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%GC et biais d'usage du code génétique



  1. #1
    Le Génie de la Lampe

    %GC et biais d'usage du code génétique


    ------

    Bonsoir,
    Je suis étudiant en biologie et j'ai quelques questions concernant le biais d'usage du code génétique et la façon dont le %GC intervient dedans.
    J'ai cru comprendre que le biais est l'utilisation préférentielle de tel ou tel codon pour coder un aa et que les 2 hypothèses principales pour l'explique sont : le biais mutationnel et la sélection traductionnelle.

    J'ai crû comprendre qu'en fonction de %GC aux positions 1,2 et 3 et dans différentes région d'ADN on pouvait privilégier telle ou telle hypothèse mais je n'ai pas compris comment on y arrive. Plus généralement je ne pense pas avoir compris les implication du %GC selon sa position.
    Si le %GC entre les régions codantes et non-codantes sont très différentes peut-on supposer la sélection et pourquoi ?
    La position 3 d'un codon ne change pas souvent l'acide aminé ainsi lorsque le %GC3 est très élevé (pourquoi plus élevé que les autres %GC ?) peut-on en déduire que cela est dû non pas à un biais mutationnel mais plutôt à la sélection traductionnelle car en conservant le codon dont l'ARNt correspondant est le plus présent dans la cellule la traduction sera plus rapide ?

    J'ai un second jeu de données dans lequel je n'ai pas de régions non-codantes, uniquement des codantes, comment puis-je, à partir des %GC avoir une idée si oui ou non il y à un biais (je suppose que lorsque qu'on est proche de 50%, on ne considère pas qu'il y ai un biais) et si biais il y a, quelle est l'hypothèse la plus probable ?

    Voilà voilà, j'espère que vous m'aiderez à mieux comprendre pour que je puisse réussir à répondre à mes questions moi même.

    -----
    "Laisse le génie de la lampe éclairer ta lanterne"

  2. #2
    sebastien_cha

    Re : %GC et biais d'usage du code génétique

    Bonjour,
    la première chose à comprendre est que le biais du code génétique est une observation et les deux réponses proposées pour l'expliquer ne sont que des hypothèses:
    La première est le biais mutationnel --> la 3 ème base est moins soumise à la séléction car le code génétique est dégénéré mais en fonction de la base la probabilité de mutation va varier et donc certaines bases vont êtres plus fréquentes que d'autres.
    La deuxième est le biais traductionnel --> la cellule va essayer d'optimiser la traduction et va donc opter pour des codons dont l'ARN de transfert est le plus présent. En effet plus il y a d'ARNt pour un codon plus la traduction va vite.

    Pour le %tage en GC, un organisme riche en GC va avoir pour conséquence d'augmenter le vitesse de mutation des AT en GC. Donc quand riche en GC on privilégie le biais mutationnel.
    La dernière base du codon est la plus susceptible de muter car dans bcp de cas sa mutation n'entrainera pas de changement de l'AA juste une utilisation préférentielle d'un codon par rapport aux autres = le biais

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