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Comparaison de genomes dans BLAST



  1. #1
    Sfaxy

    Comparaison de genomes dans BLAST


    ------

    Salut les gens dite moi s'il vous plait comment je peut demander a BLAST de comparer le génome du VIH a celui de homo sapiens sapiens ?

    -----

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  3. #2
    Edelweiss68

    Re : Comparaison de genomes dans BLAST

    Nouvelle discussion ouverte car nouvelle question posee.

    Edelweiss68 pour la moderation.
    H u m a n i t y

  4. #3
    toothpick-charlie

    Re : Comparaison de genomes dans BLAST

    Citation Envoyé par Sfaxy Voir le message
    Salut les gens dite moi s'il vous plait comment je peut demander a BLAST de comparer le génome du VIH a celui de homo sapiens sapiens ?
    c'est mal barré, vu que le génome du VIH est constitué d'ARN et celui de l'Homme d'ADN. De toutes façons comparer les génomes d'organismes aussi éloignés n'a pas beaucoup d'intérêt.

  5. #4
    toothpick-charlie

    Re : Comparaison de genomes dans BLAST

    euh, j'ai répondu trop vite. Je suppose que tu veux chercher dans le génome humain des rétroéléments provenant de virus proches de HIV?

  6. #5
    Sfaxy

    Red face Re : Comparaison de genomes dans BLAST

    Exactement ^^
    Et oui c est de l ARN mais après passage dans la transcriptase inverse ça deviens de l ADN
    j ai trouve la séquence complète mais c est tellement énorme que ça a fait "beugé" mon ordinateur donc pour faire un copié collé c est juste pas conservable avec mon PC
    Donc si vous pouvais m aider ça serrais vraiment très sympathique de votre part

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Alhec

    Re : Comparaison de genomes dans BLAST

    Ben enregistre ta séquence dans un fichier texte et utilise la fonction "upload file" de BLAST.

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  10. #7
    toothpick-charlie

    Re : Comparaison de genomes dans BLAST

    de toutes façons il faut chercher des séquences courtes, pas tout le génome de HIV en bloc.

  11. #8
    Sfaxy

    Red face Re : Comparaison de genomes dans BLAST

    J ai beau essayer ça marche pas ...
    je vais voir ça avec mon prof demains
    mais merci pour votre aide

  12. #9
    Alhec

    Re : Comparaison de genomes dans BLAST

    Si tu veux comparer des génomes entiers, va te falloir des outils autrement plus puissants que BLAST

    Mais vu que comparer le génome complet du vih avec celui de l'homme ne me paraît pas pertinent, tu aurais plutôt intérêt à sélectionner certains gènes... Si tu nous disais ce que tu cherches à faire exactement, autrement dit quelle est ta question scientifique, ça nous aiderait.

  13. #10
    Sfaxy

    Re : Comparaison de genomes dans BLAST

    Bah au fait je me demander comment le virus du sida est reparue cher les primates
    alors je me suis dit qu une cellule mutante aurais put réactive une séquence dans " l ADN poubelle " qui a fait qu elle s est mise a produire des virion
    voila voila ..

  14. #11
    toothpick-charlie

    Re : Comparaison de genomes dans BLAST

    Citation Envoyé par Sfaxy Voir le message
    Bah au fait je me demander comment le virus du sida est reparue cher les primates
    pourquoi reparu?

  15. #12
    Sfaxy

    Re : Comparaison de genomes dans BLAST

    C est Mathématique ... le "ViH" comme tout les virus se multiplie plus vite que les cellule hôte elle même alors les virus on dû élaboré une technique pour rester en sommeille dans les cellule jusqu'au jour ou par hasard une cellule mutante réactive le virus

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  17. #13
    Sfaxy

    Re : Comparaison de genomes dans BLAST

    rectification : je sais bien que le VIH a un processus lent mais je pence que cette technique doit s appliqué a beaucoup d autre virus et même le VIH dans sa forme archaïque qui aurais pus être plus virulente

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