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comment crée un site de restriction pour une enzyme



  1. #1
    Zouhir1

    comment crée un site de restriction pour une enzyme

    Bonjour t le monde,
    s'il vous plait aidez moi à crée un site de restriction de l'enzyme DraI qui coupe dans la région palindromique TTTAAA
    L'amorce (primer) R est le suivant :
    5"ccttccttctttttgattttgttt 3" après le reversement donne aaacaaaatcaaaaagaaggaagg
    nous voulons amplifier l'exon 7 de ce gène
    EXON 1 244 bp
    GAGGTGGGAGGATCGCTTGAGCCCAAGAAG TCGAGGCTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCG CTGCACTCCAGCCTGAGCGACAGGGCGAGG CTCTGTCTCAAAACAAACAAACAAAAAAAA AAGGAAAGGAAATATAACACAGTGAAATGA AAGGATTGAGAGAAATGAAAAATATACACG CCACAAATGTGGGAGGGCGATAACCACTCG TAGAAAGCGTGAGAAGTTACTACAAGCGGT CCTCCCGGCCACCGTACTGTTCCGCTCCCA GAAGCCCCGGGCGGCGGAAGTCGTCACTCT TAAGAAGGGACGGGGCCCCACGCTGCGCAC CCGCGGGTTTGCTATGGCGATGAGCAGCGG CGGCAGTGGTGGCGGCGTCCCGGAGCAGGA GGATTCCGTGCTGTTCCGGCGCGGCACAGG CCAGGTGAGGTCGCAGCCAGTGCAGTCTCC CTATTAGCGCTCTCAGCACCCTTCTTCCGG CCCAACTCTCCTTCCGCAGCCTCGGGACAG CATCAAGTCGATCCGCTCACTGGAGTTGTG GTCCGCGTTTTTCTACGTCTTTTCCCACTC CGTTCCCTGCGAACCACATCCGCAAGCTCC TTCC
    EXON 2 72 bp
    TGGAGTAAAGTCACATAACCTCTAACCAGG TAAGTTTCCTGTGGCTTTATTTAGGATTTT AAATACTCATTTTCAGTGTAATTTTGTTAT GTGTGGATTAAGATGACTCTTGGTACTAAC ATACATTTTCTGATTAAACCTATCTGAACA TGAGTTGTTTTTATTTCTTACCCTTTCCAG AGCGATGATTCTGACATTTGGGATGATACA GCACTGATAAAAGCATATGATAAAGCTGTG GCTTCATTTAAGGTATGAAATGCTTGCTTA GTCGTTTTCTTATTTTCTCGTTATTCATTT GGAAAGGAATTGATAACATACGATAAAGTG TTAAAGTACATGTTATTCAGTTTTCATTTT GAAGATTAGATGGTAGTATGAGTTAGTTAA ATCAGGTGATATCCTCCTTTAGAAGTTGAT AGCCTATATATG
    EXON 3 120 bp
    CAGGTGTATGATGCCTTTAAGAGCAGTTTT TATAGTGCAGGGGGTGGTCAAAAGAGAAAA TAGGTGCTTTCTGAGGTGACGGAGCCTTGA GACTAGCTTATAGTAGTAACTGGGTTATGT CGTGACTTTTATTCTGTGCACCACCCTGTA ACATGTACATTTTTATTCCTATTTTCGTAG CATGCTCTAAAGAATGGTGACATTTGTGAA ACTTCGGGTAAACCAAAAACCACACCTAAA AGAAAACCTGCTAAGAAGAATAAAAGCCAA AAGAAGAATACTGCAGCTTCCTTACAACAG GTTATTTTAAAATGTTGAGATTTAACTTCA AAGGATGTCTCATTAGTCCTTATTTAATAG TGTAAAATGTCTTTAACTTAAGTGATTAGT ACAGTGTTTCTATTGACATATACTTATACA ACTTCAAAAACAACTATTAAATTTTCTGTT ATTTAGGAACATGCATATTAGTCATGAAAG
    EXON 4 201 bp
    AATGTAAGAGAGTTGGAATTCAGATTTATG TATTTAGACCCCAAGCCTTTCTCATTACAT CATTTTGCCTTCCAAATCTCTACCCTCTAT CCTTCACCTCCCCACTGATCAAAACGAGAT GATAGTTTGCCCTCTTCAAAAGAAATGTGT GCATGTATATATCTTTGATTTCTTTTGTAG TGGAAAGTTGGGGACAAATGTTCTGCCATT TGGTCAGAAGACGGTTGCATTTACCCAGCT ACCATTGCTTCAATTGATTTTAAGAGAGAA ACCTGTGTTGTGGTTTACACTGGATATGGA AATAGAGAGGAGCAAAATCTGTCCGATCTA CTTTCCCCAATCTGTGAAGTAGCTAATAAT ATAGAACAGAATGCTCAAGAG
    GTAAGGATACAAAAAAAAAAAAATTCAATT TCTGGAAGCAGAGACTAGATGAGAAACTGT TAAACAGTATACACAGTTGTCAGTTTGATC CACCGAGGCATTAATTTTTTCTTAATCACA CCCTTATAACAAAAACCTGCATATTTTTTC TTTTTAAAGAATGAAAATGAAAGCCAAGTT
    EXON 5 153 bp
    ATAGAACAGAATGCTCAAGAGGTAAGGATA CAAAAAAAAAAAAATTCAATTTCTGGAAGC AGAGACTAGATGAGAAACTGTTAAACAGTA TACACAGTTGTCAGTTTGATCCACCGAGGC ATTAATTTTTTCTTAATCACACCCTTATAA CAAAAACCTGCATATTTTTTCTTTTTAAAG AATGAAAATGAAAGCCAAGTTTCAACAGAT GAAAGTGAGAACTCCAGGTCTCCTGGAAAT AAATCAGATAACATCAAGCCCAAATCTGCT CCATGGAACTCTTTTCTCCCTCCACCACCC CCCATGCCAGGGCCAAGACTGGGACCAGGA AAGGTAAACCTTCTATGAAAGTTTTCCAGA AAATAGTTAATGTCGGGACATTTAACCTCT CTGTTAACTAATTTGTAGCTCTCCCATGAA ACTTTTGTAGCTTAAATACACAAGAATTTT TTGAAAAGGAAATAAGATAATGATGCAAAA TAGTTAATTTTTTAAAAAAATGTTAGACAC TGC
    EXON 6 96 bp
    CATTTGACTTATGAGTCTGTTTGACTTCAG GATTTGGTACATGAAATTTCACTTAATCTT TTTGATATGTATAAAACAAATATTCTGGGT AATTATTTTTATCCTTTTGGTTTTGAGTCC TTTTTATTCCTATCATATTGAAATTGGTAA GTTAATTTTCCTTTGAAATATTCCTTATAG CCAGGTCTAAAATTCAATGGCCCACCACCG CCACCGCCACCACCACCACCCCACTTACTA TCATGCTGGCTGCCTCCATTTCCTTCTGGA CCACCAGTAAGTAAAAAAGAGTATAGGTTA GATTTTGCTTTCACATACAATTTGATAATT AGCAGAATAGAGGATTGTAAAATGTCATTG TAGAACATCCCTTGGGCCAGATTCTAATGG GTAGAAATTTGAACTAAACCTCTGGGTTTT GTTTGTTTTTAATGCCTTTCTGTTACCCAG ATGCAG
    EXON 7 111 bp
    GAGACCAGTCTGGGCAACATAGCAAGACCT CGTCTTTGTTTAGGGGAAAAAAAAGAAATT TAAGTAGGAGATTATATAAGCAAAAATACA ATTAATTTCCAGCATTCACTATATAATATA AATCTCCAGACTTTACTTTTTTGTTTACTG GATATAAACAATATCTTTTTCTGTCTCCAG ATAATTCCCCCACCACCTCCCATATGTCCA GATTCTCTTGATGATGCTGATGCTTTGGGA AGTATGTTAATTTCATGGTACATGAGTGGC TATCATACTGGCTATTATATGGTAAGTAAT CACTCAGCATCTTTTCCTGACAATTTTTTT GTAGTTATGTGACTTTGTTTTGTAAATTTA TAAAATACTACTTGCTTCTCTCTTTATATT ACTAAAAAATAAAAATAAAAAAATACAACT GTCTGAGGCTTAAATTACTCTTGCATTGTC CCTAAGTATAATTTTAGTTAA
    EXON 8 54 bp
    GATAACTTTTAAAGTACATTAAAAGACTAT CAACTTAATTTCTGATCATATTTTGTTGAA TAAAATAAGTAAAATGTCTTGTGAAACAAA ATGCTTTTTAACATCCATATAAAGCTATCT ATATATAGCTATCTATGTCTATATAGCTAT TTTTTTTAACTTCCTTTATTTTCCTTACAG GGTTTCAGACAAAATCAAAAAGAAGGAAGG TGCTCACATTCCTTAAATTAAGGAGTAAGT CTGCCAGCATTATGAAAGTGAATCTTACTT TTGTAAAACTTTATGGTTTGTGGAAAACAA ATGTTTTTGAACATTTAAAAAGTTCAGATG TTAAAAAGTTGAAAGGTTAATGTAAAACAA TCAATATTAAAGAATTTTGATGCCAAAACT ATTAGATAAAAGGTTAATCTACAT
    EXON 9 572 bp
    TTTTATATCACTAGTAGGCAGACCAGCAGA CTTTTTTTTATTGTGATATGGGATAACCTA GGCATACTGCACTGTACACTCTGACATATG AAGTGCTCTAGTCAAGTTTAACTGGTGTCC ACAGAGGACATGGTTTAACTGGAATTCGTC AAGCCTCTGGTTCTAATTTCTCATTTGCAG
    GAAATGCTGGCATAGAGCAGCACTAAATGA CACCACTAAAGAAACGATCAGACAGATCTG GAATGTGAAGCGTTATAGAAGATAACTGGC CTCATTTCTTCAAAATATCAAGTGTTGGGA AAGAAAAAAGGAAGTGGAATGGGTAACTCT TCTTGATTAAAAGTTATGTAATAACCAAAT GCAATGTGAAATATTTTACTGGACTCTATT TTGAAAAACCATCTGTAAAAGACTGGGGTG GGGGTGGGAGGCCAGCACGGTGGTGAGGCA GTTGAGAAAATTTGAATGTGGATTAGATTT TGAATGATATTGGATAATTATTGGTAATTT TATGAGCTGTGAGAAGGGTGTTGTAGTTTA TAAAAGACTGTCTTAATTTGCATACTTAAG CATTTAGGAATGAAGTGTTAGAGTGTCTTA AAATGTTTCAAATGGTTTAACAAAATGTAT GTGAGGCGTATGTGGCAAAATGTTACAGAA TCTAACTGGTGGACATGGCTGTTCATTGTA CTGTTTTTTTCTATCTTCTATATGTTTAAA AGTATATAATAAAAATATTTAATTTTTTTT TAAATTAGCTGTATCTGTGATTGTATTTCT TTTTTGCATATTATTTTGCCCTTTGGCCCA TATTTTGATATCGATGCCACCATAGCATTT TGTGTATGTGCATGTGTATTCCCACTTAAT GTCACATTTTTCATGTCTTTACATATTCTT ATTTTTGTTTGTTTTTGAGACAGAGTCTCG CT.


    La séquence AGACTATCAACTTAATTTCTGATCA sur l’intron 8 correspond au site de fixation de l’morce F : agactatcaacttaatttctgatca

    -----


  2. #2
    Tibosax

    Re : comment crée un site de restriction pour une enzyme

    Okay, j'ai absolument rien compris. Si tu veux qu'on t'aide, t'as intérêt à faire un effort de clarté.

    Tu veux mettre le site en 5' ou 3' de ton amplicon ? D'ailleurs tu peux mettre l'amplicon en gras, c'est hyper chiant à visualiser comme ça. Ah et vire les exons 1-6 et 9, on s'en fou.
    Dernière modification par Tibosax ; 02/07/2016 à 18h04.

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