Inhibiteurs d'enzymes

[invite22c08ba2]

Bonjour à tous,

Je cherche à inhiber une protéine par différents moyens. En fait ej cherche à utiliser différents inhibiteurs qui vont cibler différents domaines de cette protéine (ex : un inhibiteur contre le domaine catalytique, un autre contre le domaine de liaison, ...)
Je voudrais savoir par quelle(s) technique(s) peut-on savoir si un inhibiteur va cibler la partie catalytique ou telle ou telle autre domaine de la protéine ?

J'avais pensé à la cristallographie qui eput en effets permettre de connaître les différents domaines d'une protéine. Mais je ne sais pas si c'est possible de faire cela avec une interaction inhibiteur/protéine ?

Bonne journée à vous !
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[Aqualung]

Bonjour,

C'est une question à priori simple mais qui demande une réponse hyper compliquée. Il y a deux méthodes, soit ta protéine a une activité facilement mesurable. Tu peux alors mesurer l'effet d'une collection de molécules sur l'activité (tu peux pour ça t'aider des homologies de structures d'autres protéines ayant des molécules inhibitrices connues). Pour savoir si l'inhibiteur se lie au site actif ou ailleurs, tu peux déjà te faire une idée en suivant la cinétique enzymatique et en réalisant une transformée de Lineweaver-Burck (pour savoir si la liaison est compétitive ou non).
L'autre méthode est beaucoup plus complexe et nécessite d'utiliser la méthode du FBDD (fragment based drug design) qui se réalise dans des plateformes spécialisées. La technique est complexe à décrire ici en quelques lignes, mais l'idée est de générer une molécule groupement par groupement pour l'adapter au site actif.

Les méthodes nécessitent au minimum que ta protéine soit purifiable en quantité suffisante et, encore mieux, qu'elle soit cristallisable (ou ait déjà été cristallisée)

N'hésite pas si il faut d'autres détails

[invite22c08ba2]

Je te remercie beaucoup pour cette réponse !