Bonjour,
J'utilise depuis un moment le BLAST de ce site:
http://www.yeastgenome.org/cgi-bin/blast-sgd.pl
mais sans vraiment comprendre les tenants et aboutissants des différents réglages proposés.
Depuis 2 jours je cherche une explication simple (je ne suis pas en bioinformatique) sur l'utilisation de la E-value, de la S-value, etc...
Par exemple, si je veux définir un primer (env 20-30pb) pour amplifier un gène à partir du génome de S cerevisiae, et que je veux vérifier que ce primer ne se "colle" pas partout ailleurs quels réglages je dois faire et pourquoi?
De même lorsque que je défini une zone d'homologie (vers 80pb) pour de la recombinaison homologue et que de la même manière je veux être sûr que la recombinaison se fasse au bon endroit (pas de zones trop proche au niveau séquence) quels réglages je dois faire et pourquoi?
Merci de m'éclairer, j'ai bien trouver des explications sur la définition de E, de W mais S me pose vraiment problème.
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