Homo Sapiens / Neandertal

[arbanais83]

Bonjours à tous.

J'ai un peu besoin de rafraîchir quelques connaissances et vérifier si celles-ci sont exactes avant de pouvoir poser quelques questions un peu plus pointues.
Je vais résumer un peu ce que je "crois tenir pour vrai" à la lecture de quelques fils sur FS et sur d'autres sites.

Je vais tenter à nouveau d’y voir plus clair et si je dis des conneries n’hésitez pas à les corriger.
L’homme moderne et le chimpanzé ont environ 95% à 98% de leur gènes communs ( cela varie selon les sites )
L’homme moderne et Neandertal ont environ 99.9% de leur gènes communs.( là c'est assez précis )
C’est quelques 0.1% de différence représente quand même quelques milliers de gènes. ( oui mais combien ?)
Parmi ces quelques milliers de gènes différents entre Homo Sapiens et Neandertal ont en retrouve dans toute l’humanité actuelle environ 20% qui nous viennent de Neandertal.
Pris au niveau individuel la part de gènes qui nous vient de Neandertal est comprise entre 1% et 4% maximum
C’est chez les individus vivant actuellement en Asie que se retrouve la part la plus importante de gènes venant de Neandertal 4%
Et c’est chez les individus vivants actuellement en Afrique que cette part est la moins importante 1% maximum
Cette part de gènes de Neandertal qui nous est parvenue n’a été possible que lors d’accouplement Homo Sapiens mâle Neandertal femelle
L’accouplement Neandertal mâle Homo Sapiens femelle n’étant pas viable.
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[mh34]

L’accouplement Neandertal mâle Homo Sapiens femelle n’étant pas viable.

Et pourquoi?

[arbanais83]

Et pourquoi?

J'ai lu cette news assez récente d'ailleurs et qui m'a surpris jusqu'alors je pensais que l'accouplement viable pouvait se faire dans les 2 sens.
http://www.lexpress.fr/actualite/sci...s_1780779.html
Le reste de mon post te parait-il correct ?

[arbanais83]

A la lecture de l'article suivant je ne comprends pas très bien ce qui permet d'affirmer que l'individu étudié devait avoir pour grand-père ou arrière grand-père un Néandertalien
http://www.hominides.com/html/actual...urope-0936.php
il aurait fallu 2000 générations environ pour passer de 9% de gènes de Néandertal à 2% ou 3% et seulement 4 générations pour passer de 100% de gènes Néandertal à plus que ces 9% de ces gènes transmis ( pas sur d'être très clair ) voir le passage de l'article sur les grands-parents ou arrière grands-parents.

[A voir en vidéo sur Futura]

[mh34]

J'ai lu cette news assez récente d'ailleurs et qui m'a surpris jusqu'alors je pensais que l'accouplement viable pouvait se faire dans les 2 sens.
http://www.lexpress.fr/actualite/sci...s_1780779.html

Intéressant, merci pour le lien!

Le reste de mon post te parait-il correct ?

juste ça ;

C’est quelques 0.1% de différence représente quand même quelques milliers de gènes

C'est juste un problème de nombre, puisqu'on a seulement 30 000 gènes, donc 0,1% ça fait pas quelques milliers de gènes, mais seulement quelques centaines. Mais bon c’est un détail.

[arbanais83]

C'est juste un problème de nombre, puisqu'on a seulement 30 000 gènes, donc 0,1% ça fait pas quelques milliers de gènes, mais seulement quelques centaines. Mais bon c’est un détail.

Tu as raison c'est un détail mais plusieurs liens donnaient quelques milliers, dans ma tête j'avais fait comme toi rapidement le calcul, j'en étais arrivé à quelques dizaines par cette méthode.
C'est entre autre une des raisons qui m'a amené à ouvrir ce fil bien conscient de la pauvreté de mes connaissances dans ce domaine.
Mais là je n'arrive toujours pas à voir d'où peut venir ces écarts.
Je pense quand même ces sites sérieux quand ils affirment quelques milliers de gènes même si leur comparaison Sapiens/Sapiens Sapiens/Néandertal me gêne aussi un peu quelque part.
http://www.museedelhomme.fr/fr/diffe...en-asiatique-3

[Amanuensis]

L’accouplement Neandertal mâle Homo Sapiens femelle n’étant pas viable.

Cela paraît curieux comme conclusion.

Que les métissages soit fortement biaisés entre mâle et femelle quand on analyse la descendance est constaté très souvent chez h. sapiens même. Et ce n'est pas dû à un problème biologique de viabilité, mais à des facteurs sociaux: d'une part quand il y a domination culturelle ou sociale, le biais est vers mâle côté des dominants et femelles côté des dominés, d'autre part il y a un problème de "viabilité" culturelle: l'enfant élevé par sa mère côté dominé est mieux accepté, a plus de chance d'avoir des descendants (ou même de vivre), que l'enfant de mère côté dominant (et c'est peu de le dire dans certaines cultures...). On pourrait développer cela pas mal, dans le scabreux, et en prenant des exemples de sociétés contemporaines, y compris "civilisées" en remontant de moins de deux siècles, et même dans l'actualité récente.

Je ne vois pas trop pourquoi ce genre de phénomène n'ait pas été à l’œuvre dans la période -200000 à -300000 ! Le mythe d'un homme préhistorique moins sujet au racisme de base est quelque peu douteux, ainsi que le mythe qu'il n'y aurait pas eu conquête active par le sapiens des territoires des néanders.

[Amanuensis]

Tu as raison c'est un détail mais plusieurs liens donnaient quelques milliers, dans ma tête j'avais fait comme toi rapidement le calcul, j'en étais arrivé à quelques dizaines par cette méthode.
C'est entre autre une des raisons qui m'a amené à ouvrir ce fil bien conscient de la pauvreté de mes connaissances dans ce domaine.
Mais là je n'arrive toujours pas à voir d'où peut venir ces écarts.
Je pense quand même ces sites sérieux quand ils affirment quelques milliers de gènes même si leur comparaison Sapiens/Sapiens Sapiens/Néandertal me gêne aussi un peu quelque part.
http://www.museedelhomme.fr/fr/diffe...en-asiatique-3

Un point important à comprendre, il me semble, est qu'on parle d'allèles. Un dénombrement correct serait celui des allèles présents chez sapiens et qu'on sait (ou suppose fortement) être passés par les néanders. Cela fera un peu plus que le nombre de gènes, mais ce n'est pas le point important. Le point est plutôt l'importance de la différence entre ces allèles et les autres qui ont été soit "créés" dans la lignée sapiens, ou qui ont été hérités des ancêtres communs aux deux lignées.

Un autre point important est l'analyse de la prévalence de ces allèles, plutôt que leur simple existence. En particulier essayer de détecter les cas où leur prévalence est bien plus importante dans une population donnée que la dérive neutre de la composition allélique de la population permettrait.

Un autre point pas clair pour moi est la reconstruction des dates d'entrée de ces allèles dans le génome sapiens. Il me semble que beaucoup (si tant est que l'évaluation soit fiable...) sont assez anciennes, avant la grande expansion des sapiens sur les territoires néanders vers -40000. Et peut-être encore plus anciennes?

Brefs, ces pourcentages sont des indicateurs très grossiers! Ce qui va être intéressant est quand les idées progresseront sur le rôle de ces allèles, en particulier ceux qui se sont très propagés. Quand ont passera du grossièrement quantitatif au finement qualitatif.

[Amanuensis]

Sue le sujet, je serais intéressé par des réactions sur les points qui me semble factuels à la lecture de la littérature:

1) Les sapiens et les néanders ont la même organisation du génome, en particulier ils ont les mêmes gènes au sens des loci. (Ce n'est pas le cas avec les chimps, pas le même nombre de chromosomes par exemple.)

2) Certains loci sapiens ont des allèles tels que la reconstruction de la phylogénie des allèles, prenant en compte ce qu'on a décodé du génome néander, montre qu'ils ont passé un certains temps chez les néanders (où ils acquis des mutations spécifiques).

3) A contrario, des loci (ne montrent rien de tel, en particulier on n'a pas de trace du génome mitochondrial des néanders (d'où l'idée d'un biais majeurs entre les sexes), mais c'est en fait le cas de la majorité des loci.

4) Un allèle "néander" peut être passé dans le génome sapiens, et avoir disparu ensuite du génome sapiens, ne serait-ce que par dérive neutre.

5) On peut même imaginer un aller-retour, un allèle sapiens passant dans le génome néander, disparaissant par dérive chez les sapiens sans descendance d'allèle, puis réintroduit sans modification en provenance des néanders. Dans un tel cas, il serait classé comme venant des néanders.

[invite9dc7b526]

L’accouplement Neandertal mâle Homo Sapiens femelle n’étant pas viable.

On n'a pas de trace dans la population humaine actuelle de gènes (identifiés comme) néanderthaliens dans le chromosome Y. Mais ça ne signifie pas qu'il n'y ait pas eu de rejetons issus d'un mâle néanderthalien et d'une femelle sapiens. S'il y en a eu, leur lignée mâle est aujourd'hui éteinte.

[Amanuensis]

On n'a pas de trace dans la population humaine actuelle de gènes (identifiés comme) néanderthaliens dans le chromosome Y. Mais ça ne signifie pas qu'il n'y ait pas eu de rejetons issus d'un mâle néanderthalien et d'une femelle sapiens. S'il y en a eu, leur lignée mâle est aujourd'hui éteinte.

Mais on n'a pas non plus dans la population humaine actuelle de génomes mitochondriaux identifiés comme néander. De ce point de vue là, c'est symétrique.

[invite9dc7b526]

je me pose cette question: si on avait trouvé dans les génomes mitochondriaux de neanderthaliens une séquence présente chez l'homme moderne (ancien ou d'aujourd'hui), comment est-ce qu'on aurait pu conclure à une hybridation neander femelle x sapiens mâle ? Il aurait pu se faire que ce néanderthalien avait lui-même une mère (ou grand-mère, etc) sapiens. Il faudrait de l'ADN de neanderthalien d'une époque précédant l'arrivée des sapiens, mais je ne sais pas si on en a récupéré.

[Amanuensis]

Dans tout ce que j'ai lu il est indiqué que les génomes mitochondriaux des fossiles néander ne sont pas dans la variation des génomes mitochondriaux sapiens.

Comme pour le Y, cela signifie seulement que les lignées maternelles sont éteintes.

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Et c'est un point général: je ne sais pas si on compte peu de loci avec un allèle passé par les néanders parce qu'il y en a peu de divergents entre les deux espèces, ou s'il y en a beaucoup mais les métissages en ont fait entrer peu, ou si encore il y en a bien plus d'entrés dans le génome des populations sapiens, mais pour la grande majorité les lignées de ces allèles se sont éteintes chez sapiens (à l'instar des gènes sur le Y -- qui en a peu -- ou du génome mitochondrial). Ou encore autre chose...

Je ne sais pas comment ils ont exclu le troisième cas.

[Amanuensis]

Il faudrait de l'ADN de neanderthalien d'une époque précédant l'arrivée des sapiens, mais je ne sais pas si on en a récupéré.

Dans l'article (journalistique) cité en référence, il est question d'ADN de 49000 ans d'âge, venant d'Espagne, donc a priori avant l'arrivée des sapiens à cet endroit là.

L'endroit et la date posent aussi un problème pour la conclusion: au mieux elle serait que ces néanders là n'ont pas de descendants en lignée mâle chez les sapiens.

Or les métissages en question sont peut-être bien plus anciens que cette date, et localisés dans la zone de contact, au moyen-orient, contact qui a duré longtemps avant que des sapiens décident d'aller se promener ailleurs sur le globe. D'ailleurs c'est bien plus compatible avec la distribution actuelles des gènes néanders, présents aussi bien en Asie qu'en Europe.

(Je n'ai pas lu l'article scientifique, il y a dedans sûrement les réponses à ces interrogations...)

[Amanuensis]

Mouais... Lire l'article scientifique aurait dû être fait plus tôt dans cette discussion. J'y lis:

The fact that the Neandertal Y-chromosome lineage we describe has never been observed in modern humans suggests that the lineage is most likely extinct. Although the Neandertal Y chromosome (and mtDNA) might have simply drifted out of the modern human gene pool, [24] it is also possible that genetic incompatibilities contributed to their loss.

Encore un cas où le journaliste a fortement extrapolé et déformé les conclusions scientifiques.

Désespérant.

[arbanais83]

http://www.hominides.com/html/actual...urope-0936.php

Je reviens sur le passage Neandertal pour arrière arrière grand père
Comment peut-on en être aussi sûr avec les chiffres qui sont donnés ?
2000 générations pour passer de 9% à 2% ou 3% de gènes de Neandertal dans son génome
Et seulement 4 générations pour passer de 100% à 9% ? comment cela se calcul-t-il ?

[Amanuensis]

J'avais écrit une longue réponse, perdue par "database error". Logiciel nul, pas la patience de réécrire.

[invite9dc7b526]

Comment peut-on en être aussi sûr avec les chiffres qui sont donnés ?

à mon avis on ne peut pas être sûr. Je pense qu'ils font l'hypothèse qu'un seul de ses arrière-arrière grands parents était neanderthalien, et comme en moyenne on transmet la moitié de son génome à sa descendance, il aurait 1/16 (~6%) de génome neanderthalien. Mais ce n'est qu'une hypothèse.

[Amanuensis]

Oui.

À un autre extrême, les plus proches ancêtres néanders sont 2000 générations avant, la population à laquelle il appartenait était relativement isolée, et avait son origine dans un tout petit groupe se sapiens dont le métissage était déjà de l'ordre de 9%. (Notons qu'alors la découverte est moins "exceptionnelle".)

Pour les 2 à 3% dans les populations actuelles, pareil, pleins de scénarios différents peuvent donner ce résultat, et en particulier il n'est pas nécessaire qu'un quelconque métissage ait eu lieu en Europe.

L'évolution de la proportion d'un allèle dans le génome d'une population va de la dérive neutre à la forte sélection, positive ou négative. Le 2 à 3% peut être aussi bien dû à un fort métissage (suivi de plein de pertes), ou à des allèles sélectionnés positivement, ou n'importe quelle combinaison.

Il y a (ou aura) peut-être moyen d'attribuer des vraisemblances à divers scénarios, par analyse détaillée des différents gènes impliqués, mais parler de certitudes dès maintenant?

[arbanais83]

à mon avis on ne peut pas être sûr. Je pense qu'ils font l'hypothèse qu'un seul de ses arrière-arrière grands parents était neanderthalien, et comme en moyenne on transmet la moitié de son génome à sa descendance, il aurait 1/16 (~6%) de génome neanderthalien. Mais ce n'est qu'une hypothèse.

J'avais aussi fait ce calcul qui semblait bien coller.
Mais en reprenant le même calcul on pouvait arriver aux 3% dès la génération suivante et pas 2000 générations plus tard !
Donc je me suis dit que la génétique devait être bien plus compliquée.
Les explications d'Amanuensis me le confirment. Je trouve dommage qu'un site "hominidés" que je trouvais bien fait et intéressant se permettent des raccourcis aussi péremptoires qui induisent fortement le lecteur béotien en erreur.

[invite9dc7b526]

Mais en reprenant le même calcul on pouvait arriver aux 3% dès la génération suivante et pas 2000 générations plus tard !

on arrive à 3% dans la descendance de cet individu et à condition qu'il se reproduise avec des sapiens. Dans la population c'est une autre histoire. L'individu en question n'était peut-être pas typique de la population, et il y a beaucoup de choses qu'on ignore, comme le fait remarquer Amanuensis.

[Amanuensis]

Je trouve dommage qu'un site "hominidés" que je trouvais bien fait et intéressant se permettent des raccourcis aussi péremptoires qui induisent fortement le lecteur béotien en erreur.

C'est un site de "vulgarisation", en plus dans un domaine où même les scientifiques sont susceptibles de tirer des conclusions péremptoires à partir d'indice ténus (un "jeu" qu'on peut comprendre, d'une certaine manière). Suffit de regarder l'histoire du domaine!

Très généralement, c'est un domaine où l'esprit critique doit être en constante vigilance, essayer de revenir aux "faits" (les indices ténus) et éviter les conclusions, que ce soit celles qu'on se permettrait soi-même aussi bien que celles des spécialistes. Cela ne rend pas le domaine moins intéressant. Au contraire même; il y a un côté "enquête" qui est passionnant, justement parce que les indices sont ténus. Dommage que l'accent soit mis trop souvent sur des conclusions prématurées, et moins sur les supputations, sur ces raisonnements qui n'aboutissent pas à des conclusions fermes, mais qui sont quand même des avancées.