bonjour,
je dois faire une etude du transcriptome d'une bacterie ,par la methode rna seq,pour creer ma librairie je dois purifier mes ARNm procaryotes des ARNm eucaryotes et autres ARN,ADN,ma question est donc comment isoler mon ARNm procaryote de restes des ARNs(ARNm eucaryotes,ARNr....)
s'il sagissait d'eucaryotes ,la purification des ARNm peux se faire par chromatographie d'affinité
merci
Bonjour,
travailles tu sur des cultures cellulaires? Ou faits-tu de la métagénomique sur des échantillons de sols / eaux etc...?
Concernant la séparation des ARNm avec les autres types d'ARN genre ribosomaux par exemple, il y a un kit bien connu nommé "RiboZero". Grâce à des sondes fixées sur des billes métalliques, et grâce à un aimant, tu peux purifier sans problème tes ARNm des ARNr contaminants (Ce qui est basé sur le fait que les séquences d'ARNr sont conservées).
Par la suite, tu cherches à séparer des ARNm procaryotes d'eucaryotes. Ici c'est une autre histoire. Tu pourrais imaginer des méthodes visant à identifier les protéines fixées sur les ARNm. Par exemple, chez les eucaryotes la maturation de l'ARN fait appel à un épissage qui laisse des traces sur l'ARNm. Autre point, les sites de reconnaissance pour l'initiation de la traduction sont aussi différents, donc pourquoi pas les cibler pour trier des ARNm.
Pour ma part je n'ai jamais vu (appliquée) une technique pour cette séparation des ARNm.
En espérant que ce charabia te soit utile!
merci htu pour ta reponse, pour ta question on cherche a étudier le transcriptome de pseudomonas dans un tissus pulmonaire, on aura forcement des eucaryotes lors de l'extraction de notre échantillon, c'est pour cela qu'il nous faut séparer eucaryote/procaryote
qu'on puisse faire notre RNAseq après
que veut tu dire par "méthodes visant à identifier les protéines fixées sur les ARNm"?
on a pensé au même principe de kit ,utilisé des sondes (portant des oligonucleotides TTTTT) fixées aux billes magnétiques afin de cibler les ARNm eucaryotes (queue poly A)
est ce tu parlé de cela?
et "les sites de reconnaissance pour l'initiation de la traduction "? si tu peux m'éclaircir encore ca m'aiderai bien
effectivement le kit de qiagen RiboZero est bien adapté a la déplétion des arnr
