extraction ARN

[biotechmona]

bonjour
je fais des extractions au trizol. la première fois j'ai lancé avec trizol invitrogen qd j'ai fait mon profil de migration j'ai eu les 2 bandes (18 et 28S).
là j'ai changé de trizol (ambion) j'ai refait l'extraction pas mal de fois mais j'ai tjrs le mm profil: les 2 bandes bien intense avec qlq bandes faible en dessous, Au début j'ai cru que c'est une dégradation mais avec le nbre de répétition que j'a fait ça l'air de se reproduire même en changeant les solutions (bien stérile)et en travaillant enconditions RNase free. je note que la concentration d'ARN était très élevée entre 800 et 2700 ng/1µl
je ne sais pas si je continue la manip avec ces ARNs ????
mercii pour votre aide
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[Flyingbike]

Tu as une photo ?

Il est normal de voir d'autres bandes que le 18 et 28S, il n'y a pas que ces ARN dans une cellule !
(on peut notamment voir des messagers, l'ARNr 5,8S...)

[biotechmona]

merci pour votre reponse.
j'ai demandé a qlq'1 de mon labo, mais il m'a dit que je ne peux pas savoir si ce sont d'otr ARNs ou bien c un profil de dégradation?
Normalement cette personne a tjrs un profil avec 2 bandes (18 et 28S) bien intense avec rien d'autre!!!!

[Flyingbike]

c'est pour ça que je demandais une photo. En général la dégradation produit des smears, mais il n'est pas anormal de voir autre chose que les ARNr, surtout avec des concentrations pareilles (combien déposes-tu ?)

[A voir en vidéo sur Futura]

[biotechmona]

ci-joint la photo du gel. les 2 premiers correspondent aux ARN à 250ng le 3eme c le marqueur du taille
merciiii

[Flyingbike]

250 pour les deux ? il y a une nette différence de quantité.

Effectivement je ne voyais pas ça comme ça...

La "patate" en bas pourrait en effet être un début de dégradation

tu déposes dans quelles conditions ? dénaturantes ?

d'ou viennent ces arn ?

[biotechmona]

merci pour votre réponse.
je dépose 1µl d'ARN dilué + 2µl de marqueur de taille, sur gel 1%.
en faite, après reconstitution de l'ARN dans l'eau je ne fais pas l’étape d'Incubation à 55-60°C pdt 10 -15min. je laisse les tubes à température ambiante pendant 5min puis je les mets à -20°c.
ce sont des extraction des plantes (Parties aériennes et Racines) traitées ou non par un métal.
mercii

[biotechmona]

je voudrais dire 2µl de colorant "bleu orange"

[invite02cefc91]

Bonjour,

Je travaille sur les plantes aussi, et je peux te dire que ton profil est correct ! Il est normal de voir des bandes en dessous, j'en vois toujours. D'autant plus, que chez les plantes, tu as aussi l'ARN chloroplastique en plus des ARNt, etc ...
Donc tu peux tout à fait continuer avec ! Ces bandes apparaissent souvent quand tu déposes une grande quantité d'ARN, mais en théorie ils sont toujours là !!

[Flyingbike]

Je ne connais pas du tout les plantes, mais en tout cas d'accord avec malesore pour dire que c'est largement exploitable. Cependant on dirait quand même qu'il y a une dégradation partielle. La prochaine fois sois un peu moins radin en temps de migration

[biotechmona]

merci pour vos réponses.
je continue sur la manip avec ces ARNs vue que j'ai refait l'extraction pas mal de fois (10ene) et c'est tjrs le mm profil.
Merciiii mille fois

[Alhec]

Je confirme que je vois rien d'inquiétant... Et les concentrations sont un peu hautes, c'est vrai, mais ça reste dans l'absolu possible... Au pire tu peux traiter à la DNase pour être sûr. Mais enfin, je ne me tracasserais pas trop pour le moment.