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extraction ARN



  1. #1
    biotechmona

    extraction ARN


    ------

    bonjour
    je fais des extractions au trizol. la première fois j'ai lancé avec trizol invitrogen qd j'ai fait mon profil de migration j'ai eu les 2 bandes (18 et 28S).
    là j'ai changé de trizol (ambion) j'ai refait l'extraction pas mal de fois mais j'ai tjrs le mm profil: les 2 bandes bien intense avec qlq bandes faible en dessous, Au début j'ai cru que c'est une dégradation mais avec le nbre de répétition que j'a fait ça l'air de se reproduire même en changeant les solutions (bien stérile)et en travaillant enconditions RNase free. je note que la concentration d'ARN était très élevée entre 800 et 2700 ng/1µl
    je ne sais pas si je continue la manip avec ces ARNs ????
    mercii pour votre aide

    -----

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  3. #2
    Flyingbike
    Modérateur

    Re : extraction ARN

    Tu as une photo ?

    Il est normal de voir d'autres bandes que le 18 et 28S, il n'y a pas que ces ARN dans une cellule !
    (on peut notamment voir des messagers, l'ARNr 5,8S...)

  4. #3
    biotechmona

    Exclamation Re : extraction ARN

    merci pour votre reponse.
    j'ai demandé a qlq'1 de mon labo, mais il m'a dit que je ne peux pas savoir si ce sont d'otr ARNs ou bien c un profil de dégradation?
    Normalement cette personne a tjrs un profil avec 2 bandes (18 et 28S) bien intense avec rien d'autre!!!!

  5. #4
    Flyingbike
    Modérateur

    Re : extraction ARN

    c'est pour ça que je demandais une photo. En général la dégradation produit des smears, mais il n'est pas anormal de voir autre chose que les ARNr, surtout avec des concentrations pareilles (combien déposes-tu ?)

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    biotechmona

    Re : extraction ARN

    Nom : monaARN2.jpg
Affichages : 51
Taille : 120,0 Ko

    ci-joint la photo du gel. les 2 premiers correspondent aux ARN à 250ng le 3eme c le marqueur du taille
    merciiii

  8. #6
    Flyingbike
    Modérateur

    Re : extraction ARN

    250 pour les deux ? il y a une nette différence de quantité.

    Effectivement je ne voyais pas ça comme ça...

    La "patate" en bas pourrait en effet être un début de dégradation

    tu déposes dans quelles conditions ? dénaturantes ?

    d'ou viennent ces arn ?

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  10. #7
    biotechmona

    Re : extraction ARN

    merci pour votre réponse.
    je dépose 1µl d'ARN dilué + 2µl de marqueur de taille, sur gel 1%.
    en faite, après reconstitution de l'ARN dans l'eau je ne fais pas l’étape d'Incubation à 55-60°C pdt 10 -15min. je laisse les tubes à température ambiante pendant 5min puis je les mets à -20°c.
    ce sont des extraction des plantes (Parties aériennes et Racines) traitées ou non par un métal.
    mercii

  11. #8
    biotechmona

    Smile Re : extraction ARN

    je voudrais dire 2µl de colorant "bleu orange"

  12. #9
    malesore

    Re : extraction ARN

    Bonjour,

    Je travaille sur les plantes aussi, et je peux te dire que ton profil est correct ! Il est normal de voir des bandes en dessous, j'en vois toujours. D'autant plus, que chez les plantes, tu as aussi l'ARN chloroplastique en plus des ARNt, etc ...
    Donc tu peux tout à fait continuer avec ! Ces bandes apparaissent souvent quand tu déposes une grande quantité d'ARN, mais en théorie ils sont toujours là !!
    Seul l'étang calme reflète les étoiles

  13. #10
    Flyingbike
    Modérateur

    Re : extraction ARN

    Je ne connais pas du tout les plantes, mais en tout cas d'accord avec malesore pour dire que c'est largement exploitable. Cependant on dirait quand même qu'il y a une dégradation partielle. La prochaine fois sois un peu moins radin en temps de migration

  14. #11
    biotechmona

    Cool Re : extraction ARN

    merci pour vos réponses.
    je continue sur la manip avec ces ARNs vue que j'ai refait l'extraction pas mal de fois (10ene) et c'est tjrs le mm profil.
    Merciiii mille fois

  15. #12
    Alhec

    Re : extraction ARN

    Je confirme que je vois rien d'inquiétant... Et les concentrations sont un peu hautes, c'est vrai, mais ça reste dans l'absolu possible... Au pire tu peux traiter à la DNase pour être sûr. Mais enfin, je ne me tracasserais pas trop pour le moment.

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