Pourquoi pas de matrice de substitution pour l’alignement (BLAST) des séquences nucléotidiques

[s.riche]

Bonjour à tous,

La comparaison de séquences de protéines ou de nucléotides permet d’évaluer le degré de parenté entre ces séquences. C’est essentiellement ce que font les outils BLAST.
Lorsqu'on réalise un BLAST de séquence protéique, ON dispose de différentes options de matrices de substitution (PAM, BLOSSUM …) pour calculer le score des alignements. Dans le cas des BLASTs de séquences nucléotidiques, ces matrices de substitution n’existent pas, On ne peut que donner des valeurs numériques aux matches, mismatches et gaps observés à la suite de l’alignement.

ma question est:

Pourquoi n’existe-t-il pas de matrice de substitution pour évaluer l’alignement des séquences nucléotidiques?

merci d'avance pour toutes vos réponses.
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[Yoyo]

SAlut

Peut etre parceque Blast ne prends pas en compte le potentiel codant d'un nucléotide mais juste sa capacité a former un nombre défini de liaisons hydrogenes.

Yoyo

[Gunkan_Jima]

Bonjour,

Je pense ne pas avoir bien compris ta question, je vais donc juste apporter les éléments dont je dispose.
Les matrices de substitution des protéines sont construites à partir de jeux de données existants (exemple type est blossum) qui visent a donner un score pour la substitution d'un acide aminé par un des 19 autres. Pour l'ADN nos disposons des modèles d'évolution plus simples (comme Kimura) avec des paramètres de transition et transversion, pour passer d'une purine à une purine, d'une purine à une pyrimidine... donc pour moi ces modèles existent...

Gunkan