Bonjour, comment savoir si une protéine est basique ou acide svp?
Dans un exercice on me donne la séquence d'une protéine : Gly-gly-val-cys-val-val-pro-his-val-gly-arg-ala-pro-cys-thr-val-thr-glu-gly
et on me demande si elle est basique ( la correction dit qu'effectivement elle l'est)
Je sais qu'elles possèdent des acides aminés basiques comme l'Histidine ou l'Arginine, mais elles possèdent aussi des acides aminés acides et neutres, donc comment le savoir?
Merci d'avance
Bonjour
Vous devez faire la moyenne des PKa et PKb qui ne sont pas impliqué dans la liaison peptidique.
Cordialement
Nowell
Merci ! Pour cet exemple, j'ai fait : Pkb (arginine) = 12 ; Pkb (Histidine) = 6 et pKa (Glutamate) = 4 et donc (12+6+4)/3 = 7,3
Mais donc elle devrait être neutre?
Quel est le pH de la solution dans laquelle elle se trouve.
Il n'empêche elle est très légèrement basique non ?
Nowell
Bonjour,
n'oubliez pas la cystéine et sa chaîne latérale basique.
M.
Surtout pas.Envoyé par nowell
Exemple :
M-S-H-H-H-H-H-H-G-P
La moyenne des pK est aux alentours de 6 et pourtant le peptide est nettement basique.
Il faut calculer le pI de la protéine. Si celui-ci est inférieur à 7 la protéine est acide sinon elle est basique. En l'absence de moyen de calcul, tu peux en avoir une idée assez précise en calculant le nombre c de charges de la protéine à pH 7 :
En premire approximation et en appelant Nb(X) le nombre de résidus X dans la séquence, c= N(Arg)+N(Lys)+0.1N(His)-N(Glu)-N(Asp). Si c>0, la protéine est basique sinon elle est acide.
Dans le cas particulier ici, on est dans une situation extrêmement tangente et la première approximation n'est sans doute pas suffisante. Même le calcul du pI est sans doute insuffisant, il faudrait tenir compte de l'environnement des résidus...
Par pI vous pensez au pHi ?
Ce qui revient à faire la moyenne des pKa
Je parle du point isoélectrique et ce n'est pas la moyenne des pKa. Le décapeptide constitué de 10 histidines (pKa de 6 pour chaque aa) a un pI de 7,3 environ. Un décapeptide constitué de 10 tyrosines (pKa de 10 pour chaque aa) a un pI de 5,5.
