Y a-t-il une différence entre un spécimen ogm et un non ogm ?

[Pio2001]

Bonjour,
Je me pose une question purement scientifique (je précise).

Existe-t-il une différence intrinsèque entre un spécimen qui est issu de la technique OGM et un autre ?


Pour préciser ma pensée, imaginons un peuple extraterrestre infiniment plus avancé que nous scientifiquement, mais qui ignore l'existence de la Terre et des êtres vivants qui s'y trouvent.
Si nous rendons visite à ce peuple avec dans nos bagages un épi de maïs OGM BT et un épi de maïs non ogm, existe-t-il un moyen théorique, pour les savants de cette planète d'identifier, en regardant tout ce qui se trouve à l'intérieur des cellules du maïs, l'adn, les arn etc. lequel des deux épis est issu de la technique OGM ?
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[Cendres]

Il me semble que l'on arrive bien, nous, à identifier ce qui est issu de la transgenèse (et heureusement, vu que c'est nous qui le faisons).

[Flyingbike]

Parce qu'on a des références de séquence et qu'il est facile avec cela de trouver un transgène, par exemple.


Sans cela, c'est impossible

[Pellia]

Bonsoir,
À l’IFRA cela ce fait tous les jours.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Loupsio]

Pour préciser ma pensée, imaginons un peuple extraterrestre [...]

Je ne sais pas pour le BT exactement comment ils on fait, mais si on se base sur les méthodes couramment utilisées, comme l'utilisation de T-DNA, plasmide Ti et agrobacterium, alors en assumant que ce peuple possède notre connaissance en biologie moléculaire, alors oui il pourra, ou du moins si ils étudient très précisement le génome, ils peuvent se demander pourquoi comme de par hasard on retrouve des clusters de sites de restriction qui encadrent la partie codante du gène, (qui sont souvent utilisés pour insérer le gène dans le plasmide afin que la bactérie transmette ce gène, les plasmides possèdent plusieurs sites pour laisser l'experimentateur choisir l'enzyme qu'il veut pour ouvrir le plasmide et insérer le gène dedans).

Afin que le mutant soit séléctionné, on doit pouvoir vérifier qu'il possède bien l'insert qu'on voulait lui ajouter, et cela se fait souvent via l'utilisation d'un gène rapporteur, cette population d'extraterrestre putative pourrait se demander ce que ce gène fait là si ce n'est pas un gène de plante

donc oui ils pourraient car non il n'y a pas que le gène de la protéine en question qi est ajouté, mais tout ce qui se trouve dans la zone du plasmide Ti entre les deux sequences bordantes

[tic-tic]

Salut à tous,

J'ai envie de poser la question de cette façon :

Peut-on produire un OGM (bactérien, animal ou végétal) issu de transgénèse (donc j'exclus l'insertion d'InDel) de façon à ce qu'il soit impossible, sans séquence de référence, d'identifier cet organisme (ou sa descendance) comme issu du génie génétique?

On m'a déjà mentionné le fait que cela est beaucoup plus difficile de repérer un transgène chez un végétal que chez un animal, quelqu'un peut-il confirmer/expliquer?

Ensuite, comme le dit loupsio, on peut imaginer qu'il soit otujors possible de repérer un transgène grâce aux sites de restriction qui le flanquent. Est-ce que ce sera toujours le cas, indépendamment de la méthode d'intégration? Genre une intégration aléatoire? Médiée par transposons?

Bref, si je souhaite, pour une raison ou pour une autre, fabriquer un OGM non identifiable, comment m'y prendre?

tic tic

ps : dans le pire des cas, on peut toujours, une fois le transgène intégré, induire des InDels dans nos sites des restriction histoire d'effacer les traces (non?). Donc j'ajoute cette condition à ma question : une seule manipulation doit être réalisée, donc seulement l'intégration du transgène (pas de manipulations ultérieures pour effacer les traces).

[Loupsio]

Peut-on produire un OGM (bactérien, animal ou végétal) issu de transgénèse (donc j'exclus l'insertion d'InDel) de façon à ce qu'il soit impossible, sans séquence de référence, d'identifier cet organisme (ou sa descendance) comme issu du génie génétique?

Depuis recemment : Oui,
Grâce à l'utilisation de CRISPR/CAS9 qui est plus du génome editing que de l'insertion de gène comme c'est le cas avec Agrobacterium tumefacien
Après tout dépend de ce que tu inclus dans InDel, car j'aurais tendance à ne prendre en compte que les mutations par PCR mutagène (faire une pcr sur le gène mis avec taq sans activité de proof reading) ou traitement chimiques avec des composés mutagènes, (les trucs de base ou la mutation est un peu aléatoire) mais dans CRISPR/CAS9 on n'insère pas directement le gène donc tu peux le considérer comme de l'InDel, mais on modifie sa séquence "à volonté" où on veut, comme on veut, en gros on peut donc obtenir l'allèle qu'on veut, si on observe que l'allèle d'une autre accession pour ce meme gène permet de meilleurs performnces. ce qui est différent des utres methode ou l'endroit de la mutation et sa nature sont aléatoire,

repérer un transgène grâce aux sites de restriction qui le flanquent
Non car les sites de restriction sont quasiment universels à ma connaissance (même si tous les organismes ne produisent pas toutes le enzymes qui vont être spécifiques de ces sites)
disons qu'en retrouver plusieurs à la suite relève d'une "très grande coincidence" qui peut mettre la puce a l'oreille; si en plus on retrouve plusieurs sites de restrictions a la suite juste devant un gène et le site le plus proche du gène est aussi retouvé juste a la fin du gène (qui montre que ce site a été ouvert, donc scindé en deux et s'est retrouvé de part et d'autre du gène qu'on ajoute), alors ça plus des cluster de sites de restrictions... on peut vraiment se poser la question, mais c'est pas vriment une preuve en soi car tout site de restriction peut se retrouver dans tout génome

Bref, si je souhaite, pour une raison ou pour une autre, fabriquer un OGM non identifiable, comment m'y prendre?

Je dirais CRISPR/CAS9

[Loupsio]

Bref, si je souhaite, pour une raison ou pour une autre, fabriquer un OGM non identifiable, comment m'y prendre?

Je dirais CRISPR/CAS9
Ca à l'avantage, qu'au lieu d'ajouter d'ajouter l'allèle en 'linserant (et donc avec tout ce qui est nécessaire à l'insertion d'un gène), tu le crée directement, tu peux aussi te servir de ca pour faire apparaitre un codon stop et inhiber la protéine en question si tu veux faire du knock out sans insertion de T-DNA dans le gène (l'insertion de T-DNA est visible, l'insertion d'un codon stop est tout ce qu'il y a de plus naturelle) ou au contraire faire disparaitre un codon stop, modifier un acide aminé pour le rendre phosphorylable (si a cet endroit il s'agit d'une sérine dans une autre accession mais dans la tienne il s'git d'une forme non phosphorylable ou la sérine a été remplacée, induisant un phénotype différent par incapacité d'etre phosphorylée) ou même la rendre toujours active (ou inactive) en remplacnt cet acide aminé par un acide aspartique (charge négative mimant la phosphorylation) dans le but d'augmenter une caractéristique de ton organisme...
et a ma connaissance il n'y ps moyen même avec toute la technologie envisageable, de deviner si cette modification était naturelle ou faite en labo

[tic-tic]

Je dirais CRISPR/CAS9

Shame on me...la prochaine fois je prendrai le temps de réfléchir avant de poser des questions cons.

Idem pour les TALEN au final...

Concernant CRISPR, à la limite (et toujours sans séquence de référence), la seule chose qui pourrait mettre la puce à l'oreille, c'est la proximité d'un site PAM...

(sorry je répondrai au reste de ton message plus tard )

[Loupsio]

oui mais PAM c'est NGG il me semble, non? (donc GG ducoup puisque N c'est n'importe quoi) autant dire que "GG" dans le génome tu dois le retrouver un peu partout, donc impossible de se poser la question dès qu'on voit un GG dans une séquence "est ce que ce gène est natif ou issu de modifications humaines par CRISPR? " et d'ailleurs même si tu te pose la question... au final impossible d'y répondre qu'il y ait le GG ne change rien, on ne peut pas dire si la séquence est la vrai ou si elle a été modifiée

[Pellia]

Bonjour,
Reprenons la question : existe-t-il un moyen théorique, pour les savants de cette planète d'identifier, en regardant tout ce qui se trouve à l'intérieur des cellules du maïs, l'adn, les arn etc. lequel des deux épis est issu de la technique OGM
Sans aller sur une autre planète nous prenons des poules de ferme qui ont l’habitude de manger du blé. Rupture de stock, obligation d’acheter du blé chez un marchand qui n’a plus de blé mais a du triticale, qu’importe ! L’on donne du triticale aux poules, elles viennent, regardent les grains qui ressemble aux grains de blé et ne mangent pas. On va bien vous avoir nous allons mélanger du triticale avec un restant de blé. Manger ! Les poules accourent, se jettent sur la nourriture, rassasiées elles repartent à leurs occupations. Au sol il reste que le triticale que nous avions mélangé. Une poule est omnivore, comment fait-elle pour trier les grains qui à nos yeux sont identiques. Pour l’odeur nous avions soigneusement mélangé l’ensemble, les grains sont restés en contact pendant plusieurs jours pour que l’odeur se communique.
Une peuplade extraterrestre bien évoluée fera comme les poules.

[tic-tic]

oui mais PAM c'est NGG il me semble, non? (donc GG ducoup puisque N c'est n'importe quoi) autant dire que "GG" dans le génome tu dois le retrouver un peu partout, donc impossible de se poser la question dès qu'on voit un GG dans une séquence "est ce que ce gène est natif ou issu de modifications humaines par CRISPR? " et d'ailleurs même si tu te pose la question... au final impossible d'y répondre qu'il y ait le GG ne change rien, on ne peut pas dire si la séquence est la vrai ou si elle a été modifiée

Oui, c'est ce que je me suis dit après coup, encore ^^ merci loupsio

[Loupsio]

De rien, tu peux maintenant lancer tes propres OGM sans craindre de te faire choper par un controle

elles viennent, regardent les grains qui ressemble aux grains de blé et ne mangent pas

je pense que la question etait d'origine génétique et purement fondamentale, pas dans un but de controle qualité agronomique, mais sinon tu répond ta propre question :

comment fait-elle pour trier les grains qui à nos yeux sont identiques

[Pio2001]

Merci pour toutes vos réponses !