Alignement de sequences nucleotidiques

[invite7b1dcabe]

Bonjour,

En ce moment, j'etudie la conversion genique entre les genes du CMH. Pour cela, j'aimerais aligner les sequences ADN de differents genes/ loci du CMH (chez une meme espece) afin de pouvoir les analyser. J'utilise MEGA 4 mais quand j'aligne mes sequences, evidemment, je me retrouve avec des gros blancs en plein milieu des sequences.

Pour etre plus clair, je vous donne un exemple :

Je veux aligner 10 exons 2 du locus DLA-88 et 10 du locus DQB1 de Canis familiaris ; comment faire ? Ils font a peu pres la meme longueur a 2 ou 3 nucleotides pres et ca me donne des sequences impossible a analyser avec ces blancs...

Je pense ne pas etre tres clair mais je ne vois pas comment l'expliquer autrement.
En esperant que quelqu'un pourra tout de meme m'aider

Merci d'avance
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[noir_ecaille]

Quoi être question(s) ?

[Yoyo]

salut

normalement tu devrais avoir les sequences du mRNA dans les banques (donc sans intron). Ca sera plus facile a aligner.
ensuite, un clustalw devrait te permettre de les aligner peut etre en modifiant les parametres de base.

YOyo

[invite7b1dcabe]

Merci pour cette reponse.

J'ai effectivement telecharger les sequences sur des "banques" ou database comme Genbank et EBI mais l'alignement n'etait pas tres reussi pour ces 2 loci.
J'ai tout de meme reussi a avoir des sequences analysables pour d'autres especes en les alignant tout simplement avec MEGA et en coupant les bouts pour avoir des sequences ayant le meme nombre de nucleotides.

Peut-etre que ces deux loci (DLA-88 et DQB1) ont un ancetre commun trop eloigne et donc sont trop divergents pour pouvoir les comparer...

[A voir en vidéo sur Futura]