génome-gène de résistance

[Bio-Mic20]

bonsoir
j'ai travaillé sur la souche de Plesiomonas dans mon stage de mastère ,j'ai cherché la localisation de gène de résistance aux betalactamines dans le gènome. Dans la partie discussion (dans la rédaction) je dois discuté un travaille qui a été fait par une équipe ,qui ont réalisé un séquençage de génome entier d'une souche de Plesiomonas (serotype O1) et pourtant ils n'ont pas pu déterminer la localisation de gene .

je veux savoir dans qu'elles cas on pourra pas determiner la localisation d'un gene de resistance même avec un sequençage de genome entier !!
merci
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[Yoyo]

Salut

Si le gène ne ressemble à rien de connu.

YOyo

[Bio-Mic20]

ne ressemble à rien de connu en quoi ? séquence ? fonction?. le gène code pour l'enzyme betalactamase ,donc c'est pas quelque chose d'inconnu ?

[Taz_79]

Salut,

Peut-être que cette bactérie a subi des mutations qui fait que sa betalactamase serait un peu plus atypique par rapport aux betalactamases des autres espèces bactériennes voire des autres souches bactériennes d'une même espèce. Ainsi, due à la particularité de sa séquence, les chercheurs n'ont peut-être pas réussi à la localiser correctement. Après, ce n'est qu'une hypothèse, je ne suis pas sûre de ce que j'avance.

Bonne chance pour ton stage.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Bio-Mic20]

merci pour votre réponse Taz_79.juste une autre question ! est-ce que la différence des sèrotypes entre les souche de même espece peut-il etre une cause de la différence de leurs sequences ou la localisation de ce gene !!

[Taz_79]

Est- ce que tu aurais le lien vers ton article ? Je voudrais y jetter un oeil SVP merci

[Bio-Mic20]

oui bien sur voici le lien de l'article : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3695437/

[Taz_79]

Salut,

Quand, je lis le lien que tu m'as donné je ne vois écris nulle part qu'il n'ont pas réussi à localiser le gène de résistance aux béta-lactamines. Ils disent juste qu'ils ont séquencé entièrement le génome. J'ai trouvé ceci sur UniProt (http://www.uniprot.org/uniprot/R8AQR8). Je ne sais pas si tu connais ce site, c'est un site qui référence les protéines et les gènes présents dans les organismes à partir des séquences et des données que l'on retrouve dans les publications. Le lien que je t'ai mis parle d'une beta-lactamase (gène PLESHI_09469) issue de Plesiomonas shigelloides 302-73. Chose intéressante, c'est que si tu cliques sur le lien "sequences database" (AQQO01000333) puis sur "references" tu retombe sur ton article. Si tu tapes dans la barre de recherche pleshi AND plesiomonas AND shigelloides AND "302 73" ou bien "beta lactamase" AND plesiomonas AND shigelloides AND "302 73" tu trouveras peut-être plus d'informations sur la localisation du gène de résistance au béta-lactamines. Parles-en avec ton maître de stage, il pourras peut-être d'aiguillonné.

Bonne journée

[Bio-Mic20]

merci pour le lien , c'est super intéressant ! . en faite dans ce lien http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EON89914 , 2,311 pb ,c'est la taille de la séquence du gène betalactamase ? .qu'est ce qu'il représente la taille 38,631 pb? j'ai pas bien compris le schèma , vous pouvez m'expliquè svp ! merci

[Taz_79]

Là dessus je ne peux pas trop t'aider, je ne connais pas le site ENA (European Nucleotide Archive). Quand à uniprot je m'en servais uniquement pour rechercher des protéines et quelques petites précisions. C'est pour cela, que je te conseillais d'en parler avec ton maître de stage. Je pense qu'il à déjà dû utiliser ce genre de site et il pourra mieux t'expliquer que moi. Après ce que tu peux faire, c'est peut-être ouvrir une nouvelle discussion sur l'utilisation de ce site et comment exploiter les résultats.