Bonjour,
J'aurais une question concernant l'extraction d'ADN sédimentaire.
J'aimerais mettre en place un protocole, en fait, surtout un tampon de lyse, qui ne lyserait pas la paroi des bactéries présentes dans le sol.
Un tampon qui réussirait tout de même à lyser une paroi de chitine.
Auriez-vous des pistes?
merci d'avance!
essaye éventuellement avec de la chitinase: http://en.wikipedia.org/wiki/Chitinase
C'est l'enzyme utilise par les bactéries contaminant les carapaces d’insecte.
Toutefois je ne sais pas si on en trouve dans le commerce.
merci de ta réponse
J'y avais pensé, sans savoir quel élément du tampon classique (EDTA, N-sarcosyl...) la chitinase pouvait remplacer
Tu devra de toute façon faire plusieurs tampons avec différentes concentrations de chitinases pour déterminer son impact sur les parois bactériennes. Il n’est pas dit qu'il soit sans risque pour elles.
L' edta je l'utilise pour des tampons cellulaires ou pour faire decoller des cellules de flasks quand on ne peut pas utiliser la trypsine.
perosnellement je l'utiliserais en plus du reste.
