enzymes de restriction

[invite86eca32f]

Bonjour pouvez vous m'aider svp surtout pour les questions 3, 4 5 et 6 ou je suis totalement perdu ! Merci d'avance de m'expliquer ça sur des schémas .
Un expérimentateur a préparé une solution d'ADN d'un petit virus. Une observation au microscope électronique lui montre que les molécules sont circulaires. A des échantillons de la préparation d'ADN sont ajoutées des endonucléases de restriction différentes A,B, C.D est un marqueur de poids moléculaire. Les produits d'hydrolyse sont analysés par électrophorèse sur gel d'agarose. Les résultats sont indiqués sur le schéma ci-dessous:

120110-165935.jpg

Question 1) : Combien chacune de ces enzymes produit-elle de points de coupures spécifiques sur l'ADN ?
Moi je pense que pour A il y'a 2sites de restrictions , pour B il y'en a 1 et pour C il y'a 2 sites de restrictions.

Question 2): Placer sur 3 cercles symbolisant l'ADN les points de coupures que vous avez identifiés respectivement pour les enzymes A,B et C.

Des échantillons de la préparation d'ADN sont traités simultanément par deux enzymes. Les résultats sont donnés dans la deuxième partie de la figure.
Question 3): Placer sur un cercle symbolisant l'ADN les points de coupures résultant de l'action simultanée de A+B.

Question 4):Placer sur un cercle symbolisant l'ADN les points de coupures résultant de l'action simultanée de B+C.
Question 5):Combien de fragments d'ADN obtiendrait-on si l'on faisait agir simultanément A,B et C?
Question 6): Placer sur un cercle symbolisant l'ADN les points de coupure résultant de l'action simultanée de ces 3 enzymes.


Pour la question 2 voila ce que j'ai fait voir ci dessous:

120110-173019.jpg
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[invite86eca32f]

personne ?

[piwi]

Bonjour,

Les exercices se postent dans la rubrique exercice. Merci de respecter la lisibilité du forum.

Sinon, pour votre exercice, ça ne va pas, tout est faux.
Reprenons. Vous avez un ADN circulaire. Quand une enzyme coupe un unique site de restriction, on ne sort pas de fragment (ce que l'on observe pour de l'ADN linéaire), on linéarise la boucle. Dans ce cas là, en on observe une seule bande, de la taille du plasmide, dans un gel d'électrophorèse. Si l'enzyme coupe deux sites de restriction, à ce moment là on sort un fragment. 3 sites, deux fragments... etc.

Je vous laisse mûrir cela, vous devriez pouvoir avancer seul. Si ça bloque encore après cela, on reprendra ensemble.

piwi

[invite86eca32f]

Pour le question 1 je suis sûr que c'est bon car on a corrigé la première question avec ma prof de biologie moléculaire. Elle a dit que c'est bien
A 2sites , B 1 site et pour C il y'a 2 bandes de 2 fragments et donc il y'a 2 sites de restriction.

Mais pour les autres question je bloque totalement.

[A voir en vidéo sur Futura]

[piwi]

Pardon! je n'avais pas vu que les bandes du haut étaient les puits de dépot. OK c'était bon.
Question 3: observez bien les deux fragments du virus coupé par A uniquement. Il y en a un grand et un petit. Pour A, il n'y a qu'un site de restriction. Maintenant, A+B, le grand fragment A est conservé. En revanche, le petit fragment A est remplacé par deux petits fragments, ce qui signifie que le site de coupure B est dans le petit fragment A. Vous pouvez retrouver sa position à partir de la taille des deux petits fragments et le placer sur votre carte de restriction.
Question 4: même idée
Question 5: Le grand fragment C est plus grand que le grand fragment A. En revanche les deux sont coupés par l'enzyme B. Du coup, vous pouvez placer A dans C sur votre carte de restriction. Si vous faites une restriction A+B+C vous aurez un fragment C1A1, A1B, BA2, A2C2 et aussi C2C1.
Question 6: répondu.

Cordialement,
piwi

[invite86eca32f]

ok merci pour la réponse !
Pouvez vous m'expliquer je ne comprend pas pourquoi il y'a 2 cas quand on fait A+B et 2 cas aussi quand on fait B+C . Un autre prof de biologie moléculaire m'a dit que pour les questions 3 et 4 normalement c'est:





Mais moi je ne comprend vraiment pas la différence et surtout comment on a trouvé les 2 cas après avoir fait B+C ????Comment on est arrivé à ça ? Même chose pour les 2cas après avoir fait A+B ?

[piwi]

grossièrement vous avez ceci:
A1--------------------------A2

La coupure par B entraîne la formation d'un grand et d'un petit fragment, mais vous ne savez pas si le grand fragment est A1B ou BA2!
A1-----B-------------------A2 ou A1-------------------B-----A2

D’où les deux cas.

[invite86eca32f]

A d'accord merci beaucoup ! Donc si je comprend bien on peut mettre le B n'importe ou mais l'important c'est de faire toujours 2 cas différents à chaque fois ?

Cela ce peut que le B soit au milieu de A1 et A2 par exemple ? Dans ce cas comment fait-on pour les 2 cas ???

[piwi]

Imaginons que A1A2 fasse une taille n dans le gel. Si le site de restriction B se trouve au milieu de A1A2, alors après digestion par B, A1A2 aura disparu et aura été remplacé par une petite bande de taille n/2 qui correspondra à A1B et BA2. Il n'y a bien évidemment qu'un seul cas.
Après il n'y a pas toujours deux cas, ça dépend des vecteurs et des restrictions que l'on effectue. Parfois, on peut trancher de manière définitive; j'ai un peu la flemme d'inventer un exemple sur le tas ou d'en chercher un dans mes archives.

piwi

[invite45437e70]

bonjour,
B ne peut pas etre au milieu de A1 et A2 sinon dans le résultat A+B tu n'aurais que deux traits, car A1B et A2B auraient la meme longueur et seraient confondues dans l'electrophorese.
Quant à faire deux cas, je pense qu'un cas suffit vu qu'il est représentatif...

[invite86eca32f]

Si je comprend bien vous voulez dire que ça ne sert à rien de faire 2 cas vu qu'il seront pareils si B est au milieu de A1 et A2 ???

Sinon pour votre message piwi après la digestion par B comment les fragments se réassemblent t-ils ?

[invite86eca32f]

personne ?

[piwi]

Les fragments d'acides nucléiques migrent dans les gels électrophorétiques en fonction de leurs tailles (chaque nucléotide apporte une unité de charge par leur phosphore). Ils ont la même taille, ils migrent ensemble. Il n'y a rien de plus à ajouter.

piwi