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[orientation] Avenir de la Bioinformatique



  1. #1
    get_27

    [orientation] Avenir de la Bioinformatique

    Bonjour à tous !

    Je discutais récemment avec un ami de la bioinfo, et on se posait la question des points qui pouvaient avoir de l'avenir dans ce domaine

    - Détection de régions promotrices (les méthodes actuelles ne marchent pas très bien)

    - modélisation moléculaire, en particulier des complexes et de leurs intéractions

    - approche formelle des voies métaboliques

    Avez vous d'autres idées ?

    -----


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  3. #2
    Guillmot

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Salut,

    Tout traitement d'information biologique ou biochimique par l'outil informatique a potentiellement un avenir en bio-informatique

    GuiL
    Compte à supprimer

  4. #3
    get_27

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Citation Envoyé par Guil

    Tout traitement d'information biologique ou biochimique par l'outil informatique a potentiellement un avenir en bio-informatique

    GuiL
    As-tu des exemples de choses qui n'ont pas encore été faites et que tu souhaiterais voir réalisées, ou qui seraient selon toi d'une grande utilité ?

  5. #4
    Guillmot

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    La liste est longue, celà va des bases de données aux outils de modélisation en passant par les outils de calcul comme en biostats ou en phylogénie ...

    Pour avoir une petite idée, tu peux visiter le site d'infobiogen ou encore pubmed, pour trouver des exemples.

    En vrac, on peut désigner les bases de données en génome, transcriptome, protéome, métabolisme, divers (lipides, surces, etc ...); les outils de traitement de ces bases de données et de comparaisons (FASTA, BLAST ...), la phylogénie, les modélisateurs à partir de données cristallographiques ou RMN (Pymol, Swiss Pdb Viewer), les systèmes de calculs d'énergie en modélisation moléculaire, les prévisions de structure, de domaines, voire plus ...
    Compte à supprimer

  6. #5
    get_27

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Citation Envoyé par Guil
    En vrac, on peut désigner les bases de données en génome, transcriptome, protéome, métabolisme, divers (lipides, surces, etc ...); les outils de traitement de ces bases de données et de comparaisons (FASTA, BLAST ...), la phylogénie, les modélisateurs à partir de données cristallographiques ou RMN (Pymol, Swiss Pdb Viewer), les systèmes de calculs d'énergie en modélisation moléculaire, les prévisions de structure, de domaines, voire plus ...
    Bien sûr, mais tout cela existe déjà !
    Nous nous posions la question de ce qu'il pourrait être intéressant de développer à l'avenir, notamment pour aider les biologistes. Auriez-vous des idées là-dessus ?

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Guillmot

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Re,

    L'avenir ?

    Si on se projette dans du long terme, tu as le projet de modéliser entièrement une cellule in silicio, ce n'est pas pour demain mais c'est un avenir possible. FEBS Letters avait publié un papier à ce sujet il y a quelques mois.

    GuiL
    Compte à supprimer

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  10. #7
    get_27

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Citation Envoyé par Guil

    Si on se projette dans du long terme, tu as le projet de modéliser entièrement une cellule in silicio, ce n'est pas pour demain mais c'est un avenir possible. FEBS Letters avait publié un papier à ce sujet il y a quelques mois.
    Ca, oui, ce serait assez joli ! Encore que je pense pas que ce soit pour demain, ni pour après-demain !!!
    Ca fait presque SF !!!

    Quelqu'un aurait une idée pour moins loin : je veux dire qqch de faisable, mais qui n'existe pas encore et qui rendrait bien service aux biologistes. Je suis un informaticien gentil...

    Une caractérisation automatique ou je ne sais quoi...

  11. #8
    Guillmot

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Ca, oui, ce serait assez joli ! Encore que je pense pas que ce soit pour demain, ni pour après-demain !!!
    Ca fait presque SF !!!
    Je ne pense pas, un tel modèle serait conçu avec les connaissances du moment; améliorable en fonction des nouvelles découvertes. Celà dépend de ce que tu imagines en me lisant également. Et celà correspondrait tout d'abord à trier de l'information en entrant un paramètre: tel métabolite suit telle voie, ce qui se passe, ou encore donner les différentes conséquences d'un messager chimique ou d'un inhibiteur, etc ... C'est une interface dynamique de bases de données. Certainement que ça existe pour certaines voies; mais une synthèse globale des différents outils de prédiction dans un ensemble global cellulaire, moi ça m'intéresserait comme outil.

    Après si tu veux toi bidouiller des programmes pour la bioinormatique c'est autre chose; as-tu regardé ce qui existe déjà en fouillant sur google par exemple ?

    GuiL
    Compte à supprimer

  12. #9
    Yoyo

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Salut

    Je pense qu'une chose qui serait vraiment bien utile serait un programme de modélisation 3D de proteines, actuellement on sait dire a peu pres ce qui sera en fuillet beta, ou helice alpha, mais bon on s'arrete a ca, une prediction fine et fiable serait vraiment pratique.

    YOyo

  13. #10
    Vinc

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Salut!
    Le nouveau supercalculateur du CEA sera, il me semble, utilisé entre autre pour ce type d'application.....
    Sinon je pense que ça serait bien d'avoir des programme permettant une annotation vraiment FIABLE des génomes, parce que pour l'instant c'est quand même très approximatif.....
    Primum non nocere.

  14. #11
    Guillmot

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Salut,
    C'est vrai qu'avec des supers-ordinateurs, le gros avantage serait de conçevoir des logiciels de modélisation spécifiques ayant une approche plus fine; actuellement les calculs énergétiques sont assez limités; la modélisation donne de "jolies images" mais les résultats varient en précision lorsqu'on simule des mutations, par exemple, suivant le logiciel, la puissance de la machine, les algorythmes utilisés ...
    C'est peut-être plus l'attente du développement de machines plus puissantes (comme les ordinateurs de nouvelles générations) qui pêche le plus.
    GuiL
    Compte à supprimer

  15. #12
    MissInfo

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Bonjour
    je suis une candidate pour L3 de bioinformatique à l'université Paris7 pour l'année 2006/2007.Je postule
    pour la Bioinformatique.

    Je viens de decouvrir ce forum et j'aimerais bien que vous m'orientiez. Je vous éxplique :

    je suis titulaire d'un DUT en Génie informatique; j'ai obtenu mon Bac en sciences éxperimentales en 2002.

    Je me suis découverte une passion pour tout ce qui
    allie l'informatique à la biologie dont :la BioInformatique ou l'InfoBiologie.

    Je veux savoir les chances d'être accépté en france à cette filière avec mon diplome en informatique?
    Autre question : quels sont les débouchés possibles
    avec cette filière?

    Et est ce que la bioinfo est vraiment ce que je pense :==> c'est que depuis mon enfance je m'interesse trop aux éxperiences et recherches sur les fleurs ,médicament..et tout ce qui est lié à la nature
    ,pour inventé quelque chose.koi. "tout cela était
    spontanée".

    Apres le bac j'ai suivi l'informatique par amour
    aussi, et j'ai eu mon DUT.
    Apres cela je me suis dite que la bioinformatique est
    le domaine le plus approprié à mes éxigences (info et
    recherche biologique).Et pourkoi pas inventer quelque
    chose .

    Je vous prie de bien vouloir répondre à mon message
    ou si vous n'êtes pas bien placé pour y répondre me le
    transmettre aux personnes concernés

    merci infiniment

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  17. #13
    Guillmot

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Hello,

    Pour ce qui est des dossiers, difficile de te dire, mais tes notes influanceront ta candidature.

    Si tu as une lettre de motivation à rédiger, tu devrais te renseigner avant sur ce qui se fait en bioinfo actuellement, consulter des sites web comme Infobiogen par exemple. Evite de te lancer dans des grandes envolées sur tes passions d'enfance ou ton "amour" pour l'informatique, construis un argumentaire autour des applications actuelles à l'interface biologie / biochimie / biostatistiques / informatique

    La bioinformatique nécessite aussi des bases conséquentes en biologie moléculaire, génétique, chimie atomistique, voire mécanique moléculaire et statistiques (oui, celà dépend de l'aspect abordé de la bioinfo, mais en toute logique une formation universitaire sur le sujet sera la plus large possible). Une occasion d'ouvrir des bouquins sur le sujet de niveau deug et voir si celà t'emballe vraiment.

    Par contre le terme "l'InfoBiologie" je ne vois pas, mais la mode actuelle est de créer beaucoup de termes aussi

    GuiL
    Compte à supprimer

  18. #14
    sylvainix

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Citation Envoyé par Guil
    Re,

    L'avenir ?

    Si on se projette dans du long terme, tu as le projet de modéliser entièrement une cellule in silicio, ce n'est pas pour demain mais c'est un avenir possible. FEBS Letters avait publié un papier à ce sujet il y a quelques mois.

    GuiL
    Salut,
    quels seraient les obstacles a ce genre de choses ? Notre connaissance sur les cellules ? La puissance de calcul demandée ? Vous avez tellement l'air get_27 et toi de dire que c'est pas demain la veille que ca va arriver ...

  19. #15
    Guillmot

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Hello sylvainix,

    En effet la puissance des ordinateurs est un obstacle de taille; actuellement Un virus satellite a été simulé mais celà reste déjà un exploit limité.

    D'autant plus que de tels projets demandent des calculs dynamiques simultanés, ce qui rend difficile leur application par des projets comme seti@home.

    GuiL
    Compte à supprimer

  20. #16
    MissInfo

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Citation Envoyé par Guil
    Hello,

    Pour ce qui est des dossiers, difficile de te dire, mais tes notes influanceront ta candidature.

    Si tu as une lettre de motivation à rédiger, tu devrais te renseigner avant sur ce qui se fait en bioinfo actuellement, consulter des sites web comme Infobiogen par exemple. Evite de te lancer dans des grandes envolées sur tes passions d'enfance ou ton "amour" pour l'informatique, construis un argumentaire autour des applications actuelles à l'interface biologie / biochimie / biostatistiques / informatique

    La bioinformatique nécessite aussi des bases conséquentes en biologie moléculaire, génétique, chimie atomistique, voire mécanique moléculaire et statistiques (oui, celà dépend de l'aspect abordé de la bioinfo, mais en toute logique une formation universitaire sur le sujet sera la plus large possible). Une occasion d'ouvrir des bouquins sur le sujet de niveau deug et voir si celà t'emballe vraiment.

    Par contre le terme "l'InfoBiologie" je ne vois pas, mais la mode actuelle est de créer beaucoup de termes aussi

    GuiL
    salut tou le monde et désolé de vous avoir interompu, vu ke vous etes bcp plus en avance don vos discussion sur la bioinfo par rapport à moi.
    ET
    Merci bcp GuiL ,
    en fait, moi j'ai eu une formation de base en sciences naturelles durant les trois année du lycée (la filière sciences experimentales) :Programme du lycée en matière vivante, la génétique, Système nerveux, Immunologie, Reproduction humaine(sexée), Hérédité humaine.. et tout cela m'interessait bcp, je l'aimais ce programme.

    mais en premier cycle.La bio ne faisais pas partie du programme du DUT.

    Donc est ce que cela peut servir pour commencer des etudes en bioinfo ou c'est impossible de me rattraper en bio ? et donc je risquerais d'être mal classé ou mêm viré??

    voilà voilà et merci encore

  21. #17
    Guillmot

    Re : Avenir de la Bioinformatique

    Hello,

    Les étudiants possédant une licence informatique qui suivaient des modules communs de biologie moléculaire pour maitrises biologie et bioinformatique avaient vraiment beaucoup de mal à suivre, celà m'avait bien marqué.

    Suivant possibilités, il est bon de travailler ces modules par soi même ou en suivant des cours supplémentaires durant l'année scolaire. C'est logique, 2 ans de biologie sont plus poussés qu'un simple niveau bac tout de même

    Point de vue connaissances requises, modalités d'inscription et modules à acquérir obligatoirement pour obtenir le diplome, ce n'est pas nous qui pourrons te renseigner, mais l'équipe pédagogique ou le responsable de la formation pour laquelle tu postules Tu as dû voir un programme de cette licence non ? Le site web de Paris 7 la présente-t-elle ?

    Enfin, si l'accès est possible comme dans ton cas pour les bac+2 en informatique, il y a peut être des cours de remise à niveau en biologie-chimie; là aussi il faut que tu te renseignes

    Bon courage pour ta demande !
    Compte à supprimer

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