Bonsoir tout le monde, désolée de vous bombarder avec mes questions de génétique, mais ça me parait une discipline assez compliquée donc voilà,, alors j'ai essayé de comprendre comment se calcule le LOD score, et j'y arrive presque mais j'ai quand meme quelques problèmes, alors pour vous expliquer je vais prendre un exemple tout à fait aléatoire, disons que dans une famille nous avons un seul individu recombiné, et 6 qui sont de génotype parental, de ce fait le calcul de theta (la fréquence de recombinaison) est 1/6= 0,17 = 17% et donc la distance génétique entre le marqueur et le gène en question est de 17cM; maintenant comment calculer le LOD score, alors je sais que c'est le logarithme décimal de la probabilité qu'ils soient lié (donc theta est inferieure à 0,5) sur la probabilité qu'ils soient indépendants (theta=0,5), et donc justement comment calculer cette probabilité ?
et si par exemple on calcule ce LOD score, et qu'il soit entre -2 et 3 on sait que ce n'est pas significatif, donc notre théta n'est pas le bon et donc on choisit un autre et on refait le calcul (meme plusieurs fois), on fait un tracé et le Z maximal serait le Z optimal c'est à dire celui qui nous donne theta le plus correct et donc la distance génétique la plus correcte ? (ici je veut m'assurer que ce que j'ai compris est correct ou pas ! )
voilà donc principalement ma question est comment calculer le LOD score (j'ai donné l'exemple rien que pour que vous puissiez me comprendre mais si vous pouvez m'expliquer autrement ça serait génial aussi !)
Merci d'avance !