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Alignement de séquence ADN



  1. #1
    tsou

    Question Alignement de séquence ADN


    ------

    Quel est le logiciel qui me permet (de préférence en ligne) d'introduire des séquences pour chercher des blocs de répétition en leurs donnant des numéros c-à-d à chaque fois que j'ai une séquence je peux la voir sous forme de numéro, par exemple :
    1 = GAGAAGTTACCAAGACTCTTCT
    2 = GATACTAAACCAGATTCTTCT
    3= GAATCTAAACATGAATCTTCT
    ....
    séquence de sortie : 12312344445677373

    -----

  2. #2
    Zellus

    Re : Alignement de séquene ADN

    Bonsoir,

    Tu veux parler de matrices de probabilités je suppose quand tu alignes des séquences.
    Le seul programme que je connaisse pour chercher des motifs et qui donne, entre autres, une matrice comme résultat, c'est MEME/MAST.
    J'espère que c'est ce que tu cherchais.

  3. #3
    tsou

    Re : Alignement de séquence ADN

    Merci pour la réction rapide, j'ai essayé beaucoup de fois avec le logiciel indiqué mais le probnlème qu'il ne me donne pas les motifs qu'il faut. Alors, il me faut donc un outil qui permet de définir ces motifs au départ puis il me donne à la sortie la séquence avec les numéros des motifs, ou un autre logiciel de même type que MEME pour essayer de nouveau.
    J'ai trouvé beaucoup de logiciels très compliqués, mais sans résultats
    J'espère que vous m'aidiez encore une fois, merci.

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