Diversité haplotypique (h) et diversité nucléotidique (Pi)

[Ramiel]

Bonjour, je m'embrouille de plus en plus depuis des heures pour trouver le lien entre ces 2 notions. Je n'arrive pas à trouve la réponse à ce genre de question :




Je sais qu'un haplotype est un enchaînement d'allèles précis sur un chromosomes, qui sont proches les un des autres. Comme ils sont proches se sont des gènes liés et donc peu de chance de recombinaison.

la Diversité haplotypique, plus elle est élevée et plus il y a de chance d'observer un haplotype différent (donc un haplotype avec pas les même allèles aux différents locis) chez 2 individus sélectionnés au hasard dans la population.

diversité nucléotidique : le nombre de différence de nucléotides pour une séquence donnée pour 2 individus sélectionnés au hasard dans la population.

ADN mitochondrial : a beaucoup de mutation donc c'est un bon marqueur. descend uniquement de la mère. est haploïde.

Alloenzymes : c'est une enzymes qui a différentes variantes grâce à ses différentes allèles.

Un goulot d’étranglement c'est quand une population est très fortement réduite, il reste peu d'individu et donc il y a dérive génétique, certains gènes qui sont plus sélectionné qu'avant puis ré augmentation de la population. Si la population est trop faible le taux d'homozygote augmente, surtout s'il y a consanguinité.

Maintenant ce que je ne comprends pas c'est le fait que s'il y a des nucléotides qui changent et si elles le font sur un allèle du coup l'allèle devient différent et la diveristé haplotypique devrait elle aussi changer en augmentant. Pourtant dans le tableau il peut y avoir des diversités haplotypique forte et diversité nucléotidique moyenne.

Pour la mitochondrie elle n'a pas de chromosome homologue et donc pas de recombinaison possible, alors je ne comprends pas pourquoi on peut parler d'allèle chez la mitochondrie et pourquoi dans le tableau on peut voir sa diversité haplotypique changer

Mais suttout je ne comprends pas du tout les liens entre diversité haplotypique et nucléotidique qui me permettra de savoir dans quelle catégorie ranger ces populations. Je nage totalement entre toutes ces notions

Merci aux personnes qui auront le courage de me répondre
-----

[anemie publique]

Hello.
Pour l'haplotype du mtdna, n'est ce pas synonyme d'haplogroupe ? Dans ce cas on peut prendre l'exemple de l'ADN mitochondrial humain ?

ex la population 1 a une majorité de W et moins de H de K de T tandis que la population numéro 2 a des proportions équivalente de ces 4 haplogroupes précédents mais a en plus U et HV. La population numéro 2 a plus de diversité haplotypique dans ce cas , non ?

L'ADN mitochondrial mute toutes les X genérations sur plusieurs sites et on parle bien d’allèle. Peut être que ce genre de cas concret peut aider : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3567265/

En espérant avoir fait avancer un chouïa le sujet...

[minushabens]

Ce qu'il faut voir c'est qu'après un bottleneck la diversité haplotypique se reconstitue plus vite que la diversité des nucléotides. En d'autres termes la recombinaison est plus efficace que la mutation pour accroître la diversité.