Faire des Amorces PCR sans logiciel
Bonjour à tous,
Alors voilà, après avoir survolé le forum je n'ai pu trouver une réponse à mon problème.
J'ai une séquence d'un gène cible qui est
5' ATG CCA CAT CAC ATT GTT ATT GTT........................... ...........GCC GCT GAT GTG TGC TGA 3'
Je veux obtenir les amorces Reward et Forward pour mon gène cible, comment dois-je procéder???
Amorce Reward est orientée 3'<-----------5'
Amorce Forward est orientée 5'------------>3'
Merci pour vos réponses
Cordialement
Peut etre par nous montrer ou est ton problème, et qu'est ce qui te bloque?
la réponse ne tombera pas juste en posant l'énoncé de ton problème, un minimum d'effort de ta part pour avoir de l'aide est la bienvenue
Bonjour,
Excusez moi si ma question n'est pas claire, mais je veux déduire la séquence de mes amorces (F/R) à partir de ma séquence d'ADN cible ci-dessus?
Je sais pas comment m'y prendre au juste.
Merci pour vos réponses, j'en ai vraiment besoin car j'ai exam dessus :/
Non ta question était très claire (ou plutôt l'énoncé est très clair) ce que je veux dire, c'est que le travail que tu as fourni avant de te dire "je n'y arriverai pas tout seul" , lui, n'est pas très clair.
Aucune réponse direct ne sera donnée, ce n'est pas un super marché a bonne réponse, les gens sont la pour t'aider, or la tu ne donne absolument à aucun moment ce qui te pose problème, tu pose uniquement l'énoncé d'un exercice auquel on est en droit de supposer que tu n'as pas cherché a commencer par toi même
Crois le ou pas je me suis cassée la tête avant de venir solliciter votre aide et c’était vraiment en dernier recours.
Pour votre gouverne je ne cherche pas de réponses facile. Je cherche seulement à comprendre comment on arrive à avoir des amorces d'une séquence cible car l'explication de mon prof n'a fait que m'embrouiller. Maintenant si tu vois que je fais que "mendier" une explication libre à toi de supprimer mon post.
Cordialement
Là est toute l'histoire, le mieux serait de ne pas avoir à te croire sur parole,
Par exemple qu'est ce que tu as compris du fonctionnement des amorces? pourquoi ca te pose probleme dans ce cas précis? comment tu crois que ca marche... qu'on sache quoi t'expliquer, on ne peut pas te refaire un cours entier, et on ne va surement pas te donner une réponse toute faite sans que tu n'ai rien a faire
on tourne en rond pour l'instant tant que tu ne nous aide pas a te conseiller
Alors les amorces sont utilisées en PCR et c'est de petites séquences d'adn (20nt) nous servent à amplifier notre brin cible de son extrémité 3' (Amorces R) et son extrémité 5' du brin complémentaire (amorce F). Elles sont toujours orienté de 5' -----> 3'
5' ATG CCA CAT CAC ATT GTT ATT GTT........................... ...........GCC GCT GAT GTG TGC TGA 3'
comment je m'y suis prise pour faire mes amorces:
5' atg cca cat cac att gtt gaa 3'
------> F
3' tac ggt gta gtg taa caa ctt 5'
pour l'amorce F (directe)
C'est 5' atg cca cat cac att gtt gaa 3'
Pour l'amorce R ( qui doit amplifier la fin de mon gène)
5'............gcc gct gat gtg tgc tga 3'
R <-----------------5'
3'............cgg cga cta cac acg act 5'
là je ne sais pas comment m'y prendre??????
Bonjour,
la séquence donnée est celle du brin sens = codant = non transcrit. L'oligo F doit s'hybrider avec l'autre brin, il doit donc avoir la même séquence que le brin sens. L'oligo R doit s'hybrider avec le brin sens, il doit avoir une séquence correspondant au brin antisens (3'............cgg cga cta cac acg act 5'). Par convention, on écrit les oligos F et R de 5' vers 3', donc il faut retourner ce dernier et le tour est joué.
Par contre, il faut faire attention au Tm qui sera séquence spécifique (augmente proportionnellement avec le nombre de G/C). Un Tm de 55 à 60°C est le plus courant. Il faut que F et R aient des Tm proches et faire une PCR avec une température d'hybridation 1°C sous ce Tm...
Ah d'accord! donc faut juste que je retourne mon brin 3'......5' pour avoir l'amorce R. C'est ce qui me tracassait justement
Pour ce qui est du Tm, oui je m'en suis bien assurée qu'il était > 55°C (dans mon cas)
Merci pour ta réponse
Bonne continuation ^^
Cordialement.
