Bonjour,
Je suis étudiante en deuxième année de Master Recherche en Microbiologie de l'environnement et dans le cadre de mon stage, je travaille sur la diversité d'une séquence protéique qui présente une certaine variabilité. La question est de savoir si la diversité de cette séquence est influencée par l'environnement. Nous disposons d'une série de données obtenues à partir de l'échantillonnage de plusieurs sédiments. Pour chaque sédiments, il y a environ 80 séquences. Les "coverage value" ont été calculé selon l'indice de Good et sont supérieurs à 0,5 pour tous les sédiments. Actuellement, nous avons formé des OTUs avec un pourcentage de similarité de 97% et créé une matrice donnant le nombre de séquences présentes pour chaque OTU dans chacun des milieux d'échantillonnage.
Nous avions traité cette matrice par une ACP mais on nous a dit que cette analyse ne convenait pas car notre matrice était une table de contingence et que cela se traitait par une AFC. Cependant, cette analyse ne nous convient pas car elle semble ne prendre en compte que le "profil" et non les effectifs.
Auriez-vous une suggestion quant à la façon d'analyser ces données ?
Merci d'avance.
Justine
PS : Je tiens à préciser que je n'ai que des bases de statistiques et je m'excuse si mes explications ne sont pas claires. Si c'est le cas, n'hésitez pas à me demander de plus amples explications.
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