[Exercice] Clonage ADN amplifié
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Clonage ADN amplifié



  1. #1
    emimililie

    Clonage ADN amplifié


    ------

    Bonjour, je suis en L2 de biologie et je galère sur l'un de mes exercices concernant l'amplification d'ADN, le clonage de ce fragment...Voici l'énoncé :

    Exercice 1

    1-La séquence du gène de la capside du virus V est :
    5’atgggtaagtttctcgccactttgattt tattcttccagttctgccccctcattctcg gtgattacagccccagctgctgtactctca caattggagtctcctcataccactctaaac cctgcaatcctgcccagccagtttgttcgt ggaccctcgacctactggccctttcagcgg atcaggccctacagcccccctgccctaacc tagtaggttactccggctaccatgccacct attccctatatctatttcctcattggatta aaaagccaaaccgaaatggcggaggctatt attcagcctcttattcggacccttgttcct taaaatgcccatacctagggtgccaatcat ggacctgccccta3’
    Définir des amorces pour amplifier cette séquence en totalité.
    2-Vous voulez cloner le fragment d’ADN amplifié au site EcoRI ( G |AATTC ) d’un vecteur (il n’y a pas de site EcoRI dans ce gène). Comment allez-vous procéder pour le choix des amorces? Ecrire la séquence des amorces et noter en rouge les modifications par rapport aux précédentes

    Pour la première question, je n'ai aucun problème. Voici ce que j'ai trouvé :
    Amorce sens --> 5' ATGGGTAAGTTTCTCGCCAC 3'
    Amorce anti-sens --> 5' TAGGGGCAGGTCCATGATTG 3'

    C'est la deuxième question qui me pose problème. Je sais que les séquences reconnues par EcoRI sont : 5' GAATTC 3' et 3' CTTAAG 5'. Mais dans mon fragment d'ADN je ne trouve par ces sites du coup je vois vraiment pas comment je dois procéder.

    Est-ce que quelqu'un pourrait m'aider s'il vous plait?
    Merci d'avance

    -----

  2. #2
    vinssss

    Re : Clonage ADN amplifié

    Bonjour,
    Il faut mettre les sites de restriction en 5' des amorces. Ça fera un "flap" qui ne s' hybride pas mais qui ne gêne pas l'amplification.
    L'oeuf ou la poule en premier? L'oeuf provenant d'une proto-poule bien sûr...

  3. #3
    emimililie

    Re : Clonage ADN amplifié

    Ah donc c'est pas grave si les amorces ne sont plus complémentaires des brins matrices ?
    Du coup les nouvelles amorces seraient : amorce sens --》5' GATTCTAAGTTTCTCGCCAC 3'
    amorce anti sens --》5' GAATTCCAGGTCCATGATTG 3' .
    C'est ça où j'ai rien compris ?

  4. #4
    vinssss

    Re : Clonage ADN amplifié

    Il faut conserver toute la séquence à amplifier : Amorce sens --> 5' gaattcATGGGTAAGTTTCTCGCCAC 3'
    Amorce anti-sens --> 5' gaattcTAGGGGCAGGTCCATGATTG 3'
    L'idéal est d'ajouter 3 ou 4 nt aléatoires en 5' des sites de restriction pour que l'enzyme puisse couper (pour qu'elle n'ait pas une patte dans le vide)...
    L'oeuf ou la poule en premier? L'oeuf provenant d'une proto-poule bien sûr...

  5. A voir en vidéo sur Futura
  6. #5
    emimililie

    Re : Clonage ADN amplifié

    D'accord merci beaucoup!
    Mais du coup dans cet exercice on nous disait que le site EcoRI n'était pas présent dans le gène! Donc dans le cas où il est présent on fait comment on procède de la même manière?

  7. #6
    Flyingbike
    Modérateur*

    Re : Clonage ADN amplifié

    non, il faut choisir une enzyme et un site qui n'est pas dans votre gène pour le pas le couper en 2 !
    La vie trouve toujours un chemin

  8. #7
    vinssss

    Re : Clonage ADN amplifié

    Le top étant de mettre 2 sites différents (absents de la sequence) pour orienter le clonage.
    L'oeuf ou la poule en premier? L'oeuf provenant d'une proto-poule bien sûr...

  9. #8
    Flyingbike
    Modérateur*

    Re : Clonage ADN amplifié

    Citation Envoyé par vinssss Voir le message
    Le top étant de mettre 2 sites différents (absents de la sequence) pour orienter le clonage.
    oui très bonne idée !
    La vie trouve toujours un chemin

  10. #9
    emimililie

    Re : Clonage ADN amplifié

    Super.
    Merci pour vos réponses!

  11. #10
    emimililie

    Re : Clonage ADN amplifié

    Est-ce que par hasard vous savez quelles seraient les conséquences dans une réaction PCR si la concentration saline du tampon de réaction est trop ou pas assez élevée?

  12. #11
    Flyingbike
    Modérateur*

    Re : Clonage ADN amplifié

    cela modifie les températures d'hybridation et l'efficacité de la polymérase
    La vie trouve toujours un chemin

  13. #12
    emimililie

    Re : Clonage ADN amplifié

    Si la concentration en sel est trop élevée ça augmente la Tm et donc ça augmente la stringence, c'est ça ou pas?

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