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évaluer la diversité



  1. #1
    sacharybalka

    évaluer la diversité

    Bonjour,
    je suis en train d'analyser un échantillon médical quant a sa composition bactérienne. Donc sur un nombre donné de clones analysés, j'ai tant de clones de différentes espèces. Pour certaines espèces, je ne détecte qu'un clone. Il est donc fort probable qu'il existe des espèces que je ne détecte pas, même si elle sont présentes.
    Mon problème est que je suis nulle en statistiques, et donc je ne sais pas si, et le cas échéant comment, évoluer la diversité de mon échantillon, le plupart des tests nécessitant plusieurs échantillons. Quelqu'un pourrait-il m'aider?

    Merci d'avance!

    -----

    La Doua dans l'Oeil, par et pour les étudiants!

  2. #2
    sacharybalka

    Re : évaluer la diversité

    Un petit up en attendant que quelqu'un qui peut m'aider passe...
    La Doua dans l'Oeil, par et pour les étudiants!

  3. #3
    noir_ecaille

    Smile Re : évaluer la diversité

    Pour aider cette discussion, j'ai de toutes petites suggestions ou questions...

    Quel type de prélèvement ? son âge ? dans quel contexte ?
    Est-ce une évaluation de diversité d'espèces ? de souches ? de phénotypes ou de génotypes ?
    Quelles études préliminaires ont été effectuées ?
    Sur quel volume (numération) de population/culture ?
    Etc.

    Déjà ça donnera un meilleur aperçu des données du problèmes, afin de déterminer une limite de pertinence -- si on perd une espèce très discrète mais qui n'est qu'un contaminant, j'entrevois mal l'intérêt pour évaluer la diversité du prélèvement.
    Sauf si le contexte du problème englobe la diversité même au niveau contamination (expérimentation d'un nouveau protocole de repiquage ou de croissance bactérienne in vitro par exemple).

    Enfin... Tout ça n'est que suggestions et questions

  4. #4
    sacharybalka

    Re : évaluer la diversité

    Merci de ton intérêt, noir-écaille!
    Je ne suis pas sure que l'origine de l'échantillon ait de l'importance, mais il provient d'une infection endodontique (de la racine de la dent).
    Je ne pense pas avoir de contaminants, car je n'ai détecté aucune bactérie aérobie (un contaminant serait le plus probablement aérobie ou facultatif), mais c'est une infection mixte.
    La composition de l'échantillon a été analysée par culture (des dilutions étalées sur un milieu solide et cultivée en anaérobie, 96 isolat identifies par séquençage du 16S) et par la méthode moléculaire (PCR 16S sur l'ADN total, clonage, séquençage de l'insert pour 96 clones).
    J'ai identifié 21 espèces au total, certaines par les deux techniques, d'autres seulement par culture ou par la méthode moléculaire. Le nombre d'isolats ou de clones pour une espèce varie de 19 à 1 (moyenne=9.4).
    Voila un peu plus de précisions.
    Dites-moi si vous penser a quelque chose d'autre!

    Merci!
    La Doua dans l'Oeil, par et pour les étudiants!

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