Tests statistiques appliqués à la microbiologie

[flaki]

Bonjour à tous !
Je viens chercher un peu d'aide pour mon étude actuelle de master.
Je travaille actuellement sur les communautés bactériennes associées aux coraux et je voudrais connaitre quel serait le test statistique que je pourrais utiliser pour dans un premier temps savoir si mes dénombrements sont significativement différents en fonction des milieux et des échantillons (eau, corail et sédiment) et pourquoi. Je n'ai pas fait de formation en microbiologie alors d'autres questions seront certainement à venir...
Merci pour votre temps ! =)
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[minushabens]

Je dirais que ça dépend des données. Si les comptages sont des petits nombres (en gros, moins de 50) tu peux utiliser le modèle linéaire généralisé (glm) poissonien. S'il s'agit de "grands" nombres, alors le modèle linéaire classique, après peut-être transformation de la réponse, peut suffire.

[Loupsio]

Un modèle linéaire ca me parait impossible, si il travail avec une variable qualitative (le milieu d'échantillonnage : eau corail sediment)

Pars sur une ANOVA

Et par ailleurs, si tu n'es pas familier avec les stats, je préciserai qu'il faut vérifier si tes données le permettent, lances pas l'anova comme ca, il faut au moins que tu vérifie si chacun de tes groupe suit une loi normale (que tu aies une courbes de gauss avec un seul pic, ) ca tu peux le vérifier avec un test de shapiro

et il faut aussi vérifier que la variance entre tes groupes est constante (test de bartlett)

si c'est le cas tu peux faire l'ANOVA et les post-test (les post test te préciserons ou sont les différences entre tes groupes)
si ce n'est pas le cas, tu peux faire du pairwise (genre wilcoxon pairwise) ou autre, selon tes données

[minushabens]

Pars sur une ANOVA

juste un point de terminologie: l'analyse de variance (anova) est un cas particulier de modèle linéaire.

mais oui, l'analyse de variance convient ici si la réponse peut être vue comme continue (donc si les nombres sont assez grands).

sinon, glm.

[A voir en vidéo sur Futura]

[flaki]

Merci pour vos réponses rapides et claires !! J'ai pu utiliser l'ANOVA sur mes résultats et continuer d'avancer Merci encore =)