Transgenèse : altération du génome

[Quentin.B]

Bonjour,
Je me permets d'ouvrir ce sujet à propos de la transgenèse afin de vous soumettre une question. En effet, lorsqu'on souhaite créer une souris CRE tissu-spécifique (ou lors d'une transgenèse additive/classique plus généralement), comment peut-on être certain que le transgène ne provoque pas de mutation ou d'altération du génome ? C'est à dire, comment vérifier que malgré l'insertion (aléatoire) du transgène, le génome de l'hôte reste "intact" ?
En espérant avoir été clair dans mes propos, je vous souhaite une bonne année.
Sincèrement

PS : j'appelle souris CRE tissu-spécifique, une souris exprimant la CRE (recombinase) sous l'action d'un promoteur tissulaire spécifique.
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[Flyingbike]

bonne question ! en fait heureusement il y a beaucoup plus de chance que ça tombe en dehors d'un gène. Mais oui en effet, c'est un truc qu'il est bien de vérifier, pour cela on peut par exemple amplifier par PCR la région en utilisant un primer inclus dans le transgène, pour explorer le voisinage.

[Quentin.B]

J'avais bien pensé à la PCR, mais si l'on place un seul primer, quand s'arrête l'amplification ? De plus, l'amplicon en lui même ne sert à rien, alors procède-t-on à un séquençage (puis confrontation aux banques de données) pour positionner le site d'insertion du transgène ?
Merci

[Flyingbike]

oui je pensais a séquençage, mais j'ai pas encore récupéré tous mes neuroneS... On peut avancer comme cela petit a petit en prenant un primer un peu plus loin chaque fois

[A voir en vidéo sur Futura]

[Quentin.B]

D'accord, merci pour l'info sur le séquençage ! Mais pour le primer, comment peut-on en choisir un en dehors de la séquence du transgène puisqu'on ne sait pas où celui-ci s'est inséré ? C'est justement ce que l'on cherche à savoir.

[Flyingbike]

eh bien tu n'en prends pas, tu fais des lectures dans un seul sens ! Contrairement a la PCR pour amplification, en Sanger tu n'as pas besoin d'amorce de l'autre coté