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Construire Une Protéine par chance



  1. #1
    yazidzahrawi

    Cool Construire Une Protéine par chance

    Bonsoir,

    Comment puis-je calculer la probabilité q'une protéine quelconque se forme par chance si on a mis tous les 500 acides aminés q'on connait dans la nature dans un mélange sachant que seulement 140 parmi ces acides aminés sont présents dans les protéines et aussi sachant que chaque acide aminé peut être soit L ou D et on doit seulement avoir la configuration L ?

    -----


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  3. #2
    Edelweiss68

    Re : Construire Une Protéine par chance

    H u m a n i t y

  4. #3
    yazidzahrawi

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Citation Envoyé par Edelweiss68 Voir le message
    Vous ne pouvez pas.[/url]
    Pourquoi pas ? si on prend tous les séquences possibles mathématiquement et on les comparant par les séquences de tous les protéines existant dans la nature ça va nous donner au moins une idée !!

  5. #4
    vpharmaco

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Citation Envoyé par yazidzahrawi Voir le message
    Pourquoi pas ? si on prend tous les séquences possibles mathématiquement et on les comparant par les séquences de tous les protéines existant dans la nature ça va nous donner au moins une idée !!
    J'ai du mal à voir de quoi "çà va nous donner au moins une idée", mais si c'est une question de math, tu aura surement plus de réponse sur le forum dédié.
    Côté chimie/biologie, mélanger 500 acides aminés cela conduit à avoir ... une solution contenant un mélange de 500 acides aminés, point.

  6. #5
    minushabens

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Rien que calculer la probabilité qu'on a en assemblant N acides aminés (parmi les 20 des protéines) au hasard, de tomber sur une séquence prédéfinie n'est pas si simple.
    Dernière modification par minushabens ; 04/02/2017 à 08h09.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    yazidzahrawi

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Oui c'est pas simple mais je veux justement avoir une idée à propos de la théorie évolutionnaire que la vie peut générer de la" non vie", alors justement pour avoir une protéine au chance on peut pas calculer au moins la probabilité que ça peut arriver ?

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  10. #7
    mh34

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Citation Envoyé par yazidzahrawi Voir le message
    Oui c'est pas simple mais je veux justement avoir une idée à propos de la théorie évolutionnaire que la vie peut générer de la" non vie", alors justement pour avoir une protéine au chance on peut pas calculer au moins la probabilité que ça peut arriver ?
    Si on vous dit que c'est une chance sur un milliard ( au hasard) , vous ferez quoi avec ça? Vous en déduirez quoi?
    Ω ξειν', αγγέλλει Λακεδαιμονίοις ότι τήδε κείμεθα τοις κείνων ρήμασι πειθόμενοι

  11. #8
    minushabens

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Tu es loin du compte avec un milliard. Il y a par exemple 20^100~10^130 chaînes de 300 acides aminés possibles.
    Dernière modification par minushabens ; 04/02/2017 à 16h24.

  12. #9
    yazidzahrawi

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Citation Envoyé par mh34 Voir le message
    Si on vous dit que c'est une chance sur un milliard ( au hasard) , vous ferez quoi avec ça? Vous en déduirez quoi?
    je pense que ça va être beaucoup plus qu'une chance sur un milliard, je peux déduire que les protéines sont impossibles d’êtres construites par jeu de chance et que la vie apparaître au terre juste par hasard.

  13. #10
    minushabens

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Ce raisonnement n'est pas valable parce que la vie n'est pas apparue tout à coup avec toutes les protéines qu'on connaît aujourd'hui. Les premières molécules de la vie étaient certainement beaucoup plus petites.

  14. #11
    yazidzahrawi

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Citation Envoyé par minushabens Voir le message
    Ce raisonnement n'est pas valable parce que la vie n'est pas apparue tout à coup avec toutes les protéines qu'on connaît aujourd'hui. Les premières molécules de la vie étaient certainement beaucoup plus petites.
    Tout à fait d'accord, mais les probabilités que ces "petites" molécules sont construites par chance d'après les atomes dans la nature reste réduites
    Cela pose beaucoup de questions mais en général merci pour vos infos.

  15. #12
    minushabens

    Re : Construire Une Protéine par chance

    On ne sait pas comment étaient les premières protéines. Il est possible qu'elles aient été formés de beaucoup moins que 20 acides aminés, pourquoi pas juste 2? ça suffit pour obtenir de la variété mais ça la réduit énormément.

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  17. #13
    myoper

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Citation Envoyé par yazidzahrawi Voir le message
    je pense que ça va être beaucoup plus qu'une chance sur un milliard, je peux déduire que les protéines sont impossibles d’êtres construites par jeu de chance et que la vie apparaître au terre juste par hasard.
    Oui, comme le numéro gagnant du loto a si peu de chances de sortir qu'il est impossible qu'il sorte par hasard et pourtant, il sort à chaque fois (la, ça tient de la magie, n'est-ce pas ?).
    Myoratorphale.

  18. #14
    yazidzahrawi

    Re : Construire Une Protéine par chance

    C'est ça le problème on ne sait pas si justement ils existaient 2 acides aminés ou plusieurs acides aminés dès le début de vie ce qui rend tous les théories justement des hypothèses on ne peut pas les confirmer

  19. #15
    yazidzahrawi

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Citation Envoyé par myoper Voir le message
    Oui, comme le numéro gagnant du loto a si peu de chances de sortir qu'il est impossible qu'il sorte par hasard et pourtant, il sort à chaque fois (la, ça tient de la magie, n'est-ce pas ?).
    Tu dois reconsidérer votre idée si vraiment tu pense que le tirage de loto est totalement aléatoire

  20. #16
    minushabens

    Re : Construire Une Protéine par chance

    de toutes manières, une protéine n'est pas assemblée au hasard. Je suppose que tu as entendu parler de l'ADN, des ribosomes, etc. Ta question revient un peu à te demander quelles sont les chances de produire une phrase donnée en jetant des caractères au hasard sur le papier. Elles sont infimes mais ce n'est pas comme ça qu'on écrit une phrase.

  21. #17
    myoper

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Citation Envoyé par yazidzahrawi Voir le message
    Tu dois reconsidérer votre idée si vraiment tu pense que le tirage de loto est totalement aléatoire
    Parce que vous croyez que la recombinaison d'acide aminés n'est pas soumise à des lois biophysiques strictes ?

    D'autre part, ça ne change rien à l'ordre de grandeur: quelles sont les chances d'obtenir tous les tirages gagnants du loto obtenus jusqu'à maintenant ?

    Si vous réussissez à répondre à cette question, vous aurez votre réponse.



    C'est bien de faire de l'ironie, mais il faut au moins comprendre le sujet...

    Myoratorphale.

  22. #18
    tic-tic

    Re : Construire Une Protéine par chance

    J'en profite pour poser une petite question. Concernant toutes les tentatives d'estimer la probabilités que la vie avait d'apparaitre sur Terre ou ailleurs...bon, c'est dit, ce ne sont que des estimations, peu fiables, mais je suis même surpris que l'on puisse tenter de faire ce genre de calcul. Sommes nous vraiment capables de tenir compte, tant de telles approches, de la quantité de matière impliquée dans cette réaction, ou du moins des concentrations des réactifs impliqués, etc...sur des périodes de l'ordre du milliard d'année?

    Je me questionne vraiment sur "le culot d'essayer de calculer" hein, après, intuitivement, pour toutes questions de ce genre, que ça concerne l'apparition de la vie ou l'évolution des espèces, j'ai juste envie de dire que tout est possible sur 4 milliards d'années...

    Bref, est-ce du calcul juste pour le fun, par ce que ça nous ai déjà tous passés par la tête et certains possèdent les compétences qu'il faut pour se lancer dans l'aventure, ou est-ce que l'on peut vraiment considérer ces calculs comme sérieux?
    Everything we call real is made of things we cannot call real. Niels Bohr

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  24. #19
    yazidzahrawi

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Citation Envoyé par minushabens Voir le message
    de toutes manières, une protéine n'est pas assemblée au hasard. Je suppose que tu as entendu parler de l'ADN, des ribosomes, etc. Ta question revient un peu à te demander quelles sont les chances de produire une phrase donnée en jetant des caractères au hasard sur le papier. Elles sont infimes mais ce n'est pas comme ça qu'on écrit une phrase.
    Oui chaque protéine est construite par un gène donné ce qui rend le processus totalement loin d'être arbitraire, mais Monsieur pensez-vous au début de vie dès les premiers organismes unicellulaires que ces gènes étaient présents, alors comment leur l'ADN donc a était produit justement par la combinaison des molécules de sucre et phosophore et bases azotés (si on a sauter la question de la formation de ces molécules eux-même ) ? eh oui ça tourne la tête
    Dernière modification par yazidzahrawi ; 05/02/2017 à 14h02.

  25. #20
    myoper

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Citation Envoyé par yazidzahrawi Voir le message
    Oui chaque protéine est construite par un gène donné ce qui rend le processus totalement loin d'être arbitraire, mais Monsieur pensez-vous au début de vie dès les premiers organismes unicellulaires que ces gènes étaient présents, alors comment leur l'ADN donc a était produit justement par la combinaison des molécules de sucre et phosophore et bases azotés (si on a sauter la question de la formation de ces molécules eux-même ) ? eh oui ça tourne la tête
    L'exemple de la construction "via ADN" était un exemple in vivo mais rien n'empêche qu'il y ait d'autres façons qu'elles se forment, se combinent, évoluent... Et justement, vous avez toute une théorie assez bien étayée qui vous explique tout cela sans avoir à se tourner la tête.
    Myoratorphale.

  26. #21
    ansset

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Citation Envoyé par yazidzahrawi Voir le message
    Oui chaque protéine est construite par un gène donné ce qui rend le processus totalement loin d'être arbitraire, mais Monsieur pensez-vous au début de vie dès les premiers organismes unicellulaires que ces gènes étaient présents, alors comment leur l'ADN donc a était produit justement par la combinaison des molécules de sucre et phosophore et bases azotés (si on a sauter la question de la formation de ces molécules eux-même ) ? eh oui ça tourne la tête
    cette remarque me semble relever d'une analogie avec le pseudo-problème de la poule et de l'œuf.
    Dernière modification par ansset ; 05/02/2017 à 14h47.
    y'a quelque chose qui cloche là dedans, j'y retourne immédiatement !

  27. #22
    yazidzahrawi

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Citation Envoyé par myoper Voir le message
    L'exemple de la construction "via ADN" était un exemple in vivo mais rien n'empêche qu'il y ait d'autres façons qu'elles se forment, se combinent, évoluent... Et justement, vous avez toute une théorie assez bien étayée qui vous explique tout cela sans avoir à se tourner la tête.
    Pouvez vous me donner un exemple de construction par la combinaison ?
    Eh oui cette théorie c'est la seule alternative pour expliquer la vie et c'est dommage q'on est obligé d’interpréter toutes les choses naturelles selon cette "Hypothèse de vie"
    La vie est plus compliquée que d'être expliquée par simple mécanismes dont le principe est le "Hasard".
    Dernière modification par yazidzahrawi ; 05/02/2017 à 18h55.

  28. #23
    myoper

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Pouvez vous me donner un exemple de construction par la combinaison ?
    https://fr.wikipedia.org/wiki/Synth%C3%A8se_peptidique

    Eh oui cette théorie c'est la seule alternative pour expliquer la vie et c'est dommage q'on est obligé d’interpréter toutes les choses naturelles selon cette "Hypothèse de vie"
    C'est en effet la seule théorie validée scientifiquement mais vous êtes libre de croire en n'importe quoi d'autre pour réinterpréter les faits déjà très largement étudiés depuis longtemps par une multitude de gens compétents possédant les connaissances nécessaires, mais pas sur ce forum scientifique.


    La vie est plus compliquée que d'être expliquée par simple mécanismes dont le principe est le "Hasard".
    Vous voulez parler de la théorie de l'évolution dont, justement "le principe" n'est pas le hasard et pour pouvoir juger de sa complexité, bien entendu, vous la connaissez et la comprenez entièrement, avec les solides connaissances biologiques nécessaires pour cela.
    Myoratorphale.

  29. #24
    yazidzahrawi

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Oui merci pour tes infos.

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  31. #25
    Geb

    Re : Construire Une Protéine par chance

    Bonjour,

    Si tu veux déterminer de manière relativement réaliste la probabilité d'apparition d'une protéine quelconque de manière abiotique (je crois que c'est de cela qu'il s'agit), tu dois avoir une idée relativement précise du lieu et des mécanisme liés à la formation des premières formes de vie.

    Deux choses : dire qu'une chaîne d'acides aminés se forme de manière abiotique est très différent de dire qu'elle se forme « par chance ». Aussi, vouloir atteindre une méthode relativement réaliste de déterminer une telle probabilité ne fait qu'attirer l'attention sur le fait que le simple calcul que tu suggères n'est en rien « réaliste » et que tu ne pourras donc rien en déduire (comme mh34 l'a suggéré au début de cette discussion).

    Pis, je suis d'avis que dans l'état actuel de nos connaissances, on serait incapable de déterminer une telle probabilité. En d'autres mots, on n'en connaît pas assez sur les conditions d'apparition des premières formes de vie sur la Terre pour obtenir un chiffre quelque peu significatif.

    Je suis aussi d'avis que si on voulait recréer la vie en laboratoire dans des conditions dites prébiotiques relativement plausibles, ce n'est pas une seule équipe dans un coin qui pourrait réaliser un truc comme ça. Ça va demander autant de travail que le projet Manhattan voire même le programme Apollo. Pour réussir, il va sans doute falloir mettre des dizaines de milliers de chercheurs sur le coup et investir des dizaines de milliards d'euros, au bas mot. Cela dit, avant d'en arriver là on a encore du pain sur la planche pour affiner les modèles. Mais c'est un autre sujet.

    Pour ceux qui le peuvent, je vous suggère la lecture de cette publication : The argument from biogenesis: Probabilities against a natural origin of life (Carrier, 2004)

    Tout d'abord, c'est quoi une impossibilité ? Il y a au moins 3 types d'impossibilité. Tout d'abord, ce qu'on appellerait une impossibilité logique qui ne peut arriver dans aucun univers imaginable, le physiquement impossible, qu'on définirait comme un événement qui ne peut arriver dans notre univers, dans l'état actuel de nos connaissances, en vertu des lois de la nature, et l'impossibilité effective, que Richard C. Carrier (2004) définit comme : « logiquement et physiquement possible, mais tellement peu probable qu'il serait déraisonnable d'espérer son occurrence dans le contexte donné » (tel que tout le temps et tout l'espace connu).

    C'est bien d'une impossibilité effective qu'il s'agit. Ensuite, quand est-ce qu'une impossibilité effective peut-être considéré comme « raisonnablement impossible » ? En 1943, le mathématicien Émile Borel (1871-1956) aurait apparemment publié un petit livre de vulgarisation intitulé « Les probabilités et la vie » (collection « Que sais-je ? » des Presses Universitaires de France ; 1re édition : 1943, 2e : 1946, 3e : 1950, 4e : 1958, 5e : 1961, 6e : 1967) dans lequel il aurait proposé la probabilité de l'événement le moins probable à l'échelle cosmique, c'est-à-dire, un événement tellement rare qu'il ne pourrait survenir au cours du temps qui nous sépare de l'âge connu de l'Univers, quelque part dans tout l'Univers observable, tandis que tout événement d'une probabilité strictement supérieure pourrait survenir au moins une fois à un moment donné quelque part dans l'Univers. J'utilise le conditionnel, car je n'ai pas lu ce bouquin. C'est de lui que la plupart des créationnistes tiendraient, d'après Carrier, la probabilité de 1 sur 1050 comme la limite en-dessous de laquelle on a une « impossibilité effective », en se servant probablement de données modernes (qui n'étaient a priori pas connues d'Émile Borel en 1943). D'autant que Carrier utilise la traduction anglaise de Maurice Baudin (publiée pour la première fois en 1962), elle-même tirée de la quatrième édition du livre de Borel, publiée en 1958. Si un membre du forum possède l'édition de 1943 ou celle de 1958, ou encore, la traduction en anglais de 1962, ce serait intéressant de connaître les propos exactes de Borel.

    Après une courte recherche, le dernier créationniste à ma connaissance qui a utilisé précisément cette limite de 1/1050 est Mike Riddle, président et fondateur de la Creation Research Initiative et apologète américain de la théologie chrétienne fondamentaliste. Donc, cette limite d'impossibilité est toujours utilisée de nos jours par les créationnistes.

    Enfin, à quoi devrait ressembler un calcul de probabilité réaliste dans ce contexte ? Que devrait-on savoir et surtout en sait-on suffisamment aujourd'hui, dans l'état actuel de nos connaissances, pour arriver à une solution significative, réaliste ? En d'autres termes, quel est le calcul le moins faux, le plus complet (dans l'état actuel de nos connaissances), et peut-on lui donner une solution (avec le peu que l'on sait aujourd'hui) ? Ce sont deux questions très difficiles, et pourtant légitimes dans ce contexte.

    Les formes de vie actuelles considérées comme analogues à ce qu'auraient pu être les premières cellules vivantes (les bactéries et les archées chimioautotrophes) n'ont pas besoin d'acides aminés. Elles les construisent à partir d'atomes et de molécules plus simples (CO2, H2, cofacteurs inorganiques, etc.) qu'elles puisent dans leur environnement.

    Avant l'apparition de la vie, il faut donc se représenter un environnement favorable où ces molécules sont produites en continu, dans un environnement hors d'équilibre thermodynamique, pour favoriser les interactions entre ces molécules et les cofacteurs inorganiques (fer, nickel, molybdène, etc.). Rien de commun avec une simple solution aqueuse diluée d'acides aminés s'assemblant au hasard (comme tu sembles le suggérer).

    Aussi, dans les expériences de chimie prébiotique, les acides aminés ne sont pas tous produits en quantité égale. En gros, la part de glycine et d'alanine est très souvent bien supérieure aux autres acides aminés produits.

    Ce qui veut dire qu'à l'origine, il faut imaginer de petites chaînes d'acides aminés (probablement moins de 10 résidus), avec une forte concentration en glycine (achirale) et en alanine (D et L).

    Et il y a des études qui suggèrent que ce genre de petites chaînes d'acides aminés peut déjà faire pas mal de choses, notamment en matière de catalyse.

    Ce que j'ai envie d'ajouter aussi, c'est que l'environnement favorable dans lequel la vie pourrait apparaître est de nature à limiter fortement les possibilités d'évolution (en ce qui concerne les molécules susceptibles de se former).

    Certains chercheurs font par exemple l'hypothèse que si la vie a commencé par un proto-métabolisme au sein d'un environnement hors d'équilibre thermodynamique (tel certains types d'évents hydrothermaux), la nature dudit métabolisme primitif peut expliquer en grande partie les molécules qui serait susceptibles d'apparaître dans un tel environnement, voire même comment la vie terrestre a fini par être formée à partir, précisément, des ~50 molécules organiques de base qui sont aujourd'hui bien connues des biologistes.

    Voilà, c'était une réponse un peu pêle-mêle, pas très cohérente. Mais pour ma défense, il se fait tard.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 06/02/2017 à 03h16.

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