[Bioinformatique]

[invitead7b5233]

Bonjour à tous
Concernant l alignement de sequences nucleotidiques , en considerant qu on garde la MEME matrice de substitution mais que l'on change les penalités d ouverture de gap (go ) et d extension de gap (ge) , peut-on comparer les scores obtenus?
Pour moi non puisque on change les parametres de score meme si l on garde la meme matrice, mais je ne suis pas sure
et le meilleur score ne prouve pas forcement le meilleur alignement du coup? si je change ces penalités je peux peut etre obtenir de bons scores, mais aberrants biologiquement?

Merci beaucoup
Cordialement
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[Loupsio]

Bonsoir
Non car imagine une séquence génétique appelée "A", et tu insère un certain nombre de nucléotides soit groupés, soit éparpillés
si tu compare la séquence AAAAAAAAAAAAAAA
avec soit : AAAAAAAABBBBBAAAAAAA
ou : AAABAAABAAABAAABAAAAB
si tu changes les pénalités, d'ouverture et de prolongement de gap, sachant que 'ouverture n'a pas la meme pénalité que le prolongement, pour les deux exemples donnés tu n'auras pas le même score alors qu'on y a le même nombre de A et le meme nombre de B dans les deux variations de ta séquence A, et que on considère A étant la meme chose dans les deux conditions et B la meme chose dans les deux conditions,

donc tu auras deux score different si tu compare AAAAAAAAAAAAAAA avec lune sequence ou l'autre possédant B, à moins d'avoir une pénalité d'ouverture de 0, ou alors que l'ouverture et le prolongement aient la même pénalité (mais il me semble que l'ouverture à une pénalité plus élevé quasiment tout le temps)
ducoup pour ces deux "mêmes" séquences, on aura deux scores différents (a moins d'avoir un malus d'ouverure de 0 ou que l'ouverture)

sachant que ces deux comparaison ne renvoient pas la même chose, si maintenant tu change l'ouverture de gap tu affectera le score beaucoup plus dans le deuxieme cas que dans le premier, tu ajoute donc un biais a tes comparaisons
une séquence avec un score proche de la premiere séquence pourra peut etre maintenant etre plus proche du score de la deuxieme séquence une fois les pénalités changés

[invitead7b5233]

Bonsoir
Merci pour ta réponse. Donc , non , on ne compare des sequences que si elles sont comparées avec la meme matrice et les memes penalités de gaps
Merci beaucoup!

[Loupsio]

Donc , non , on ne compare des sequences que si [...]

je dirai plutot "non , on ne compare des comparaisons de sequences que si [...]

mais tu peux comparer A et B avec certaines pénalitées et comparer A et C avec d'autres pénalité,
mais tu ne pourra pas dire B est plus proche que C, car avec les mêmes pénalitées de part et 'autres tu aurais peut etre un autre score, et C serait peut etre plus proche de A que ne l'est B

[A voir en vidéo sur Futura]