Bonjour,
je fabrique des sondes ADN pour la FISH, dans lesquelles j'ajoute de l'ADN-COT1 et de l'ADN de sperme de saumon. Je sais que l'ADN-COT1 masque les séquence répétées (type ALU) de l'ADN. L'ADN de sperme de saumon semble avoir un rôle équivalent en empêchant une hybridation non spécifique, mais que masque-t-il exactement ?
Merci pour vos réponse.
Jérôme
Bonjour,
"Le sperme de saumon est utilisé pour saturer les sites "libres" de la membrane : plus précisément, les acides nucléiques intéragissent fortement entre eux via les bases complémentaires, mais peuvent aussi intéragir via des liaisons électrostatiques (dûe aux charges de la liaison phosphate, ou au cycle des bases) avec les groupements chargés des membranes. C'est bien la raison pour laquelle les acides nucléiques cibles se fixent sur la membrane (northern ou southern), on peut donc consevoir que de la même manière la sonde peut aussi se fixer sur la membrane, et pas uniquement sur les acides nucléiques complémentaires. Saturer les sites libres de la membrane empechent donc la fixation aspécifique de la sonde, et donc un bruit de fond trop important.
Une autre explication peut aussi être la saturation des séquences répétées au niveau des séquences d'acides nucléiques cibles, la encore pour éviter les fixations aspécifiques."
https://forums.futura-sciences.com/b...de-saumon.html
Merci pour cette réponse que j'avais lue sur le forum, mais qui ne m'éclaire par réellement sur l'utilisation que je fais du sperme de saumon. Je ne fais pas de western ou southern blot, je n'utilise donc pas de membrane. Les sondes que je fabrique sont utilisées pour faire de l'hybridation in situ sur des chromosomes en métaphase ou des noyaux en interphase. Pour moi, c'est l'ADN-COT1 qui masque les séquences répétées du génome, d'autant plus que cet ADN à une origine humaine. En ce qui concerne l'ADN de sperme de saumon, dans mon cas précis, que masque-t-il exactement ?
Je vous remercie
tout le reste, empêchant toute fixation non spécifique (donc complémentaire de utilisation de l'autre ADN COT1) de la sonde à d'autres éléments pas forcément nucléiques (exemple protéines avec affinité pour l'ADN)
La vie trouve toujours un chemin
