissure ou encore les levures.

De plus les champignons filamenteux poussent même au froid, une boite d'agar laissée dans un frigo plusieurs semaines voir mois peut se contaminer alors que à 4° les bactéries vont beaucoup moins bien se développer

Et pour finir les champignons filamenteux ou levure se stock mieux (surtout plus longtemps) à 4° que des bactéries.
Par contre si tu fais des stock cryogénique à -80° c'est pareil

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite9167dbb5]

Ok, merci beaucoup pour ces précision...mon projet avance lentement mais sûrement!