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Question : Identifier une protéine dans un anabolisme



  1. #1
    Seiter2468

    Question : Identifier une protéine dans un anabolisme

    Bonjour j'aurais une question.

    Je ne suis que en L1 bio et j’aimerais savoir quelque chose.

    Comment et avec quel procédés et matériel des chercheurs arrivent à identifier des enzymes dans un anabolisme ?

    Si par exemple je prend un colorant : l'indigo produit par l'indigotier. Comment des bio-technologistes ont ils pu identifier les différentes protéines qui catalysait les réactions qui donnait la molécule d'indigo ?

    Je veux dire concrètement en plus du principe, avec quel matériel et protocole font il ça ?

    Merci pour votre attention.

    -----


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  3. #2
    Seiter2468

    Re : Question : Identifier une protéine dans un anabolisme

    Aucune réponses. Je n'ai pas été très clair peut être je m'en excuse.

    Je vais prendre un exemple : le cycle de krebs (bon c'est pas l'exemple le plus simple mais c'est le seul schéma ou j'ai trouvé rapidement le nom des protéines) :
    390px-Reduktiver_Citratzyklus.svg.png

    Ici on peut voir le nom des enzyme qui catalyse des réactions. Ma question est la suivante. Comment des chercheurs on ils pus identifier ces enzymes ?

  4. #3
    Flyingbike

    Re : Question : Identifier une protéine dans un anabolisme

    Ca dépend. Vous vous demandez comment cela a été fait ? ou comment ferait-t-on de nos jours ?
    La vie trouve toujours un chemin

  5. #4
    Seiter2468

    Re : Question : Identifier une protéine dans un anabolisme

    Merci une réponse haha.

    Avec les outils sur le marché de nos jours ou avec les anciennes méthodes cela m'est égal (même si je témoigne plus d’intérêt pour le premier cas personnellement !)

  6. #5
    Flyingbike

    Re : Question : Identifier une protéine dans un anabolisme

    En fait, de nos jours, on aurait probablement déja identifié la protéine (du moins virtuellement) et le gène correspondant. En effet, maintenant que les organismes sont entièrement séquencés, on connait théoriquement toutes les protéines potentielles et on a une idée de leur fonction (par analogie de structure, analogie de séquence)

    Avant, on savait par exemple qu'un organisme pouvait produire un composé B à partir d'un précurseur A, par une voie métabolique de plusieurs réactions.
    Pour caractériser ces réactions, on pouvait se baser sur le phénotypage de mutants incapables de produire B, par exemple. (voir auxotrophie https://en.wikipedia.org/wiki/Auxotrophy)
    En trouvant la mutation, on trouve la protéine concernée et on peut essayer de la replacer dans la voie métabolique.

    Une approche différente est d'étudier l'activité enzymatique de fraction protéiques, par exemple. On sépare un pool de protéines selon leur caractéristiques biochimiques (charge, taille, etC....) et on regarde dans quelle fraction on retrouve l'activité enzymatique recherchée. A partir de la, on peut continuer a séparer les protéines selon d'autres critères, jusqu'a l'identifier.

    Je ne développe pas plus car il existe des dizaines de cas de figures différents, mais si vous voulez des précisions n'hésitez pas.
    La vie trouve toujours un chemin

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Seiter2468

    Re : Question : Identifier une protéine dans un anabolisme

    Merci pour cette réponse et du temps que vous consacrez pour répondre à mes questions !

    J'aurais besoin de précision. Imaginons que je veuille connaître le métabolisme responsable de la production de... Tient au hasard la lutéine (une molécule colorante responsable en partie de la couleur de la banane) dans la banane.

    À partir de quel bases de données et avec quel démarche on peut identifier les enzymes responsables de la production de cette molécule ? (En utilisant les Méthodes les plus modernes)

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  10. #7
    Flyingbike

    Re : Question : Identifier une protéine dans un anabolisme

    on irait deja voir par exemple sur KEGG pathways qui est une base de données de voies métaboliques, enzymes, etc. par organisme

    Ces bases de données sont alimentées directement ou par "moulinage" de publications ce qui permet de mettre plein d'infos bout à bout

    exemple pour la luteine chez la Musa acuminata (banane sauvage malaisienne)

    https://www.kegg.jp/kegg-bin/search_...viewImage=true

    (Les numéros a 4 chiffres sont des enzymes)
    La vie trouve toujours un chemin

  11. #8
    Seiter2468

    Re : Question : Identifier une protéine dans un anabolisme

    Merci pour le liens !

    Bon il faudra que j’apprenne à exploiter les bases de données car ça a l'air un peu compliqué haha.

    Sinon je savais pas que de telle mines d'or d'informations existaient merci !

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