bonsoir à tous,
j'ai un fragment de séquence avec son numéro et je cherche à quel gène il correspond donc comment je dois procéder, dois je aller sur Genebank et dans ce cas comment je procède exactement?
c urgent j'ai 157fragments de séquences à determiner
j'attends votre réponse merci beaucoup
Si t'as le numéro de la séquence tu vas dans GeneBank et tu rentres le numéro.....
oui j'ai fais comme ça mais il m'a pas sorti à quel gène appartient la séquence voila par exemple la séquence:
Bornes du fragment:12310:13159 zone d’intérêt 12502..12661
tgtttctgaagttcccaggactcacacacc cgttcccatctcacttgcccacccagtgtg
acaaccctcggtgtggatatacccccgtgg actcatggctcttccccacccccactttct
ataaatgtaggcctagaatacgcttctctg ttgcaaaactcagctaagttcctgcttcca
ccttgatgttgaaatatcttatgtaagagg gcaggggatgtcgtgaagatggcaagaaga
acacagtttcaaatttctggaaaagagcct gtggtggagatctaaagatgtttagggaag
agctcgactaaagaacaatgaaataaatgg tccaaggggaagtcatatggctgttggtgt
gatgttctttgctgcttcatagacacggcc tggagtgaggcaagccacacactgggccct
cctggtcctgcagcccttgctgttctgggc acagggtctgggctctcagcataggtatct
tgagggttcggaatccccaacacactcagc aactgcatattacatggccaccaccgaagg
tcaagaccagtacccgcaataaagtctgac tatgttgttctgatggggttccccaggagc
agagcctgagatgagcattcaggaacaagt gatttattgagaagtggccggcgcagtggc
tcatgcctgtaacctcagcactttgggagg ccaaggcaggaggatcccttgagcccaaga
gttccataccagcttaggcaacatagtgag acccccatctctataaaaaatttaaaaaat
tagctgggcatggtggcacatgcctgtagt cccagctacttggggggaggctgaggcaag
aggatcaact
Salut,
tu peux faire un BLAST de ta séquence contre la base de donnée Genbank.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/
Tu auras toutes les séquences qui ressemblent à ta séquence. Avec un peu de chance, il y en aura une qui sera annotée: c'est à dire qu'il y aura le nom du gène ou de la protéine.
C'est une séquence génomique (avec introns) ou d'ADNc (sans introns) ?
Tu travailles sur quelle espèce ?
Annaïck.
Re : Recherche de gène = TROUVE!
J'ai fait la manip pour toi : voila le résultat
RID: 1141987286-8521-174161964029.BLASTQ4
Ca serait le gène humain : PADI12346
codant une peptidylarginine deiminase (à vérifier)
Si tu en as 165 à faire, je te conseille de te rapprocher d'une personne qui s'y connait en bio-informatique et en annotation de gènes.
Annaïck.
