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replication




  1. #1
    Navin-IND

    replication

    Bonjour

    Il y a une partie de m on cours que je n ai pas compris

    On nous dit que :


    L adn polymerase 3 a besoin d une amorce d arn pour synthétiser le brin d adn complémentaire a partir du brin matrice
    jusqu a la j ai compris mais ensuite non :


    Elle incorpore des désoxyribonuclétoides triphosphate pour realiser l elongation . Une fois incorporé les nucléotides sont sous formes monophosphate , 2 phosphate etant libéré au cours de la reaction

    Je n ai pas compris c est quoi l elongation , qu est ce que signifie et veut dire incorporé mais surtout cette histoire du passage de tri phosphate a mono P

    Merci

    -----


  2. Publicité
  3. #2
    DMXams

    Re : replication

    remplace les mot incorporer par prendre , et elongation par allonger, synthetiser^^

  4. #3
    Great.J

    Re : replication

    Bonjour,

    Alors voila c'est simple, l'ADN polymérase III (ADN pol 3) a pour fonction de copier l'ADN à partir d'un brin matrice. Comme tu sais, un nucléotide est formé d'une base (A, T, G ou C), d'un sucre (désoxy-ribonucléotide) et d'un phosphate. Hors, dans la cellule, on ne trouve pas de simple nucléotide (donc avec 1 phosphate), mais des nucléotides tri-phosphates (nucléotides avec trois phosphates).

    250px-Desoxythymidintriphosphat_protoniert.svg.png660px-Nucleotides_1_FR.svg.png

    Reprenons notre histoire. Les nucléotides triphosphates sont captés par l'ADN pol 3. Elle clive (coupe) ensuite les deux phosphates "de l'extrémité" (nommés phosphates beta et gamma). La ruptude de cette liaison va fournir à l'ADN pol 3 l'énergie suffisante et nécessaire pour continuer son travail (voir thermodynamique).
    Prenons l'exemple d'un maillon de chaine. Tu veux rallonger ta chaine, tu prend un maillon ouvert, tu le glisse dans le maillon d'une extrémité de ta chaine et tu le referme. Beh tout çà demande de l'énergie à ton ADN pol 3, énergie qui est libérée lorsque celle-ci coupe tes liaisons phosphates.

    En gros :
    - l'élongation, comme son nom l'indique, est l'ajout de nucléotides par l'ADN pol 3 bout à bout afin de former un brin d'ADN,
    - l'ADN pol 3 prend des nucléotides triphosphates, coupe les 2 phosphates de l'extrémité libre afin de pouvoir incorporer le nucléotide monophosphate à la suite du brin néosynthétisé (juste synthétisé)
    - Incorporer signifie simplement que l'ADN pol 3 prend un nucléotide et le lie au nucléotide précédent pour continuer sa synthèse d'ADN; c'est lorsque tu met ton maillon dans l'autre de l'extrémité.

    Voila, j'espère avoir était clair ^^

    Bonne continuation


  5. #4
    Navin-IND

    Smile Re : replication

    Ohlala merci les gars vous êtes super clair et rapide
    je vais sûrement revenir poser des questions après avoir fini le chapitre en entier ; il y a des truk bizar encore comme les fragments d okasaki

    Est ce que vous pouvez m expliquer aussi l histoire de la primase qui synthetise de 5' vers 3' mais qui lit de 3' vers 5'
    Ce truk là je n ai rien compris et Apparement c est un truk archi mega important il a marquer dans le cours
    "Il est essentiel de retenir que quelle que soit la configuration du système de réplication, un brin matricr est toujours lu de l extrémité 3' vers l extrémité 5' et qu un brin en cours de synthèse est toujours allongé de l extrémité 5' vers l extrémité 3' "


    Sinon pour le clivage mon prof a marqué : le clivage chimique est effectué entre le premier et le 2 ème phosphate

    Avec cette phrase que je n ai pas compris ; réaction très exergonique libérant suffisamment d energie pour que la réaction d addition du nucléotide puisse etre considéré comme irréversible, le delta G étant globalement négatif " .


    Et encore une chose vous aurez pas un schéma bilan fait par vous même ou un lien sur internet ou même une vidéo qui résume la réplication chez les procaryotes.

    Soit je trouve des truk en anglais ou soit c est chez mes eucaryote ou soit les schéma sont mal fait ou peu complet car c est plutôt des truk de 1ere s que première année de bio


    Merci

  6. #5
    DMXams

    Re : replication

    En fait sa lit dans un sens pour pouvoir synthétiser dans l'autre par complémentarité,pour le fait irréversibilité retient qu'une reaction possédant un delta G' très négative ne ce déroule que dans un sens (principalement celui de la synthèse ) ( Il y a des exceptions, qui ne sont pas rare dans plusieurs système mais la c'est ce qu'il a voulu te dire ). Pour le schéma je suis en médecine désolée je n'étudie quasiment pas les procaryotes^^. Bon Courage!

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Great.J

    Re : replication

    Bon alors point par point, du plus facile au plus complexe ^^

    - réaction très exergonique (c'est de la thermodynamique) ^^ : lorsque tu coupe la liaison phosphate entre le 1er (alpha) et le second (beta) phosphate, ça libère de l'énergie. Cette énergie est transmise à ta polymérase 3 qui l'utilise ensuite pour lier le nouveau nucléotide (celui dont les phosphates viennent d'être fraichement coupés) au nucléotide précédent (celui synthétisé juste avant). Pour faire simple, retiens juste qu'une réaction exergonique est une réaction chimique qui libère de l'énergie.

    - Schéma récapitulatif : je trouve celui là plutôt pas mal ... y'a pas tout ce qui est question de thermodynamique mais il est bien. Honnêtement, t'apprend ça et tu comprend le reste, c'est très bien ! ^^ (dsl pr la qualité)
    Il viens du libre Biologie de chez "de boeck"
    Réplication procaryote.jpg

    - Le reste est plus chiant ^^
    Alors, la primase est une ARN polymérase qui, contrairement à l'ADN polymérase 3, ne synthétise pas d'ADN. Je m'explique, l'ADN polymérase, comme son nom l'indique, est un protéine qui polymérise de l'ADN, qui en fabrique, et ce à partir d'une matrice ET en partant d'une extrémité 5'.

    Prenons par exemple :
    5'-TCAGCGATCGAGCTAGA-5' --->
    3'-AGTCGCTAGCTCGATCTCGATCGCTAGCT-5'
    L'ADN polymérase ira se fixer à l'extrémité 5' du brin "du dessus", et synthétisera le brin à partir du brin "du dessous" (par complémentarité). Donc l'ADN pol 3 lit l'ADN du sens 3' vers 5' mais le synthétise en sens 5' vers 3'.
    La primase, est une ARN polymérase, c'est à dire qu'elle synthétise de l'ARN et non de l'ADN. Elle, elle n'a pas besoin de fixer le brin ADN complémentaire comme le faisait la pol 3.
    La primase synthétise des amorces d'ARN (fragments d'Okasaki). L'ADN pol 3 utilise ses fragments pour synthétiser l'ADN (ces fragments lui fournissent l'extrémité 5') et la pol 1 éliminera ces fragments et les remplacera par de l'ADN. Enfin, ces fragments d'ADN (qui remplacent les fragments d'Okasaki) seront lié au reste du brin par une ligase.
    En ce qui concerne l'orientation, regarde le schéma et ça viendra tout seul. imagine juste que le complexe avance vers "la gauche" et que l'ADN lui reste statique.

    Cela confirme ce que tu as dit car la primase n'allonge pas, elle produit de petits framgents qui vont permettre à l'ADN pol 3 d'allonger.

    Voilà
    Dernière modification par Great.J ; 04/11/2014 à 17h51. Motif: erreur

  9. #7
    noir_ecaille

    Re : replication

    STOP !

    Les fragments d'Okazaki sont l'ADN synthétisé à partir des armoces ARN. C'est après le passage de l'ADN-pol-1 qu'en effet la ligase va relier les fragments pour les unifier en un seul brin d'ADN. Les fragments d'Okazaki sont mixtes : ils contiennent encore l'amorce ARN mais surtout la séquence d'ADN complémentaire nouvellement synthétisé par complémentarité.

    D'ailleurs le brin continu est aussi synthétisé à partir d'une amorce ARN.

    Les fragments d'Okazaki sont d'ailleurs synthétisés par l'ADN-pol-3 dans le même sens 5' → 3' (par fragments -- d'Okazaki ) que pour le brin synthétisé continuement.


    PS : L'anglais va vite devenir incontournable, surtout en ce qui concerne les publications scientifiques et revues à peer-review.
    Dernière modification par noir_ecaille ; 05/11/2014 à 01h02.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  10. Publicité
  11. #8
    Great.J

    Re : replication

    Autant pour moi ^^
    tiens, voici un petit schéma qui devrait t'aider à comprendre
    Synthèse des fragments d'OKAZAKI.png
    "ici se trouve le chemin, c’est ici que commence notre Grand Voyage."

  12. #9
    Thomas107

    Re : replication

    Bonjour,

    Je n'ai pas encore vu en cours la fourche de réplication mais cela m'intéresse et je voudrais savoir à quoi correspond le brin "5'" et le brin "3'" ?
    Merci d'avance pour vos explications.

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