Bonjour à tous;
Je voudrais savoir quel test utiliser pour comparer deux bandes de western blot entre elles?
Il s'agit d'une part de protéine de cellules transfectée et d'autre part de protéine de cellules non transfectée. Je voudrai savoir si la transfection affecte de niveau de cette protéine. Mais mon échantillon ne contient qu'une seule série de mesure........
Merci !
Bonsoir,
Nouvelle question -> nouveau sujet (surtout que tu poste dans un sujet de 2012)
Je n'ai pas compris exactement quel genre de truc tu veux, mais sâche déjà que des stat sur une seule valeur ca n'existe pas
comparer "48" avec "53" ca n'a pas de sens, il faut au moins avoir une idée de la dispersion des données (représenté entre autre par la variance, et tu n'a pas de variance si tu n'as qu'une seule valeur)
par exemple :
- 48 et 53 pour des valeurs qui oscillent entre 0 et 100 dans chaque groupe,
- ou 48 et 53 avec le premier groupe oscillant entre 47 et 49, et le deuxieme groupe oscillant entre 52 et 54
ce n'est pas la même chose,
donc impossible de comparer deux valeurs uniques.
Ensuite tu parles de comparer des western blot, qu'est ce que tu veux comparer? une intensité de marquage? une distance de migration? (vu que tu dis regarder des niveaux de protéines j'en déduis que c'est des intensité de marquage, mais bon ce n'est pas super explicite tes données)
je ne fais pas de western, mais je suppose que tu as une gamme pour relier le marquage et la quantité?)
comment se présentent tes données?
qu'est ce que tu entends par "une seule série de mesure"? tu n'as que deux valeurs ? (ca me laisse perplexe, 2 valeurs j'ai du mal à identifier ça comme une "série")
Sans un peu plus de détails, il va être difficile de t'aider, chaque analyse est différente et nécessite une attention personnalisée de la part du scientifique, donc, si on ne sait rien de tes données, impossible de donner un réponse,
A part que c'est du western blot, on ne sait pas grand chose, et un test dépend des données, il ne dépend pas de la manip effectuée (western blot ou autre)
Dernière modification par Loupsio ; 21/05/2017 à 19h04.
Oups !! Je suis nouvelle, j'ai pas trop fais attention. J'explique de nouveau.
Je voudrais comparer le niveau d'expression d'une protéine entre des cellules transfectées et non transfectées. Pour cela j'ai réalisé un lysat cellulaire et fait migré mes protéines pour détecter ma protéine d'intérêt. J'ai par la suite quantifie l'intensité des bandes. Maintenant je voudrais savoir s'il existe une différence significative dans le niveau de la protéine d'intérêt entre les cellules transfectées et non transfectées.
Merci !
donc niveau "valeurs", tu as en tout et pour tout, deux nombres?
l'intensité de la bande 1 et l'intensité de la bande 2?
Si c'est ca, comme je disais plus haut, il est impossible de comparer deux valeurs, autrement qu'en disant que 48 c'est plus petit que 53
tu n'auras aucune donnée sur la significativité
Ok Merci ! Mais du coup puis - je quand même comparer (par ex: pendant la transfection, le niveau de protéine augmente même si j'ai aucun idée de la significativité? )
Si la différence entre les deux est importante tu peux dire que c'est plus important, par contre si c'est plus important mais pas de beaucoup, tu peux pas savoir si c'est un relicat ou vraiment très légèrement plus transcrit
(si t'as une bande toute fine contre un gros paté a moins d'avoir une erreur de manip, tu peux dire que ta manip à marché)
En règle générale, pour mettre en évidence une différence d'expression par western, on utilise une protéine dont l'expression est connue et dont on sait qu'elle ne changera pas lors d'une transfection.
Par exemple, sur cette figure ils utilisent l'actine comme référence.
Si tu souhaite avoir des données chiffrées, il faut utiliser un logiciel comme ImageJ qui permet de mesurer des intensités de bandes. Il faut alors ajuster les valeurs obtenues pour ta protéine en fonction des valeurs lues pour la protéine référence.
