Température d'hybridation et MacVector

[invite5bfb8719]

Bonjour,
J'ai désigné deux amorces avec le logiciel MacVector pour faire une réaction PCR. La première amorce sens est de 27 bases et la deuxième antisens est de 21 bases. Lorsque j'ai fait le test des amorces par MacVector, il m'a dit que c'est bon pour les deux amorces et que la température de fusion Tm est de 62,1 pour les deux, et donc je peux conclure que la bonne température d'hybridation est 57,1. Mais, lorsque j'ai essayé de calculer la température d'hybridation par la fameuse formule 4(G+C) + 2(A+T) j'ai trouvé des températures d'hybridation de 69 pour l'amorce sens et de 61 pour l'amorce antisens. Je demande qui est le plus crédible : MacVector ou la formule classique.

Merci
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[TanguyE]

Bonjour,

J'aurais plutôt tendance à croire Macvector, mais sans grande conviction vu que je ne connais pas la méthode de calcul employée. 4GC+2AT, permet une grossière approximation de la TM.

Le mieux pour savoir quelle TM appliquer c'est d'aller sur le site de votre fournisseur de polymérase, normalement ils ont un TM calculator qui prends en compte la concentration des primers, la concentration saline et l'enzyme choisie. Voir par exemple: ici, là ou encore là. J'ai jamais eu de problèmes en me servant de ces 3 là.

Cordialement