Alignement séquence (Bioinformatique)

[melys]

Bonjour à tous!

J'aimerais avoir des suggestions de logiciels (payant ou non).

Dans notre labo, nous avons commencé à faire du séquencage de protéines. Nous recevons les données et nous les alignons avec une séquence de référence dans NCBI pour savoir si notre protéine est bien présente dans notre plasmide. Le séquencage n'est jamais parfait alors, lorsque je fais ces alignement jobtiens pleins de fragment des séquences homologue.

J'aimerais savoir s'il y aurait un logiciel capable de relier tous ces fragments afin d'avoir une seule séquence de ma protéine. Présentement je le faismanuellement et c'est très long...

Merci d'avance,
Mélissa
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[minushabens]

il y a des protéines dans les plasmides maintenant?

[melys]

Salut, oui il y a notre protéine que nous avons transfecté dans un plasmide. Nous l'avons verifier par blast avec la sequence de cette protéine de NCBI (reference). Et nous obtenons pleins de petits fragments d'alignement, ce qui est normal puisque lors du séquencage le logiciel fait pleins d'erreurs et donc l'alignement ce fait moins bien, ce qui crée ces fragments.

Par contre, je veux raboutiner tous ces fragments pour en faire une seule sequence (qui correspond à celle qui se trouve dans mon plasmide)