identification bactérienne des bactéries du sol

[ramzus2]

bonjour tout le monde.
dans le cadre de ma thèse de doctorat, sur l'entomo-pathogénie de certaines souches bactériennes de la flore du sol, je souhaite connaitre quel équipement devrais je acheter pour l'identification des bactéries de mon échantillon de sol prélevés ici et là dans la région où j'habite...de préférence quelque chose qui marie un bon rapport qualité prix, ou quelque chose qui est bas de gamme mais résistante à l'usure....
j'aimerais aussi m'initier à la bioinformatique, avoir un logiciel qui génère des clé pour les souches trouvées qui adopte la même clé pour une bactérie connue de la science que la clé qui la concerne dans une grande base de donnée comme EMBL...qui peut me donner le pourcentage de bactérie connues de la science ainsi que leur nom d'espèce dans mon échantillon, en ce basant sur des données moléculaire sur chaque souche (combien d'argent devrais je payer par bactérie ou par groupe de bactérie, à l'étranger parce que mes échantillons je devrais les envoyer à l'étranger pour une identification complète des souches, et avoir en retour les données moléculaires sur mes bactéries....
il y a un petit bémol dans ce projet fou, je devrais recevoir les bactéries les plus susceptibles d'avoir une entomo-pathogénie isolée de la part du labo étranger pour les tester sur mes cultures d'insectes, comment vont ils deviner que la souche bactérienne que j'ai envoyé n'a aucun effet sur l'homme, pour ça il faut exposé la bactérie au rats et est entomopathogène ? surtout l'entomo-pathogénie comment la deviner du simple séquençage de parties déterminantes de l'espèce bactérienne?....
ça sera un travail qui prendra du temps et de l'argent mais au final j'espère isoler une nouvelle espèce entomopathogène découverte dans un échantillon du sol de ma région, répéter mon travail un peu partout en Algérie puis comparer les résultats de l'entomo-pathogénie entre région du pays peut nous aider à déterminer les sol les plus hostiles à la vie entomologique à l'échelle du pays. donc les plus sécurisé pour les cultures. je vais commencer la bibliographie aujourd'hui.
merci d'avance
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[ramzus2]

alors personne n'a de réponse? c'est trop pointu comme question ?

[Flyingbike]

Oh non !
C’est juste mal exprimé, et un peu mélangé comme d’habitude
Beaucoup d’infos superflues, et pas assez d’infos importantes
Faut bosser la dessus, c’est fondamental en thèse

[ramzus2]

j'ai appris grâce à un amis bactériologiste qu'il faut faire des galeries pour l'identification bactérienne, comment les réaliser quelqu'un peut m'expliquer c'est quoi ces galeries? et quel comportement a une bactérie anaérobie en milieu aqueux? et comment ce déroule la dynamique de la faune bactérienne suivant le degré d'énergie solaire absorbé par le sol?...
écoutez c'est des questions sérieuse auquel il faut répondre par des références sans références je prends en considération votre avis, et je vous citerai comme anonyme dans mon mémoire...s'il vous plait j'ai vraiment besoin d'aide.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Flyingbike]

Des galeries API j'imagine ? C'est une méthode de caractérisation fonctionnelle des bactéries sur des critères biochimiques. Google peut vous aider (API Gallery)
Ce n'est pas une façon facile n'ai économique d'identifier des bactéries, ce n'est pas (plus?) assez spécifique. Désormais la méthode la plus simple est de faire du séquençage 16S. C'est rapide, discriminant et économique.

Le comportement d'une bactérie anaérobie en milieux aqueux ? Ça n'a aucun sens. Vous savez ce que veux dire aqueux ? Ce que veut dire anaérobie ?

La dynamique de la faune bactérienne suivant.... ? C'est en faisant de la biblio qu'on répond à ce genre de question assez pointue...

[ramzus2]

tu me prends pour un con flying bike ma question est clair, quel comportement a une bactérie anaérobie en milieu aqueux, ça signifie tu prends une bactérie qui ce développe sans avoir besoin d'oxygène d'air donc, tu la mets en milieu aqueux ça signifie humide de l'eau distillée par exemple, comment elle va se comporter, elle va tout simplement mourir ou quoi? et jusqu'à quel profondeur dans le sol l'air ambiant pénètre t il ?

[Flyingbike]

Écoute mon petit gars
Je fais pousser des bactéries anaerobies, microaerophiles, EOS (extremely oxygen sensitive) tous les jours et je te dis que ta question n’a aucun sens
Tous les milieux de culture sont des milieux aqueux bien évidemment (faut déjà commencer par maîtriser les bases avant de vouloir faire le malin avec des questions qu’on ne comprend même pas)
Si tu veux une réponse en voilà une : ça dépend des bactéries et ça dépend du «*milieu aqueux*»

Et d’autre part tu me parles plus jamais comme ça, parce que oui ta question est con

[Flyingbike]

A commencer une thèse avec des questions comme ça, tu vas très bien t’en sortir !!

[ramzus2]

ok pardon pour le manque de respect on braque vers la discussion privé cette prémodération à la con m'énerve je ne veux plus attendre qu'on me valide j'ai beaucoup de question

[Flyingbike]

La premoderation n’a pas à être discutée ici. Pour la partie science, reprenons sur de bonnes bases avec des questions bien écrites et compréhensibles et on arrivera à t’aider
Il n’y a pas de raison à discuter en privé, nos échanges pourraient intéresser d’autres personnes et c’est contraire à la charte